在好朋友謝林的幫助下，1801後1月，31歲的黑格爾終於來到耶拿大學任教。
在耶拿，黑格爾發表了第一篇論文《費希特哲學體係與謝林哲學體係的差異》。在這篇文章中，他站在客觀唯心主義的立場上，批評了當時很流行的主觀唯心主義。1801年8月，耶拿大學通過了黑格爾的論文答辯。
從此，他取得了大學的授課資格和講師的頭銜。
在這裏，黑格爾和謝林同住同吃，他們共同出版了《哲學評論雜誌》。在刊物上，他們發表共同的哲學觀點。從當時發表的文章中可以看出，黑格爾與謝林的哲學觀點分歧嚴重。這種分歧導致了今後他倆分道揚鑣。
黑格爾在耶拿大學先後講授過《形而上學》《自然法》《純粹數學》等課程。在這裏，黑格爾出版了《科學的體係·第一部精神現象學》一書，第一次係統闡述了自己獨立的哲學觀點。
但是，黑格爾在耶拿大學的生活和事業，並非一切遂心如意。學校當局處處跟他過不去，發給他的薪水也很微薄，因而黑格爾的日常生活十分拮據。
黑格爾經常陷入學術沉思，對生活瑣事顯得漫不經心。有很多次上課，他心不在焉地提前到校，去給等著別的老師的學生授課，有的學生在下麵暗示他搞錯了，他壓根沒有理會……
1806年10月，當黑格爾正在耶拿大學過著平靜的學者生活時，拿破侖出兵進犯耶拿城。拿破侖在戰鬥中擊敗了駐守耶拿的普魯士軍隊。1806年10月13日，耶拿城被法國人占領，拿破侖本人騎馬巡視耶拿城。
在法國軍隊麵前，黑格爾拿著尚未寄出的最後幾頁稿子，外出避難。
戰爭破壞了學校教學活動。黑格爾失了業，窮得一文不名。幸虧，他的一位巴伐利亞有錢朋友幫助他逃出耶拿，來到巴伐利亞。巴伐利亞雖然是德國的一個省，但它又相對獨立。黑格爾在班堡一家報社當編輯。班堡當時在法國軍隊的占領之下，因此辦報也受限製。在被迫的勞動中，黑格爾度過一年半慘淡的生活。1808年12月，黑格爾竟突然被政府任命為紐倫堡文科中學的校長。1813年，又被任命為紐倫堡市學校事務委員會督導。在任校長期間，黑格爾仍然登講台親自講授哲學和宗教，有時還替其他教師講授文學、希臘文、拉丁文以及高等數學等課程，他的表率作用，被廣大師生傳為佳話。
在巴伐利亞，41歲的黑格爾愛上了比他年輕20多歲的瑪麗·馮·圖赫爾。經過巴伐利亞國王的批準，他們於1811年9月16日舉行婚禮。瑪麗·馮·圖赫爾小姐出身於紐倫貝格的一個名門貴族家庭。她和黑格爾結婚，應該說主要是以黑格爾所謂“倫理性的愛情”作為基礎的。
他們的幸福結合一共持續了20年，直到黑格爾61歲故世為止。他們生了兩個兒子。大的叫卡爾，長大後任愛爾蘭大學的曆史教授。黑格爾的《曆史哲學講演錄》便是由卡爾編輯出版的。小兒子叫伊曼努爾，曾在普魯士的布蘭登堡省擔任宗教和政治方麵的高級官員。
黑格爾的家庭生活十分愉快幸福。關於這點，人們可以從他的名著《法哲學》中對於家庭的重視和評價的字裏行間看出來。黑格爾認為，婚姻不僅僅是赤裸裸的兩性關係，也不僅僅是市民間的契約關係，而是一種精神上的統一與和諧。說得更透徹一點，它實質上是一種倫理關係，夫妻間的愛是具有法律意義上的倫理性的愛。新婚後僅半年時間，黑格爾20多萬字的《大邏輯》上卷就問世了。為此，黑格爾動情地在日記裏寫道：“女性的力量是偉大而神聖的！”