日本第一的要塞
箱館戰爭的主要引發者榎本武揚，算是舊幕府裏的新人物。他出身在江戶，父親本是備後國福山藩的武士，入贅到幕臣榎本家，生下武揚，小名叫做釜次郎。釜次郎還沒有成年，就跟從名師學習儒學和漢學，還進中濱萬次郎開辦的私塾學過英語。19歲的時候，他擔任箱館奉行堀利熙的侍從，跟隨堀利熙前往樺太島（即庫葉島）探險——這次經曆，使他熟悉了日本東北部的地理人情，為日後的箱館戰爭埋下了伏筆。
從樺太島回來以後，榎本武揚又進入幕府開辦的長崎海軍傳習所學習，6年後更被派往荷蘭留學，還作為“觀戰武官”參加過普奧戰爭。可以說，無論在西洋的造船技術、航海技術、軍事知識，還是國際法方麵，榎本武揚都是當時為數不多的日本專家之一。
江戶幕府曾經向荷蘭訂購了一艘大型軍艦，起名叫“開陽丸”，1866年，結束留學的榎本武揚被任命為開陽丸艦長，千裏迢迢把這條軍艦從歐洲開了回來。留歐多年，這位榎本艦長的做派完全西化，梳著油亮的分頭，留著德國式的兩撇翹須，西裝筆挺，皮靴也擦得一塵不染。他回到日本的時候，正好德川慶喜繼承幕府將軍之位，大力提拔有才能的中下級武士，立刻便升任武揚為海軍副總裁。
戊辰戰爭中，年輕氣盛的榎本武揚是一心求戰的，可惜慶喜將軍不爭氣，還得請他指揮開陽丸軍艦，把將軍從大阪運回江戶來。回了江戶總得好好打一仗了吧，可是海軍傳習所時候的老師勝海舟又一心主和，把個武揚憋得有力沒處使，一肚子悶氣。
1868年五月二十四日，新政府最終確定了對德川家的處罰決定，榎本武揚親自指揮舊幕府艦隊把德川慶喜和新任將軍的德川家達運送去駿府城。八月上旬他回到江戶，老師勝海舟親自找上門來，要求他趕緊把艦隊移交給新政府。
榎本武揚表麵上答應得好好的，可心裏總是不忿——德川家數百年基業，難道這麼說完就完了嗎？隻封給70萬石的領地，朝廷也未免太過分一點了吧。想來想去，不行，艦隊不能交給京都政府，為了給德川家鳴冤，我不如反了吧！
八月十九日，榎本艦隊8艦（戰艦4艘：開陽、回天、蟠龍、千代田形；運輸艦4艘：神速、長鯨、鹹臨、美加保）約2,000人突然離開江戶，一路向北航行。按照榎本武揚的意思，是要北上支援奧羽越列藩同盟對抗新政府軍的戰爭，可惜他走晚了一步，才剛開到仙台藩境內，就聽說同盟軍兵敗如山倒，仙台、米澤等藩陸續歸降，連會津若鬆城也將要不保了。
母成峠之戰給打散了的大鳥圭介、土方歲三等將正好也在同時潰退到了仙台藩境內，於是500多殘兵登上了榎本艦隊，繼續迎著風浪向北航行。榎本武揚非常熟悉東北地區的情況，對眾將說：“蝦夷地處偏遠，官軍很難到達，不如暫且到那裏去容身吧。”
航行過程中，突然撞上大風浪，美加保和鹹臨兩艦沉了底兒，剩下6艦衝風破浪，於十月二十日來到了蝦夷地東南方的鷲之木。2,000餘舊幕府軍在此登陸，隨即便對新政府統治蝦夷地的中心城市箱館展開猛烈進攻。
蝦夷地這個時候是怎樣一種情況呢？江戶幕府時代，大和族真正能夠控製的，其實隻有蝦夷地最南端的鬆前半島和龜田半島，西麵的鬆前半島由鬆前藩統治，主城在福山，東麵的龜田半島則由幕府直轄，派駐一名箱館奉行來管理。這一年的閏四月份，突然有一名朝廷敕使千裏迢迢航行到蝦夷地，要求箱館奉行交出政權，福山藩也必須表示臣服。
這位敕使名叫清水穀公考，乃是上級公卿出身，在維新新政府組建之前，官位做到正四位（即正四品）侍從。他向新政府提出建議，應該立刻派員控製蝦夷地，以免成為舊幕府殘兵的藏身之所，於是新政府就給了他一個“箱館裁判所總督”的頭銜，派他去鎮撫蝦夷地。
