近年來，隨著我國國民經濟的發展，肉食品的消費量增加，隨之而來的因肉食品所引起的食物中毒病例也不斷增加，這嚴重地威脅著人民身體的健康。但是，目前我國肉食品中致病菌的檢驗普遍采用傳統的細菌學檢驗方法（如細菌分離培養等）和血清學方法（如凝集試驗、沉澱試驗、瓊脂擴散試驗等）。采用上述常規方法檢驗肉食品一般都繁瑣而又費時費力，報告檢驗結果大致需4~5d，且檢驗的準確性和靈敏度不高。這不僅成為檢驗部門的一項沉重負擔，而且也越來越不滿足日益發展的社會需求。因此，建立一些快速、準確檢驗食品中致病菌的方法已成為當務之急。核酸探針技術由於其敏感性高（可檢出10-12~10-9的核酸）和特異性強等優點，已廣泛地應用於基因工程及醫學、獸醫學的實驗室診斷和進出口動植物及其產品檢驗方麵，包括用於沙門氏菌、彎杆菌、輪狀病毒、狂犬病毒等多種病原體的檢驗上。在食品微生物領域研究較多的主要集中在用於檢驗食品中一些常見的致病菌。
一、大腸杆菌
產腸毒素性大腸杆菌（ETEC）是引起人和動物腹瀉的主要病原之一。在常規檢測食品中大腸杆菌時，產耐熱腸毒素（ST）的大腸杆菌常用乳鼠試驗來鑒定，該方法操作複雜，耗時多，不適於進行大樣本的檢測，並且所用增菌方法還常常導致質粒相關毒力的喪失。近幾年，放射性同位素標記的核酸探針正越來越多地用於ETEC的快速檢測，Hill等人曾用［α-32P］標記的DNA探針檢測了汙染食品中產熱敏腸毒素（LT）大腸杆菌，其敏感性達100個細菌g，此法雖適於大樣本的檢測，但半衰期短，對人體有危害，作為常規診斷，特別是在食品檢驗實驗室很不適用。國內周誌紅等用生物素標記的編碼大腸杆菌耐熱腸毒素（ST）的DNA片段作為基因探針，檢測了汙染食品（包括鮮豬肉、雞蛋、牛乳）中的產ST大腸杆菌。本法特異、敏感而又沒有放射性，且因不需要進行複雜的增菌和獲得純培養而節省了時間，減少了由質粒決定的毒力喪失的幾率，從而提高了檢測的準確性。
二、金黃色葡萄球菌
細菌分離培養是金黃色葡萄球菌檢測的常規方法，該方法雖然可靠，但費時、費力，不能滿足快速檢測的需要。檢測金黃色葡萄球菌的免疫學方法主要有免疫熒光（IFA）、放射免疫檢測（RIA）和酶聯免疫吸附試驗（ELISA）等，這些方法雖然具有一定的特異性和敏感性，但通常需要結合細菌分離才能進行，也難滿足快速檢測需要。
金黃色葡萄球菌能產生多種與毒力和致病力有關的毒素和酶，其中由nuc基因編碼的耐熱核酸酶［The rmostable nuclease，The rmonuclease （Tnase）］，是金黃色葡萄球菌產生的一種胞外酶，能耐受100℃1hr，而酶活不受影響，該酶不僅為金黃色葡萄球菌所特有，而且在不同菌株之間具有較高的保守性。國內高正琴等人根據已經發表的金黃色葡萄球菌耐熱核酸酶nuc基因序列設計引物，用PCR技術從金黃色葡萄球菌菌株中擴增nuc基因的特異片段，經生物素標記作為核酸探針，建立了斑點雜交試驗。用半抗原的DNA標記技術與增強化學發光（ECL）檢測係統，將非放射性方法的安全、易處理等優點與快速半定量檢測摻入相結合，直接應用熒光素半抗原的物理特性進行檢測，所製備的核酸探針為金黃色葡萄球菌的檢測提供了一種安全、簡便、快速、經濟的檢測手段。