努爾哈赤統一女真各部的過程，大致分為三個階段。第一階段，征服建州五部。從萬曆十一年起，努爾哈赤以祖上遺甲十三副、不滿百人起兵，至萬曆十六年，即統一了五部。萬曆十七年，明朝晉升努爾哈赤為都督僉事。次年，努爾哈赤即親自入京朝貢及“謝恩”。第二階段，打敗九部聯軍及合並長白三部。努爾哈赤統一建州五部後，於萬曆十九年，又兼並長白鴨綠江部，引起其他部族不安。萬曆二十一年，以葉赫那拉為首的扈倫四部、蒙古三部（科爾沁、錫伯、卦勒察）、長白二部（珠舍哩、訥殷）等九部聯軍，合兵三萬分三路來攻，被努爾哈赤大敗於渾河附近，努爾哈赤又乘勝消滅長白珠舍哩、訥殷二部。萬曆二十三年，明朝又加封努爾哈赤為龍虎將軍。次年，努爾哈赤再次赴京入貢及“謝恩”。第三階段，消滅扈化四部及東海諸部的大部分。努爾哈赤首先於萬曆二十七年滅掉哈達，又於萬曆三十五年滅輝發，於萬曆四十一年滅烏喇。努爾哈赤在統一女真各部的過程中，創立了八旗製度。八旗製度是由女真族氏族社會的一種牛錄組織演變而來的。原來女真族凡出征狩獵，每人取箭一支，十人中設一首領，統率九人行進，此首領稱為牛錄額真。（牛錄，漢語“大箭”的意思。額真，漢語“主”的意思。）這種牛錄組織不是固定的組織，隻是遇到出征及行獵，才臨時編製起來，事畢即散。牛錄額真也非常設的首領，乃是臨時推選的指揮者，事畢即罷職。努爾哈赤起兵之後，征服及來歸的女真部族日多，即根據戰爭的需要和女真族的傳統習慣，把原來的牛錄組織加以擴充，逐步建立了八旗製度，用以編製女真族人民。萬曆二十九年，努爾哈赤先建立四旗，以黃、白、紅、藍四種顏色作旗幟，稱為黃旗、白旗、紅旗、藍旗。萬曆四十三年，努爾哈赤於原有四旗外，又增設四旗，共為八旗。增設四旗是鑲邊的旗，將黃、白、藍旗幟鑲上紅邊，紅色旗幟鑲上白邊，稱為鑲黃旗（俗寫廂黃旗）、鑲白旗（廂白旗）、鑲藍旗（廂藍旗）、鑲紅旗（廂紅旗）。原有不鑲邊的四旗，則稱為整黃旗（就是整幅的黃旗，俗稱正黃旗）、整白旗（正白旗）、整藍旗（正藍旗）、整紅旗（正紅旗）。每一旗內的組織分為三級，三百丁為一牛錄，設一牛錄額真（漢稱佐領）；五牛錄為一甲喇，設一甲喇額真（漢稱參領）；五甲喇為一固山（即旗），設一固山額真（漢稱都統），在固山額真左右，又設兩個梅勒額真（漢稱副都統），作為副手。八旗各有旗主，由努爾哈赤的親近子侄任之，稱作八固山貝勒，也稱八和碩貝勒。又有八固山額真，是旗主之下的總管大臣，由努爾哈赤的子侄及親臣擔任。努爾哈赤則為八旗旗主之上的最高君長。八旗是軍政合一、兵民合一的組織，“以旗統兵”，又“以旗統人”，既是軍事組織，又是行政組織和生產組織。凡努爾哈赤麾下的各部族人戶都要被編進牛錄，受牛錄額真的管轄，平時耕獵為民，戰時則披甲當兵。