工藤新一與毛利蘭到遊樂園一起玩的那天晚上。工藤新一目擊到了黑衣男人與電網公司董事長會澤榮的交易現場。卻一心顧著偷看交易沒有提防另一個黑衣男人從自己背後用鐵棍攻擊。因此暈倒了並且被強行灌下了不知名的毒藥當工藤新一醒過來之後發現身體已經變小了。情急之下的工藤新一化名為江戶川柯南住在了毛利蘭的父親以偵探為業的家中從而打聽黑衣男人的情報。隨便一提工藤新一在昏迷時隱隱約約聽見了兩個黑衣人的行動代號叫琴酒和伏特加。
另一方麵兩個黑衣人在與電網公司董事長會澤榮的交易現場將工藤新一製服之後慌張的的離開了。而電玩公司董事長會澤榮則逃之夭夭不知去向。
琴酒和伏特加回到黑暗組織的基地後見到了那位先生。那位先生背對著琴酒和伏特加冷酷的說；“和電網公司董事長會澤榮的交易怎麼樣了？”琴酒慚愧的說；“成功了。但是出了點意外。”那位先生說；“意外？”伏特加說；“是的。就在我和電玩公司董事長會澤榮交易完成之時半路殺出了高中生偵探工藤新一。所幸的是被琴酒大哥從後麵打暈讓他吃下了組織的科學家新研發的毒藥。”那位先生說；“是嗎?我覺得高中生偵探工藤新一是幸運的人。畢竟他成為了組織的科學家新研發的毒藥的第一個人體實驗者。”琴酒說；“是啊！不過高中生偵工藤新一的生死死還不明確。我覺得要派人去調查。”那位先生說；“這件事你就不要管了我自有安排。”於是琴酒和伏特加就離開了。
與此同時FBI探員同樣也在調查黑暗組織的底細並派人潛入了黑暗組織內部已經一年多了。就在FBI準備執行裏應外合的行動計劃時一個驚人的消息傳到了FBI總部；潛入組織的夥伴暴露了身份正在趕回。就在這個消息傳到FBI總部的第二天潛入黑暗組織的成員回到了FBI的總部。
潛入黑暗組織的FBI成員名叫赤井秀一。
赤井秀一回到FBI總部後見到了自己的上司詹姆士·布萊克。赤井秀一說；“詹姆士先生我潛入組織的事情被組織的成員識破了。所幸的是我趁機逃了出來。”詹姆士·布萊克聽了喜一半憂一半說；“回來就好。帶回了什麼情報？”赤井秀一說；“黑暗組織的成員一般都是穿得滿身黑，頭戴黑色墨鏡及及黑色禮帽。行動代號都是酒名。比如我在組織的行動代號是黑麥。”詹姆士·布萊克說；“知道了。你辛苦了去休息吧。”隨後赤井秀一離開了詹姆士·布萊克的辦公室。
緊接著茱蒂·斯泰琳來到了詹姆士·布萊克的辦公室。茱蒂·斯泰琳說；“詹姆士，赤井秀一潛入組織的計劃失敗了。赤井秀一怎麼樣了？”詹姆士·布萊克說；“他已經回到了FBI總部。剛才來過我的辦公室彙報了他在組織裏潛伏所獲得組織的情報了。”茱蒂·斯泰琳說；“既然是以至此我們現在該怎麼辦？”詹姆士·布萊克說；“我決定秘密進入日本國內進行調查。”茱蒂·斯泰琳說；“就隻有這樣了。”
兩天後FBI到達了日本的首都東京國際機場。隨後購買了一本日本國內地圖並買了一份當天的報紙。報紙的頭條是；著名高中生偵探工藤新一失蹤。
這條新聞引起了FBI的注意並且展開了調查行動。在報紙上FBI獲得了工藤新一最後出現在杯戶遊樂園的情報並進行了調查。在調查的過程中FBI意外的找到了與黑暗組織交易後不知去向的電玩公司董事長會澤榮。
根據電玩公司董事長會澤榮提供的情報高中生偵探工藤新一在遊樂園出現的原因是受自己的委托破壞與自己交易的黑衣男人所在的組織，但是卻被黑衣人打暈生死未明。會澤榮另外提供了黑衣男人的體貌特征與赤井秀一提供的基本一致。
隨後FBI認定了會澤榮所說的人正是黑暗組織的成員並將會澤榮留在了身邊。但是好景不長。在一個深夜會澤榮正要準備睡覺時一個黑影神不知鬼不覺來到了電玩公司董事長會澤榮的公寓將他帶走了。
FBI知覺後努力地進行了調查，但是卻一無所獲。因此黑暗組織的線索就這麼不知不覺的斷了。
溫馨提示：
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(本章完)