孫博離開東亞來到東南亞，在雅加達將艦隊交給阿格裏帕和哈萊姆讓他們自由行事，自己則帶著希望號和部分精英按照地圖的指示尋找寶藏。
到達地圖指示的島嶼後，發現上麵的土著被屠殺劫掠，孫博立刻要求加速尋找藏寶處，雖然尋找到了藏寶洞穴，可是洞穴已經被光顧過，在洞穴中的線索孫博知道，這裏並非存放霸者之證的地方，但是卻有霸者之證的線索，孫博焦急之下招呼眾人立刻回到船上，此時周泰提示孫博土著被屠殺時間不長，孫博猜測強盜是西方人，於是眾人急忙返回船上向麻六甲趕去，希望能夠搶回霸者之證。
眾人趕到麻六甲後，在酒館中遇到一名年輕的中國人陳耀，陳耀是麻六甲地頭蛇，知道孫博等人要尋找剛剛來麻六甲的西方人便很熱情的幫助他們，獲知是庫恩的船隊，了解到庫恩是東南亞最大的商會。
在麻六甲孫博帶著一眾高手希望能夠在此將霸者之證偷取回來，卻發現庫恩的旗艦並不在此，通過其手下得知庫恩在洞穴中獲得寶藏之後便到這少數人駕著小型帆船帶著寶物前往馬尼拉。
得知庫恩的線索後，一方麵孫博派出孫海去通知哈萊姆和阿格裏帕他們在海上航行時注意來往海船，非明國海船全部攔截並且尋找庫恩的蹤跡，另一方麵孫博自己也帶著眾人駕著希望號準備前往馬尼拉。
在孫博準備離開時，幫助過孫博的華人陳耀希望加入孫博的船隊，孫博通過技能指導對方是成為副官的好人選，於是便將其留下幫助崔文泰。
正所謂禍不單行，在前往馬尼拉路過南海是遇到了一支尤裏斯的海盜艦隊，正與明國的一支小型艦隊戰鬥，思考之後孫博還是上去幫助明國艦隊打敗了尤裏斯的艦隊並且俘虜了尤裏斯。
孫博病急亂投醫竟然想尤裏斯問起庫恩的消息，沒想到真的能有收獲，從尤裏斯的口中獲知，庫恩的副官在馬尼拉酒館喝多酒失言之下所說的信息，根據其副官的話，孫博猜測霸者之證的信息指向的地方正是呂宋島，這也是為什麼庫恩來到馬尼拉的原因。
帶著尤裏斯孫博等人來到馬尼拉，得知還是慢了一步，庫恩在半天前剛剛帶著手下去尋找霸者之證，孫博立刻循著線索去追趕庫恩，路上孫博發現一直生活在南亞的陳耀在狩獵追捕獵物方麵的技能特別強大，在陳耀的領路下眾人很快便看到了庫恩的影子。
看到庫恩後，周瑜攔住準備上前逼問庫恩關於霸者之證線索的孫博，並且向孫博建議尾隨庫恩，等到達藏寶地點之後再動手。
孫博愉快的采納了周瑜的意見，並且成功的在藏寶處將庫恩製服，可惜庫恩並不知道霸者之證的事情，這次也是無意中知道這裏藏有寶藏，孫博等人經過各種險阻成功進入藏寶洞穴中發現，裏麵果然出了黃金和各類藝術品外，並沒有孫博要尋找的霸者之證。
孫博讓孫海通知阿格裏帕等人來這裏搬運寶藏，同時逼問庫恩在之前雅加達邊上的島嶼中獲取的其他線索，在確認庫恩並不知情後，孫博十分沮喪。
東南亞並不小，並且島嶼眾多，沒有任何線索之下去尋找霸者之證無異於大海撈針。
翌日，一夜為睡的孫博不相信和東亞霸者之證放在一起的地圖會沒有信息，於是在寶藏中翻揀起來，看看是否能從中找到霸者之證的線索。
因為寶物實在太多，孫博一個人十天都翻不完，所以周瑜等了解內情的人也上前幫忙，交代崔氏兄妹等不知情的人看守好尤裏斯和庫恩。
皇天不負有心人，孫博終於在保障中發現了一卷中國的竹簡書信，可惜書信的內容並不完整，但是從竹簡書信中獲知高棉人等詞語，孫博第一個想到的就是吳哥窟，孫博不得不立刻帶著大部分人乘船去往麻六甲尋找關於吳哥窟的信息。
又是一番折騰後，孫博尋找到了吳哥窟的遺跡，因為被廢棄很久時間，而且又十分龐大，又是經過一番折騰後孫博終於找到藏在地下室中的東南亞霸者之證以及一張印度洋的藏寶圖。
因為東南亞最大的海盜勢力和西方勢力莫名其妙的被孫博解決，所以孫博留下船隊掃清東南亞勢力，並且派人上報朝廷。
之後孫博便帶著希望號朝著印度方向行去，並且讓阿格裏帕和哈萊姆結束東南亞事情後便來印度，並且相約在斯裏蘭卡集合。
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