1948年5月26日，美國國務院政策設計委員會向美國國家安全委員會提出了一份“關於美國對日政策的勸告”，即所謂NSC13號文件。此後，在這份文件的基礎上，於10月9日正式形成了NSC13.2號文件。因為這個文件是美國軍政兩方經過協調後形成的，所以它大體上確定了新的美國對日占領的基本政策和目標。
可以說，以這個文件的形成為標誌，美國的對日占領政策發生了重大轉變，即1948年以後，美國已經不再想削弱和打擊日本，而是要扶植日本，要把日本培養成美國在東亞的基地。
1948年10月，遠東委員會同意美國關於結束甲級戰犯審判的提案，東京審判僅僅進行了第一批戰爭嫌疑人的審判便草草收場。包括岸信介等重要戰犯在內的其他在押的嫌疑人大多在此後陸續被釋放，這些戰犯在未對其戰爭罪行做任何反省和改造的情況下，很快就重返政壇。
關於賠償。1948年3月21日，美國陸軍部公布了“斯特瑞克報告書”，這個報告書強調恢複日本經濟需要外部援助，因此，其規定的賠償數量，比原鮑萊方案減少了大約三分之一。與此同時，美國陸軍部副部長德雷珀（Draper）偕同斯特瑞克再次到日本，並於6月又發表了“德雷珀報告書”。這個報告書所規定的賠償額又比“斯特瑞克報告書”大為減少。1949年5月，遠東委員會的美國代表麥考埃發表聲明，最後宣布停止實施賠償計劃。
與此同時，“冷戰”仍在不斷地激化。1950年6月，“冷戰”終於演變為“熱戰”，朝鮮戰爭爆發。
由於朝鮮戰爭的影響，促使日美關係由“敵國”變成了“盟國”。在此期間，美國的政策在日本產生了至關重要的影響：首先，將日本作為戰爭物資的供應地，並決定重新武裝日本。違反戰爭結束前夕盟國約定的不得單獨與日本媾和的協議，與日本單獨媾和，並把日本納入所謂“自由主義世界”，日本經濟從此一躍而起。
1951年9月8日，日本在與美國等國簽訂“舊金山和約”的同時，還與美國單獨簽訂了《日美安全保障條約》，決定美軍在媾和後長期駐紮日本，日美關係變成了同盟關係。
與聯邦德國相比，即使是在戰後初期，美國對日本法西斯軍國主義分子褫奪公職的處分也不十分徹底。戰後初期，在盟國占領下的德國實施了非常嚴厲的“非納粹化”政策。
例如，在美國占領區，對18歲以上的所有德國人都發放了詢問表，調查其與納粹的關係，其結果有占成年人人口四分之一的344萬人受到了起訴，有78萬人受到了各種處分。為了不使納粹重要分子漏網，甚至不得不采取了輕罪重判的做法。
在法國占領區，至1945年末已經撤換了45%的官吏，其範圍涉及從國境邊上的小鎮到曾經短時間參加納粹黨的最有名的大學教授。在英國占領區，則解散了所有曾經與英國有債權關係的商業公司。蘇聯占領區對納粹分子的追究更加嚴厲。全德國有112萬人受到了解除公職的處分。
在亞洲，由於蘇聯和中國被排除在對日占領和媾和條約之外，就沒有一個國家能夠如此監督和牽製美國。這也就更加深了在日本人的意識中第二次世界大戰是對美國的戰爭、日本是敗給了美國、日本人隻對美國人負有戰爭責任的錯誤認識。
此外，美國對日本的占領還實行所謂“間接統治”，這種占領方式與盟國對德國的“直接統治”有很大的區別。在德國，占領軍完全拋開德國政府，直接行使國家權力。而在日本，則保留了日本政府，美軍是通過日本政府行使統治權。
曆史是連續的，在改革沒有觸及的角落，一旦國際國內條件成熟，還會沉渣泛起，造成影響。即使是在60多年後的今天，一部分日本人還是不肯就對外侵略的罪行誠心認罪，少數右翼分子甚至還從根本上否認日本發動過侵略戰爭；一些日本人依舊看不起亞洲人，日本與亞洲各國的糾紛不斷，亞洲各國人民對於日本的警惕和不安正在增加。所有這些，都是戰後改革的不徹底性給當今日本造成的惡果。