進入藏經洞後，愚昧無知而又貪婪的王道士最終聽任蔣孝琬的擺布，連續八個晚上任由他們在藏經洞中挑選卷子。
6月13日當斯坦因離開莫高窟的時候，跟在他身後的已是一支由駱駝、馬匹以及新增的五輛馬車所組成的浩浩蕩蕩的隊伍了。
斯坦因並沒有滿足，4個月後，蔣孝婉懷揣著斯坦因的一張字條再次潛入莫高窟。這次他又帶走了許多漢文和藏文寫本。1908年3月，滿載敦煌寫本的24口箱子和5口裝滿了畫繡品以及其他文物的箱子被斯坦因運抵倫敦不列顛博物院。1914年，斯坦因第三次到了莫高窟，通過王道士，他又騙去了5大箱敦煌卷子。據研究者統計，斯坦因前後三次總共盜走敦煌卷子1.5萬卷左右。卷子內容主要是各種文字的經卷和繪畫作品。
除了斯坦因，法國人伯希和也對莫高窟藏寶進行了瘋狂的掠奪。伯希和是一位懂得漢文、俄文、突厥文、藏文等10餘種文字的學者。
1900年至1904年，他曾在法國駐華使館任職，因而對中國的曆史、語言和文化較為熟悉，是法國乃至整個歐洲著名的漢學家。1906年8月，伯希和受有關學術組織的委派，開始在中亞考察。
1906年8月底，伯希和一行3人到達我國新疆的喀什。
1908年初，伯希和等人輾轉來到莫高窟，經過一段時間與王道士的討價還價，伯希和於3月3日走進了藏經洞。在整整3個星期的挑選過程中，據說伯希和以每天閱卷大約1000份的高速度，基本上將洞中所藏的敦煌遺書檢查了一遍。最後，他以500兩白銀的價格和嚴守秘密的許諾與王道士達成交易，帶走了大約6600卷敦煌卷子。伯希和所劫掠的敦煌卷子的數量雖沒有斯坦因多，但卻都是精華，其中有許多孤本。這位漢學家顯然比斯坦因更識貨。在敦煌卷子中，標有年代的卷子本來不多，伯希和卻盜走了其中的大部分；在敦煌卷子中世俗文書的數量本來也不太多，而伯希和卻又盜走了許多。現藏於法國巴黎國民圖書館的這些敦煌卷子，可以算得上是藏經洞敦煌卷子中最有價值的一部分。
“敦煌卷子”是一批非常寶貴的文化遺產，“敦煌卷子”各種文字的寫本多為卷軸式，其時代從公元5世紀至11世紀，即從魏晉南北朝至宋初。它包括了5萬餘件漢文寫本和大量的藏文、於闐文、突厥文、回鶻文、粟特文、梵文等多種文字的寫本。
漢文寫本中的95%是佛教經典，包括經、律、論、疏釋、讚文、陀羅尼、發願文、啟請文、懺悔文、祭文、僧傳、經目等。其餘5%的非佛典文獻包括經、史、子、集4部。
敦煌藏經洞文獻的發現，在國內外學術界引起了轟動。由於敦煌卷子涉及中國和中亞地區的曆史學、語言學、考古學、民族學、宗教學、文學、藝術、書誌學、曆史地理學和科技史等諸多方麵的內容，所以它普遍引起了世界各國學者的關注。當今世界通過考古發掘發現的新史料盡管很多，但由於藏經洞文獻具有與一般新史料不同的價值與特點，所以以敦煌卷子為基礎的研究，最終形成了一股學術的新潮流，並形成了一門綜合性的新學科——敦煌學。
敦煌卷子的佚失，是我國史學界的重大損失，它記錄了衰弱中國的恥辱曆史，相信隨著國家的富裕強盛，此類曆史將再也不會重演。