五、平息叛亂，追剿殘匪
平息哈密鄯善叛兵騷亂
陶峙嶽、包爾漢等人通電起義後，仍有少數堅持反動立場的頑固軍官和特務分子，趁解放軍還沒有駐軍新疆之際，製造多起反革命暴亂，企圖阻止解放軍的大部隊進入進疆，給新疆和平帶來了隱患。
在1949年9月28日夜晚，駐哈密國民黨第一七八旅第五三三團部分官兵，進行燒殺搶掠的暴亂活動，搶走中央銀行哈密分行庫存金銀12箱，以及自蘭州銀行運來的500餘公斤黃金，甚至搶劫了許多商號和群眾的財產。
而在這之後，國民黨部隊駐鄯善之第六十五旅第一九四團第三營、駐吐魯番第六十五旅第一九四團第二營、駐焉耆第一二八旅直屬部隊、駐庫爾勒第三八二團第二營、駐輪台第一二八旅第三八二團、駐庫車第六十五旅騎兵團等部分官兵，先後製造了燒殺搶掠、奸淫婦女、殘害群眾的事件。
10月20日，一七八旅第五三三團的幾個反動軍官又指使駐七角井的兩個步兵營，扣留解放軍運載物質的40輛軍車，並企圖搭乘所扣的汽車趕往哈密，挾持旅部人員參加騷亂。由於事態嚴重，一兵團司令員兼政治委員王震指示參謀長張希欽連夜趕往哈密，采取緊急防範措施。
進至哈密地區的二軍五師十三、十四團、軍直炮兵團及六軍的一個先遣營，遵照兵團指示，於21日將國民黨一七八旅旅部及五三三團包圍，很快解除了參加暴亂人員的武裝，並將主犯五三三團團長逮捕。解放軍提前入疆，迅速平息叛亂，使新疆局勢漸漸穩定下來。
這些暴亂並非偶然，已經十分嚴重，在國民黨起義部隊中，雖然隻是極個別的，但所造成的危害卻極大。陶峙嶽在獲悉叛兵搶劫情況後，親自到哈密、景化等地視察。
他對起義官兵進行思想教育，闡明起義是正確的選擇，希望起義官兵維護新疆的和平安定，迎接解放軍的到來，並立即派出宣撫組、軍法審判組、救濟組分赴事件爆發地嚴懲暴亂分子，慰問受害群眾並向他們道歉，把所有的特工人員集中起來，嚴禁他們外出活動。
其實早在10月16日，陶峙嶽就發表告全疆將士書，告訴他們和平起義是一種明智的曆史選擇，並頒布軍隊紀律和懲罰條例，希望可以穩定了軍心。
哈密暴亂平息後，先遣部隊繼續向鄯善進軍，鄯善縣縣長司馬義親自組織各族群眾迎接解放先遣部隊。但就在這個時候，駐軍鄯善的國民黨起義部隊在營長和副營長的陰謀鼓動下進行騷亂活動，殘忍地開槍打死了縣長司馬義，威脅準備歡迎解放軍的新疆各族群眾。
在這千鈞一發之際，幾個維吾爾族的兄弟不顧叛亂分子的威脅和阻撓，快馬衝出城外，向正在行進中的解放軍先遣部隊報告了這個情況。
該部隊一麵向師部彙報，一麵有火速行進，很快就趕到了鄯善城下。為了避免發生不必要的流血衝突，解放軍采取了政治攻勢，向守城的反動官兵宣傳解放軍的寬厚政策，勸說他們不要再做無謂的犧牲。
在解放軍的耐心勸說下，守城的官兵終於打開了城門。解放軍采取果斷行動，迅速平息了事件，並嚴懲了參加叛亂的主犯。
人民解放軍進疆部隊到達駐地後，各級黨委根據黨的團結、改造政策，立即協助起義部隊有效處理了叛兵搶劫燒殺事件。依照人們群眾的要求和意願，解除了叛兵的武裝，逮捕了暴亂的策劃者。
為防止反動分子的報複行動，解放軍沿途留下了駐守部隊以保護群眾生命財產安全，並號召幹部戰士募捐和節約糧食，救濟受害群眾。
經過平叛鬥爭，粉碎了反動分子對解放軍的造謠誣蔑，加強了人民解放軍與群眾的密切聯係。也加強了對起義部隊的教育。
平息騎兵第七師的叛亂
國民黨騎兵第七師原是馬步芳的騎兵第五軍，長期受馬家軍閥的欺騙和控製，是最封建、最頑固的一個軍事派別，給新疆的和平解放帶來了阻力。
1945年5月，該部隊被國民黨調進新疆鎮壓“三區”的民族革命運動。
到了蘭州戰役後，馬步芳密派專使前來賞賜大量黃金白銀，騎兵第五軍軍長馬呈祥出逃之前，曾給他的親信做了伺機東山再起的安排。
解放軍進疆之初，新疆爆發了多起叛亂事件，騎兵第七師中的少數反動軍官暗地與烏斯滿、堯樂博斯等匪徒互相勾結，利用部隊中的宗教信仰、宗族關係煽動叛亂。