在公費醫療辦公室工作期間，李宗蕊感到最愉快、最順利的日子，是在原來負責工作的邢副主任調走之後，衛生廳辦公室的孔祥驪過來當主任那段日子。說起來，這個孔主任，跟李宗蕊之間還有著一段深厚的淵源。
1991年，李宗蕊還在人事處幫助工作期間，曾隨領導一起去張家口省鼠疫防控所考察過班子，當時，孔祥驪正在防控所任職。兩個人從那時開始就認識了。李宗蕊待人誠懇熱情、工作認真負責的作風，給孔祥驪留下了很深的印象。後來，孔祥驪相繼調入廳機關辦公室、人事處工作，兩個人曾在同一間大屋子裏辦公，而且同事關係相處得很融洽。李宗蕊比孔祥驪大幾歲，因此孔祥驪總是稱呼她為大姐。這次，兩個誌向相投的同事在一起工作，彼此感覺都很舒暢。
與孔祥驪、劉春明等四人
孔祥驪剛到醫療辦時，由於業務工作不熟悉，麵對著一大堆數據報表，常常是一頭霧水。就當孔祥驪為無法快速開展工作而頭疼之時，李宗蕊及時地發揮了她的作用。她到醫療辦早一些，對業務工作已經很熟悉了，因此，每天一上班，如果有重要事項需要處理，李宗蕊就會及時提醒孔祥驪，哪些事可以緩一緩、哪些事必須盡快落實，她都一一道來，使孔祥驪的工作做到了有的放矢，很快打開了工作局麵。對於李宗蕊的無私幫助，孔祥驪始終念念不忘，多年以後回憶起來，仍舊為她的責任心而豎起大拇指。
李宗蕊不僅在工作上給予了孔祥驪很大的幫助，在生活上，她也處處體現出一位老大姐的熱心腸。當時，孔祥驪出差的時間很多，常常是一個電話打來，拎起包就得走。那時他的妻子尚在張家口工作，而剛上四年級的孩子跟他在石家莊生活，他這一走，小家夥就成了無人照料的可憐娃。看到孔祥驪忙得不可開交，李宗蕊便總是以一位老大姐的身份默默地幫助他。孩子放學了，她去接一接，然後讓王遠馨跟他一起玩；作業有解不開的難題了，她會拿出當年在團裏教學時的那種耐心，給孩子深入淺出地輔導一下。她的照料與關懷，孔祥驪的孩子牢記在心。後來，李宗蕊病重期間，孔祥驪已經長大成人的孩子，仍不忘前常去探望李阿姨。
那時，李宗蕊和孔祥驪在一個辦公室，隔壁就是其他辦公人員，兩間房子中間隻是用鋁合金門窗隔開，彼此都可以一目了然，所以，李宗蕊的忙碌，大家都看在眼裏記在心頭。隻要辦公室裏髒亂了，她就會默默地收拾一下，該洗的洗、該擦的擦，從沒有把自己當作一個副主任看待，甚至在某些程度上，比普通工作人員幹的事情還要多。
在李宗蕊擔任公費醫療辦公室副主任期間，接受並順利完成的最艱巨的任務，就是促進城鎮職工基本醫療保險製度的建立。這是一項複雜而繁瑣的工作。醫療保險製度的改革，是一項政策性強、涉及麵廣、關係到廣大職工切身利益的大事，必須積極穩妥地進行，稍有不慎，就可能出現很大的紕漏。為了按時完成任務，李宗蕊和同事們一起去外地學習考察、參加培訓班，積極借鑒好的經驗和辦法，回來後，製定了周密的實施計劃。在一些具體工作上她總是親自操刀，如基本醫療服務的範圍、標準、醫藥費用結算辦法和基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務標準等等，她都一一過問並參與製定，確保了整個方案的縝密和可操作性。那段日子，李宗蕊可以說是全身心地投入到了工作之中，甚至有時到了下班的時間，自己還全然不知。
對此，孔祥驪曾回憶說：“在工作最繁忙的階段，公正地講，主要工作都是李宗蕊幹的，而我隻是個配角。每天起草這個、測算那個，都需要具體的操作人，這個人就是她。這些事情，是相當勞心費神的，但李宗蕊從沒有推諉過。在她的全力配合下，整個公費醫療辦公室形成了合力……”
李宗蕊的辛勤工作，領導和同事們看在眼裏、記在心頭。1998年8月4日，她不負眾望，接替調走的孔祥驪，被正式任命為省衛生廳公費醫療辦公室主任。李宗蕊的工作履曆，又掀開了嶄新的一頁。
李宗蕊很清楚她的綜合實力。自己無論是做人還是幹工作，都有一股子剛烈勁兒，但自己本是護士出身，來醫療辦擔任副主任之前，又一直從事著機關黨委的工作，可以說都是辦具體事的，所以，在獨立領導一個處室、獨自撐起一片天空的時候，駕馭能力便顯得有些不足。領導交給自己一件事，無論遇到什麼困難，都可以圓滿完成，可今後，自己不僅僅幹好自己的事兒就行了，還要組織大家幹好工作，這擔子就更重了，將來會如何，還要腳踏實地一步步來啊……李宗蕊的擔心不幸成為了事實。孔祥驪在的時候，公費醫療辦公室一派祥和，各項工作開展起來順心順手，可他一走，李宗蕊麵對的情況就變了。首先是所屬人員能力欠缺，在處理一些具體事務上方法簡單，而且遇到問題就消極怠工，使得李宗蕊很是頭疼。她說也不是、不說也不是，隻得事必躬親，親力親為地手把手教，這當然很消耗她的精力。各項業務工作開展起來就有所緩慢。再有就是公費醫療辦公室和醫保中心之間的關係上也出現了問題。本來，這兩者就是上下級的關係，醫保中心應該圍繞醫療辦開展工作，但由於醫保中心的負責人是醫療辦以前的負責人，而且一直是李宗蕊的上級，所以，他有點擺位不正，常常跟醫療辦唱反調。在這種情形下，李宗蕊開展工作的難度可想而知。