閏四月二十六日，清水穀公考進入箱館東北方的要塞五稜郭，羽檄到處，箱館奉行杉浦兵庫頭和鬆前藩主鬆前德廣無不望風而降。於是朝廷設置箱館府，任命公考擔任首屆箱館府知事（相當於縣長）。
奪取蝦夷地非常順利，可是接下來情況就不妙了。很快，奧羽越列藩同盟組成，基本斷絕了蝦夷地和本州的聯係，物資運輸極為困難，並且原本駐守箱館的都是仙台、南部、弘前的東北諸侯之兵，他們全撤回本州跟新政府軍幹仗去了，箱館府的防衛力量變得異常薄弱。
一句話，當榎本艦隊到來的時候，清水穀公考是要糧沒糧，要兵沒兵，等於一個光杆司令。
十月二十六日，在榎本武揚、土方歲三等人的指揮下，舊幕府軍浩浩蕩蕩殺向箱館府最重要的軍事要塞五稜郭。這座五稜郭乃是江戶幕府防備俄國人南下，於1857年開始動工，花費了183,000兩巨資和整整7年歲月才建成的。要塞的設計者名叫武田成章，他拋棄了傳統日本式城堡的構架，純學西洋技術，力求把五稜郭打造成全日本最堅固的要塞。
為什麼叫五稜郭呢？原來這座要塞是由內外兩個五角形組成的。內五角形是主體，堅固的城壁，外挖深壕，每個角上都設有炮台，可形成對來犯之敵最集中而猛烈的打擊；內五角形的凹陷處另設一角，形成外五角，幾乎可以彌補任何一個角度的火力不足。換種說法，按照武田成章的設計，五稜郭要塞內五角、外五角，拚成為一個正十角形。
可惜，因為費用問題，外五角事實上隻完成了一個角。除此之外，這個要塞還有一大缺陷，那就是距離海岸太近，極易遭受艦炮的轟擊。武田成章開始設計的時候，因為艦炮距離有限，全世界恐怕沒有一艘軍艦可以從海上打到五稜郭要塞，可是等要塞正式動工的時候，情況起了變化，從歐美得到消息，艦炮射程已經大大強化，五稜郭變得不大安全了。於是成章請求更改修建要塞的場所，但卻被當時的箱館奉行以“離海太遠，日常生活不便”為理由，一口回絕了。
五稜郭具體在什麼地方呢？原來龜田半島西側向北凹入，卻有一小塊陸地突出在外，形成一座小小的箱館山，箱館城就建在山上——現在叫做函館山和函館市。箱館山和內陸相連的狹窄通道叫做一本木關門，設有柵欄和關卡，名叫龜田川的河流在一本木關門附近注入大海。從一本木關門向東北方向行進3公裏多，在龜田川東岸，就是日本第一的要塞五稜郭了。
五稜郭要塞雖然異常堅固，易守難攻，但要防守住它也得有個最簡單的前提——你得有兵呀。清水穀公考這時候手下基本就沒有兵，結果榎本武揚、土方歲三等人氣勢洶洶殺到五稜郭，竟然一槍都不用放就直接取得了勝利。聽聞五稜郭陷落的消息，清水穀公考知事被迫放棄箱館，坐船逃回本州去了，於是舊幕府軍又兵不血刃拿下了箱館。
十一月初，舊幕府軍水陸並進，輕鬆地攻克了福山城，把整個南方蝦夷地盡數納入掌中。然後指揮官們開始坐下來研究下一步的行動計劃——很明顯，雖然占據了蝦夷地，但咱們還沒有實力殺回本州去，得先在這裏好好積聚一段時間，既然如此，可得想個名號才行。名不正則言不順，幕府已降，要想和新政府對抗，就不能再打德川家的旗號，得換個花樣。
榎本武揚微微一笑：“德川家的旗號既然不能打，咱就來締造一個共和國，如何？”
蝦夷共和國
明治元年十二月十五日，按照西曆來算，已經是1869年的1月份了，日本曆史上前無古人並且後無來者，在咱們可預見的將來也絕對不會再出現的“共和國”誕生了。
