於是阿明走自己的"政治路"。他以"幫助"塔拉基清除政敵為由，將旗幟派主要領導人全部請出國家權力中心，如卡爾邁勒被迫擔任阿富汗駐捷克斯洛伐克大使。與此同時，他還在總統府安插自己的親信，威脅塔拉基。
麵對阿明的咄咄逼人，塔拉基非常不滿，不過，他沒有辦法，因為阿明獲得了大眾的支持。1979年3月15日，阿富汗爆發了大規模武裝衝突，人民民主黨政權危在旦夕。在這個時候，阿明指揮政府軍鎮壓叛亂，最終占領叛亂要地赫拉特，解除了危機。
此戰之後，阿明聲望更高。迫於壓力，總統塔拉基隻得任命阿明為國防部長，而自己則被架空，成為沒有實權的總統。此後，阿明集黨、政、軍大權於一身，雖然不是總統，卻是名副其實的政府一把手。
事實上，阿明之所以能夠飛黃騰達，是因為總統塔拉基的"婦人之仁"。塔拉基早就洞察了阿明的政治野心，然而，為了阿富汗國家大局，他隻好睜一隻眼閉一隻眼。盡管塔拉基的心腹告訴他要先下手為強，但是塔拉基卻存有"婦人之仁"，不願意下手。
現如今，阿明騎到自己頭上，塔拉基忍受不了了，他決定趕走阿明。與此同時，蘇聯也對阿明心存不滿。蘇聯認為阿明是阿富汗民族主義者，一旦上台會威脅到蘇聯的利益。於是，蘇聯製訂了鏟除阿明的計劃，準備聯合塔拉基清除阿明。
1979年9月9日，參加完日內瓦會議後，塔拉基訪問莫斯科。在與勃列日涅夫的會晤中，他最終同意了蘇聯的計劃，趕走阿明。
回到喀布爾後，塔拉基召阿明前來"商議要事"。然而，阿明得知塔拉基要對自己下手，於是便帶著警衛隊和8名保鏢前來赴會。當他前腳剛跨進人民宮，AK-47便槍聲大作，8名保鏢命喪當場。阿明隨即在警衛隊的保護下離開。
躲過了這場大劫，阿明便決定清除塔拉基。他立刻回到國防部召集心腹幹將，帶著大軍來到人民宮。很快，軍隊將總統府包圍，塔拉基不甘心被捕，便下令總統衛隊進行抵抗。一番激戰過後，塔拉基被捕。該事件史稱"九月事件"。
塔拉基垮台，阿明自然而然登上了總統寶座。上台後，阿明進行大清洗運動，他將塔拉基的支持者清除，有500多名人民民主黨高官被殺，10月8日，他讓人用枕頭將塔拉基活活悶死。
不過，阿明的這種做法引發了國家的動亂，許多反政府武裝迅速崛起。全國28個省中的23個省都有反政府武裝，阿明政權危機四伏。為了鞏固政權，阿明在賽德卡拉姆發動了大規模軍事進攻，采取高壓政策，鎮壓反政府武裝，消滅了1000多人。經此"一戰"，阿明政權才轉危為安，許多反對派不敢公然反對阿明。
蘇聯得知後，異常憤怒。然而，現在木已成舟，為了維護蘇聯的利益，蘇聯隻得承認阿明政權的合法性，並增加了在阿富汗的蘇聯軍事顧問人數。
對於蘇聯的這一舉動，阿明也明白，蘇聯這是"黃鼠狼給雞拜年"。所以，阿明決定跟蘇聯翻臉。10月27日，阿明要求蘇聯召回駐阿富汗的大使普紮諾夫，不久後，要求蘇聯撤回駐阿富汗的3000名軍事顧問、技術工程師和教官。對此，蘇聯勃然大怒，但是為了亞洲戰略平衡，蘇聯還是多次發出邀請，請阿明到莫斯科談判。可是，阿明卻不給蘇聯麵子，沒有前去赴會，他生怕蘇聯擺下"鴻門宴"。為了保衛自己的政權，阿明開始跟美國來往。
對此，蘇聯惱羞成怒，隨即實施了一係列暗殺行動，試圖殺害阿明。12月13日，蘇聯實施投毒計劃-"薩比爾"行動。克格勃特工米塔裏·塔利波夫偽裝成總統府廚師，往食物裏下毒。阿明在看到精心準備的食物後感覺有點異樣，正當他要求換食物的時候，他的女婿卻早已經吃上了有毒的"食物"，很快中毒身亡。隨後，阿明將辦公地點從人民宮挪到了塔日別克宮。
投毒失敗後，蘇聯決定派遣突擊隊幹掉阿明，為此蘇聯製定了代號為"風暴-333"的突擊行動。經過一番準備後，12月27日下午，蘇聯特種部隊阿爾法小組和格魯烏120名隊員在貝洛諾夫上校的帶領下，手拿AK-74，開著5輛裝甲運輸車、10輛步兵戰車、12輛T-62型坦克進攻塔日別克宮。
當晚7點20分，突擊行動開始。突擊隊分為三組，從三個方向進攻塔日別克宮。此時，阿明雖然預感蘇聯會消滅自己，但是他還期待美國和自己的軍隊前來救援自己。可惜的是，在部隊趕來之前，蘇軍已經攻克了塔日別克宮。蘇軍摧毀了塔日別克宮警衛樓，消滅了戍衛部隊，控製了總統辦公室，俘虜了阿明。
在總統辦公室，貝洛諾夫從公文包中取出一份"阿富汗要求蘇聯出兵"的文件要阿明簽字。然而，阿明卻笑著將文件撕毀，他想要保留最後的一點尊嚴。沒過多久，貝洛諾夫下令士兵開槍，阿明的貼身護衛與蘇聯特種部隊開始激戰，辦公室槍聲大作。不久之後，槍聲停了，阿明及其4個妻子、24個子女倒在了血泊中。