（三）趕超戰略可能麵臨的國際挑戰：政府vs市場
客觀地說，我們並沒有取得與經濟發展相對稱的科技發展水平。在一個技術動態追趕過程中，我們取得了技術進步，但是從整體上來看，西方發達國家技術發展更快，中國科學技術不但沒有追趕上發達國家，反而差距在不斷拉大。這使得中國企業未能進入“引進—吸收—試製—自主創新”的良性循環。2006年全國科學技術大會提出建設創新型國家的發展戰略，要在自主創新的基礎上實現我國科技競爭力的重大突破，這可以被視為是中國科技發展戰略進入趕超階段的裏程碑。此後，一係列重大科技專項開始陸續實施，同時布局七大戰略性新興產業，政府采購、技術標準製定和產業相關配套政策迅速跟進。一係列政府主導的創新行為開始凸顯，並由此引發了西方發達國家對中國自主創新政策的高度關注，並引來相關紛爭。其中，最關鍵的是政府在自主創新中的作用定位問題。技術進步與國家資源稟賦結構緊密相關，提升中國企業技術水平的必要條件是要在國際競爭中與原有發達國家企業共同分享高科技蛋糕。同時，雖然國內外學者也認同了中國企業進軍高科技領域的積極作用。比如共同分擔高昂的研發費用，共同推動科技前沿向前發展，有利於世界和人民。但是，中西方在推動科技進步的市場和政府作用上仍存在分歧。西方普遍認為應該由企業來完成，政府作用是在之前的研發環節進行補貼，一般不會介入太深，否則會幹擾市場的有序競爭。
中國科技自主創新戰略啟動元年的2006年，中國人均GDP不到美國的5%，這與發展高科技需要的資源稟賦結構嚴重不符，因此，國際社會必然擔心政府會過多介入企業創新活動。表4—6中我們列出了重要年份幾個典型國家的人均GDP情況。日本在上世紀60年開始進入技術和資本密集度高的行業，比如鋼鐵、汽車產業，此時日本人均GDP約占美國的50%，進入之後很快發展壯大起來。在20世紀70年代韓國開始邁入相類似的汽車等資本密集行業時人均GDP約為美國的20%，之後的發展並不順利，政府給這些行業的幫助比日本更多，同時花費的時間也更長（林毅夫，2004）。所以，在這樣的一種資源稟賦下，啟動我國高科技產業發展戰略顯然對中國政府和企業是一個極大挑戰。
一方麵，自主創新戰略麵臨創新主體缺位的問題。國有企業占據了我國經濟發展的重要位置，在一些關鍵領域處於絕對的壟斷地位，但是它們並沒有形成與此地位相統一的技術創新能力。根據有關調查，我國國有工業企業70%以上沒有研究開發機構，65%以上沒有技術開發活動，企業研究開發經費占銷售收入不到1%（金明雄，2007）。而根據國際經驗，企業研發經費占銷售收入的比例低於3%，則企業將失去競爭力，低於2%企業就麵臨被淘汰的風險。因此，由於市場機製與競爭機製的不健全，即便是浙江、上海、江蘇等發達地區企業，我國大中型工業企業也沒有完全達到通過技術創新能力提高以獲得市場競爭優勢的發展階段，依賴政策保護和成本及規模優勢依然是大多數企業的生存之道。另一方麵，我們現在采取技術趕超策略與日本、韓國轉型階段所麵臨的國際經濟社會環境相比，已經發生了根本性變化。上世紀六七十年代，知識產權保護意識並不強烈，同時政府可以采用很多產業政策，比如對投資、技術轉移和外彙彙率進行管製等，但目前，這些便利條件和政策手段已經不複存在。在這種情況下，隻能依賴於政府的深度介入，並攜帶創新能力較弱的企業一起向前衝。從世界範圍來看，政府對創新活動的幹預，各國均有，隻是程度略有不同，但是大多數國家僅止步於支持競爭前的研究開發活動（pre—competitive R&D）。這在WTO《補貼與反補貼措施協定》中有相關規定。這也是為什麼中國自主創新政策在過去短短5年多時間屢屢遭受到西方國家攻擊的原因。比如，中國政府采購政策要求享受優惠政策的企業必須是本國企業，有自主知識產權，要求是中方控製的公司，要求是中國注冊的品牌，要求是向中國開放代碼的軟件等。比如，科技部2009年發文要求所有賣給政府的產品必須在中國國內生產，之後這一政策遭受西方企業和政府抗議不得不取消了。相類似的，2010年中國政府要求國外企業銷售軟件給中國國有企業用戶的必須開放軟件代碼，之後被迫取消了這個規定。2011年國家主席胡錦濤在美國訪問期間也不得不承諾需要采取一係列糾正措施，取消政府本土化采購優先與自主創新政策掛鉤的做法等。