總體來說，在該階段我國普通高校繼續教育快速發展，突出表現在舉辦高校的數量和辦學規模上，滿足了廣大社會成員的學習需求，培養了數以千萬計的各類人才，提高了人口素質。伴隨著辦學的急速發展，我國普通高校繼續教育也產生了許多的問題，集中表現在辦學質量的下降和部分學校的辦學權轉移，嚴重影響了普通高校繼續教育的質量聲譽。隨著普通高校全日製教育擴招的開始，這一外部因素和上述的內部動因，促使我國普通高校繼續教育轉入了以創新發展、內涵發展為主題的新階段。
（三）內涵發展期（1998年至今）
自20世紀末開始的普通高校繼續教育內涵發展，有著深刻的內涵和多元的實踐形式。不僅僅體現在規模發展的同時，更加注重質量建設；也體現在辦學形式的調整與創新，成人脫產班的停辦以及現代遠程教育的創新發展都是內涵建設與創新發展的產物；更體現在普通高校繼續教育衝破了學曆補償教育的藩籬，從終身教育、終身學習的角度切入，成為國家現代教育體係的重要組成部分。
從規模發展角度看，1999年普通高等學校函授教育、夜大學在校生規模達到1 326 483人，成人脫產班在校生數為287 632人，共計1 614 115人。到2016年，成人本專科在校生規模為584.4萬人。
內涵發展階段的特征集中體現在加強普通高校繼續教育的規範管理和辦學引導。1999年5月，教育部頒發《關於高等學校以函授、夜大學方式舉辦本專科教育的意見》，對普通高校舉辦高等學曆繼續教育的辦學資格、辦學條件、範圍和專業、備案手續、檢查與監督進行了規範。同年11月，《關於普通高等學校函授、夜大學本專科專業設置的補充意見》頒布。2004年，教育部下發通知，全國成人高校招生統一考試在每年的秋季舉行，被錄取的新生於第二年春季入學。2007年4月，教育部下發《關於進一步加強部屬高等學校成人高等教育和繼續教育管理的通知》，除規定自當年起部屬高校停止招收任何形式的成人脫產班外，更規定現代遠程教育試點高校要逐步將函授教育過渡到現代遠程教育，基於現代信息技術支撐的高等學曆繼續教育的融合創新發展開始在普通高校中進行探索和實踐。2016年11月，教育部發布《高等學曆繼續教育專業設置管理辦法》，加強對高等學曆繼續教育專業設置的統籌規劃與宏觀管理，引導高校做好專業與課程體係建設，完善人才培養方案，增強人才培養的針對性和適用性，不斷提高人才培養質量。
為建立健全高校繼續教育質量保障體係，形成政府依法管理、學校依法自主辦學、社會各界依法參與和監督的格局，提升繼續教育治理體係和治理能力現代化水平，基於“管辦評分離”原則，2018年，教育部啟動了高校繼續教育發展年度報告工作，委托北京師範大學開發了“全國高校繼續教育發展年度報告工作平台”，並具體承擔年度報告工作，探索建立我國高校繼續教育質量保障運行機製，引導普通高校重視繼續教育辦學質量的提升。
為了應對新時期繼續教育的發展，國家教育行政部門也在努力探索成立繼續教育專門機構，以推動繼續教育的發展。2012年，教育部設立繼續教育辦公室，掛靠在職業教育與成人教育司，由一名副司長具體負責，下轄遠程與繼續教育處、成人教育培訓處和農村成人教育處三個處室，後在機構調整過程中調整為高等繼續教育處、城鄉社會教育處。其中的高等繼續教育處是專職負責全國高校繼續教育、自學考試的規劃和監管的機構。