這個定名叫做“蝦夷共和國”的政權，最高領袖為“總裁”，表麵上是由選舉產生，但可笑的是，隻有逃亡到蝦夷地的舊幕府士官和官員才有選舉權，廣大普通士兵加蝦夷地居民是根本擠不進去的。據說總共搜集到856票，其中過百票的共有三人，即舊幕府海軍副總裁榎本武揚、陸軍奉行並鬆平太郎和大目付永井尚誌。
最終確定由榎本武揚出任蝦夷共和國總裁，鬆平太郎就任副總裁，永井尚誌出任箱館奉行（相當於首都市長），此外擔任要職的還有：陸軍奉行大鳥圭介、陸軍奉行並土方歲三、海軍奉行荒井鬱之介、鬆前奉行人見勝太郎、開拓奉行澤太郎左衛門、會計奉行榎本道章和川村錄四郎，等等。
共和國國旗確定為籃底黃色的菊花紋，菊花上還添加紅色七芒星（七芒星這種圖案倒實在少見得很）。
為什麼要裝模作樣耍共和國這招呢？一來作為日本人，無法否認天皇才是日本最高的領導者，榎本武揚當然不敢自稱天皇，建立帝國；二來作為舊幕府的臣子，他也不可能自稱開幕，出任征夷大將軍（況且怎麼說將軍也不算是一國真正的首腦）；三來，榎本武揚認為創建一個“民主”的共和國，有利於和美、法等西洋各國發展關係。
誰都知道維新新政府背後有英國人撐腰，舊幕府背後有法國人撐腰，但自從德川家投降以後，法國就再也無法名正言順地在日本扶持自己勢力了。蝦夷共和國若想擊敗或起碼擋住即將洶湧而來的英式裝備的新政府軍，多少也得找個靠山才行。於是共和國一肇建，榎本武揚立刻把原駐箱館的各國領事和暫泊蝦夷地的各國船長都召了過來，一方麵發布建國宣言，希望能夠獲得歐美各國的一致承認，另方麵也遊說各國在即將爆發的蝦夷和日本的戰爭中保持“局外中立”。
隻要你們承認了咱的共和國，咱和維新新政府之間的戰爭就不是內戰了，而是國與國之間的戰爭，除非你們明確和維新新政府結盟，否則根據國際法原則，是不能插手這場戰爭的。咱的共和國才剛創建，不太可能拉到同盟國，咱要求也不高，你們全都保持中立，別瞎摻和就成。
不得不說，榎本武揚果然深通國際法，他這一招玩得非常漂亮。
武揚的外交政策和手腕，一開始倒確實產生了不錯的效果，法國人和俄國人不用說了，他們本就正鬱悶英國所支持的勢力控製大半個日本，巴不得再鬧出點亂子來呢，而美國人剛從南北戰爭中騰出手來，也不甘心英國獨占日本市場，以這三國帶頭，列強紛紛表示承認蝦夷共和國，並在共和國和日本帝國交戰的過程中嚴守局外中立。最立竿見影的效果就是：舊幕府時代，曾經向美國訂購過一艘鐵甲炮艦，眼看著就該交貨了，美國既然采取中立姿態，就立刻把此艦扣下，不肯轉讓給新政府。
消息傳到東京（這會兒明治天皇已經行幸東京了，東京作為事實上的新首都地位已經基本得到確立），岩倉具視大吃一驚，趕緊跑去找英國公使帕克斯商量。英國佬隻想借著明治維新的機會獨占對日貿易，壓根兒沒打算和日本結成軍事同盟，所以他們是堅決不可能承認蝦夷共和國，不能把一場內戰搞成兩國交兵的。大家知道一戰以前，英國是真正的日不落帝國、全球霸主，他們在外交上一施壓，法、俄、美等國紛紛吃不住勁了，被迫撤回局外中立的聲明，允許向交戰雙方出賣武器和物資。
就這樣，鐵甲炮艦順利地落到了新政府手中。
榎本武揚帶到蝦夷地的艦隊，包括主力戰艦4艘，可以算是當時日本最強大的海軍力量，即便新政府拿到了新的鐵甲炮艦，也未必是其對手。武揚用這支艦隊封鎖了蝦夷地和本州島最東北端之間的津輕海峽，新政府想要派兵討伐，那真是千難萬難。