王允也不計較利害關係，他懷疑張讓與黃巾軍私通，便進一步追查，把其中的具體細節全部揭發出來，並且寫成奏折上奏皇帝。漢靈帝大驚，立即召張讓進宮，怒氣衝衝地指責張讓，並要他交待實際情況。張讓一向在朝中自以為是，指手畫腳，也沒想到有誰敢在皇上麵前揭露他，因此見到王允的奏章後嚇得半死，急忙叩頭謝罪。可張讓是何等狡詐圓滑的人物，他在回答皇帝時，不僅不承認自己的罪行，反而說王允忌妒陷害他，說自己對陛下，對朝廷是如何如何忠心耿耿，沒有絲毫與黃巾軍私通和背叛朝廷之意。靈帝本就有意偏袒張讓，加上被張讓的花言巧語所迷惑，自認為他無罪，也便不再追究。
張讓脫罪後，對王允心懷忿恨，一心想伺機打擊報複王允。第二年，張讓終於找到一個借口，將王允逮捕下獄。不久，正好趕上朝廷大赦，王允免罪釋放，還複刺史原職。可是，睚眥必報的張讓並沒就此罷休，沒出十天，他又以另一個“莫須有”的罪名將王允治罪，王允再度入獄。
司徒楊賜素知王允的為人和品性，知道張讓是有意想置王允於死地，為了替王允開罪，讓他免受痛苦和屈辱，楊賜派手下人勸告王允說：“你因事得罪宦官張讓，一月之內，兩次下獄，很明顯他是有意和你過不去。如今你是凶多吉少，性命都難保。為了成就自己的誌向，你又何必不先退讓一下，忍一忍呢？大丈夫能屈能伸，如果隻一味好強，恐怕他不會放過你，請你仔細思量思量吧！”
王允手下的從事也對王允的再次入獄深感憂慮，他們想方設法營救王允。有一名好鬥氣的下屬去獄中探望王允時，痛哭流涕，勸王允向張讓認錯賠罪，求他網開一麵，被王允怒斥拒絕。下屬找來一杯酒，氣憤地對王允說：“你既然如此保全自己，不如喝下這杯毒酒算了，又何必還在獄中受別人的折磨呢？”
可是，出乎下屬的意料，王允一把奪過酒杯，厲聲說道：“我是堂堂天子的臣民，君王賜罪於我，我應當接受懲罰，按照王法在街頭斬首示眾，而且天下人都應以我為戒，不再違反法律，維護社會的安定，哪有私自吞喝毒藥，以死逃避法律製裁的道理？你們不用再勸我了，我意已決!”說完，便把酒潑倒在地上，自己走近囚車，又重新被關進監獄。
由於王允一直又沒有向張讓賠罪認錯，張讓又進一步渲染他的所謂的罪行情節。不久，王允的案件被提審，王允的手下官員和朋友以及朝中許多官員都十分著急，想製止張讓對王允的陷害。大將軍何進、太尉袁隗，司徒楊賜聯名向皇帝上書，替王允求情，希望皇上能夠赦免王允。他們在奏章中寫道：王允嚴於律己，寬以待人，為官盡忠盡誠，寬宏賢能，具有君子的風範和氣節。過去晉悼公和先朝孝文皇帝能明辨是非，赦免大臣的罪行，陛下就不能仿效嗎？如此王允受命於朝廷，誅討逆賊，安撫良民，本應論功行賞，加官進爵；難道就因如此微不足道的小事情，就定他死罪嗎？陛下如此不公平地給予他處罰，恐怕有負眾望，百官有所不服吧。”
靈帝劉宏看完奏章後，便赦免了王允的死罪，但仍下獄重新定罪。這年冬天，又逢朝廷大赦。由於張讓始終從中作梗，王允仍不在赦免之列。何進、袁隗、楊賜等三公要員繼續上書皇上，要求赦免王允。等到第二年，王允才被免罪釋放。當時，朝中宦官當權，張讓閹黨憑借權勢橫行霸道，為所欲為。剛剛出獄的王允雖對張讓等人的行徑深惡痛絕，但因力量有限，隻得改名換姓，離開都城洛陽，輾轉於河內、陳留之間。
不久靈帝駕崩，王允急忙趕赴洛陽吊喪。此時，朝廷局勢極度混亂，以何進為首的外戚勢力大增，閹黨張讓失去了對中央政權的控製權，麵臨覆滅的危險。大將軍何進利用各地方官吏奔喪的機會，大肆結交和拉攏親己勢力，以謀張讓。王允一到洛陽，就被何進緊急召見，並說明意圖。
王允很 感激何進對他的救命之恩，便滿口答應，並擔任從事從郎一職。後來情況發生急變，張讓集結黨羽，用何太後召見何進的名義把何進騙入宮中，趁機伏殺。王允不得不遷任河南尹，暫時逃避張讓的囂張氣焰。張讓伏殺何進後，曾奉密召的董卓、袁術等人立即領兵進京，討殺張讓。張讓、段掛等人挾持少帝劉辯和陳留王劉協半夜出逃。當時，朝中公卿大夫被急變的局勢嚇得不知所措，他們都不敢護衛少帝。王允立即派遣一部分士兵跟隨尚書盧植一起保護少帝，事後，又奉迎少帝回宮。