國內外學者從不同角度探討了兩類企業經濟效率差異的原因。相當一部分學者從企業管理運行的總體要素實證比較出發，認為企業規模、企業資產年限、企業資金構成、企業產品結構和管理水平(謝千裏,1993)，管理者與所有者之間的關係以及由此衍生的兩者之間的企業管理和決策權限的劃分(林青鬆,1996;張平,1996)，宏觀景氣因素和技術性因素(王臖,1996)，職工的獎金、計件工資和福利等激勵變量(Hay,1994)是影響國有企業經營低效率的主要原因。作為不同企業管理模式的實證分析，的確能從企業總體要素的比較中把握兩類企業間的具體差異，給人以一定的啟發。但是這種宏觀的要素差異比較並未能抓住導致企業經濟效率差異的關鍵性問題，忽略了早已被諾斯證明了的作為經濟發展重要變量的製度性因素。而且，在實證比較中隻是相對籠統地給出具體的差異要素稟賦狀況，而沒有明確到底是哪一個因素真正導致了兩類企業間經濟效率的差異。
張維迎和羅斯基從委托代理理論出發，將國有企業的低效率歸因於委托代理鏈過長，使初始委托人的最優監督積極性和最終代理人受監督下的最優工作努力嚴格遞減(張維迎,1995)，中央政府對國有企業的監督成本巨大，造成內部人控製現象嚴重(羅斯基,1996)。委托代理理論是近年來很有影響的經濟學前沿理論，用該理論分析企業經濟效率也確有一定的解釋力。但是，仔細觀察，也可發現許多令人困惑的現象。例如，改革開放前，農村生產隊委托代理鏈條很短，但長期存在著農民“出工不出力”的情況。後來農村改革實行了聯產承包到組，這中間也幾乎沒有什麼委托代理鏈，但是仍然沒有搞好。而國際大公司如西門子從母公司到下屬的子公司，員工超過幾十萬，委托代理鏈條不可謂不長，但是西門子公司卻具有較高的經濟效率。因此，單純以委托代理鏈條的長短帶來的效率損失來解釋企業經濟效率的差異顯得說服力不足。看來，企業經濟效率的差異還存在著深層次的原因。韋茨曼和許成鋼(WeizmanandXu,1994)從文化角度出發，認為鄉鎮集體企業的高效率是建立在東方式的合作文化基礎上的。我們也難以認同，文化因素作為非正式製度，對經濟效率會產生一定的影響。但是，與正式製度相比，這種作用是非主導性的。一個社會或一個組織，如果體製安排和機製運行存在重大缺陷，單靠文化因素難以保證其高效運轉，隻有在產權界定和製度規範基本合理的前提下，文化因素才會凸現出來。如果東方的合作文化有如此功效，那麼中國就不需要體製改革和製度創新，隻要把這種優秀文化發揚光大，豈不也同樣可以實現現代化了嗎？再說，一種文化具有明顯的區域性特征，在同一區域內，這種文化氛圍是共同的，其作用是普遍性的，為什麼在同一區域內，這種文化隻對鄉鎮企業、民營企業發生作用，對國有企業都沒有作用呢？李稻葵(1995)從模糊產權論出發，解釋了在市場不完善、法律體係不健全條件下鄉鎮企業經營高效率的原因。應該說，模糊產權論看到了在經濟轉軌時期產權製度安排的特殊性，也敏銳地覺察到了這種模糊性對於舊體製而言可能更利於企業的生長。但是，問題在於，人們不也總在抱怨國有企業產權關係不明晰、“所有者缺位”嗎？
官方確定的現代企業製度改革的第一條標準不就是要產權明晰嗎？那麼，為什麼模糊的產權一方麵是導致國有企業經營低效的原因，而另一方麵又成了鄉鎮企業經濟高效的解釋呢？田國強(1995)從非市場資源利用角度出發，認為由於經濟的自由度和市場的不完善程度均處於中間狀態，才使得政府行政官員或經濟管理人員在對某些非市場資源的利用方麵具有相對優勢，從而使集體所有製的產權安排成為最優。這段表述令人費解，按筆者的理解，這種非市場資源是一種政治資源或政治權利，是在市場競爭不完善的條件下，各級地方政府利用其手中的政治資源來保護、扶持所屬的企業，從而促進企業的發展。即便筆者理解正確，從非市場資源利用角度來解釋鄉鎮企業、民營企業發展的高效率具有明顯的暫時性，原因有二。其一，這種政治資源對企業的促進作用會隨著市場體製的不斷完善而逐漸弱化，而且利用非市場資源來為企業發展贏得機會也有悖於市場經濟公平競爭的原則，過於強調政治資源在經濟中的作用，更不利於市場經濟體製的進一步完善和發展，與我們改革的初衷相悖。其二，按照辯證唯物觀，事物的發展需要外因，但外因隻能靠內因才起作用，而且外因對事物發展的作用具有暫時性。在區域經濟分割比較嚴重的時期，這種政府保護和扶持作為鄉鎮企業、民營企業發展的外因的確會起到一定的作用，但是隨著市場一體化的逐步形成，如果沒有內因支持，這種外因的作用很難長時間的對鄉鎮企業、民營企業的發展起到如此大的作用？因此，國有企業和鄉鎮企業以及國有企業和民營企業之間持續20年的效率差異似乎難以僅用這種暫時性的外因來解釋，這就需要我們從兩類企業的內因去重新思考。另一種觀點則是從行政結構的角度，基於中央和地方的關係和互相作用的角度對鄉鎮企業的經濟高效進行解釋(Chang\|wang,1994)，此外，還有學者將鄉鎮企業的產權邊界定義為鄉鎮社區而非企業，認為鄉鎮企業的高效率正是源於社區化的企業運作模式(Che\|Qian，1995)。