隨著福建省光複之後，同盟軍威名遠揚，同盟會的活動也越發蓬勃，天下大勢的演變越發偏離了高旭所熟悉的那段南明曆史。
在整個北方，基本上處於滿清的控製區內，但是由於清軍在吳淞與福州兩役的戰敗，損失了數以萬計的滿清旗兵，使得清軍的兵力越發的捉襟見肘起來。再加上同盟會活動在滿清控製區的滲透，各地的舉義活動此起彼伏，使得本已連年兵禍下的北方諸省越發的殘破不堪。
由於江南錢糧最充足的常、蘇、鬆三府被同盟軍“虎口奪食”，漕運被截，江浙兩地的錢糧無上北上，滿清朝廷的財政幾近破產，糧食基本上隻靠著湖廣支撐。要不第七二章 竊據海南是永曆政權無能，偌大的湖廣得而複失，清軍可能空著肚子打仗。所謂江南不定，無以定天下，滿清深刻體會到這一點。
長江以南，隻有湖廣、江西全省，以及江蘇的南京，還有浙江的杭州，這些主要城市還在滿清的控製之下，其餘諸省，四川成都已被張獻忠所屠，在年底準備領兵北上，企圖出川回陝西老家發展。雲貴及廣西在永曆政權的控製之下，廣東在紹武政權的控製之下，福建省已成為同盟會的第一個省級光複區。浙江杭州在綠營參將張存仁控製下，自守有餘進取不足，雖然擊破了紹興的魯王政權，致使魯王逃到舟山避禍，但杭州清軍兵力空虛，張存仁擔心鎮守嘉興的李元胤部趁虛而入，隻得固守杭州，這使得魯王在張名振、張煌言這些浙東將領的擁護下又有卷土重來之勢。
在江南戰場上，鎮守常州的閻應元再次成為老對手博洛的惡夢，常州之戰連續大半年，博洛寸土未得，而且已近冬季，江南的天花又有流行之勢，滿兵得了天花至死至殘的不計其數。蘇、第七二章 竊據海南鬆腹地是天花疫區，博洛想派兵騷擾也有心無力，再加上糧食不足，博洛隻得退守丹陽、鎮江一線，據一陸一水兩城拱衛南京安全，抵禦在陸上徐玉揚鐵一鎮、長江上史必達同盟水師的兩路騷擾。
天花，已成為閻應元手最為犀利的生化武器。牛痘疫苗是高氏工坊的絕密，同盟軍的將士人人都種過牛痘。在常州、蘇州、鬆江、嘉興四府府組成的長三角光複區內，每個縣鎮都有以種痘所為主的防疫站。而在滿清控製區卻沒有天花防疫體係，滿兵來到江南本本就水土不服，加上恐痘如虎，更是戰力大降。黑衣衛頭子鄔含蓄甚至把天花大量傳播到南京城，使得駐紮在南京城內的滿清兵出現恐慌，惶惶不可終日。雖然大明對於天花早就有舊式的人痘療法，但比起效用來，哪裏及得上同盟軍的牛痘疫苗。
隻不過一年多時間，滿清在江南的戰略上由進攻轉入防守，盤踞在江南的同盟軍成為滿清真正的心腹之患，就算是老謀深算的洪承疇坐鎮南京也是束手無策，至於濟爾哈朗也早失雄心，盼著北返休整。
同盟軍在江南拖住了滿清的主力，駐紮江西的綠營參將金聲桓從福建敗歸之後，隻是盤居在南昌、江等地，深恐福建的旭衛鎮從贛東挺進江西。幸好高旭初入閩海，福建局勢沒有穩定，也沒有餘力擴大戰果。
在湖廣，鎮守湖北的孔有德部在八月底奉命開赴江南戰場之後，清軍在湖北兵力空虛，但湖廣總督何騰蛟庸碌無為，永曆帝也毫無進取之心，反而在清軍重兵離開湖廣之後，不敢揮軍北上，收複失地，反而再一次掉轉槍頭開始征討廣東的紹武政權。
十月初，永曆帝命大學士瞿式耜督領大順軍忠貞營高一功部揮兵向東，從梧州出發，兵鋒直指肇慶。紹武帝聞訊，亦命廣東總兵林察集結重兵，從廣州出發迎戰。旬，兩軍會戰於肇慶。永曆軍的主力高一功部是大順軍餘部，南征北戰多年，頗有戰力，紹武軍不敵其鋒，廣東總兵林察退回廣州城堅守。
因永曆朝廷沒有錢糧，在肇慶取得大捷的高一功居功自傲，不聽大學士瞿式耜勸說，下令部隊因地就糧，縱兵在廣州外搶掠無度，使得永曆軍在廣東民心盡失。