接下來，聖旨又對記名提督李臣典、蕭孚泗等一班大將逐一封賞，卻唯獨沒有提到湘軍水師統領彭玉麟、楊嶽斌二人。原來，第一道聖旨之後，朝廷又跟手頒了第二道聖旨。
這道聖旨主要是獎賞僧格林沁、官文、李鴻章、楊嶽斌、彭玉麟：僧格林沁加賞一貝勒；官文賜封一等伯爵，世襲罔替，賞戴雙眼花翎；李鴻章賜封一等伯爵並賞戴雙眼花翎；楊嶽斌賞加一等輕車都尉世職，太子少保銜；彭玉麟亦賞加一等輕車都尉世職，太子少保銜。
第二道聖旨這樣寫道：“欽差大臣科爾沁博勒噶台親王僧格林沁，已迭次加恩晉封親王，世襲罔替，著加賞一貝勒，令其子布彥訥謨祜受封。欽差大學士湖廣總督官文，加恩賜封一等伯爵，世襲罔替，並加恩將其木支毋庸仍隸內務府旗籍，著抬入正白旗滿洲，賞戴雙眼花翎。江蘇巡撫李鴻章，著加恩賜封一等伯爵，並賞戴雙眼花翎。長江水師提督楊嶽斌，加恩賞加一等輕車都尉世職，並賞加太子少保銜。兵部右侍郎彭玉麟，著賞加一等輕車都尉世職，並賞加太子少保銜。”聖旨又在最後寫道：“閩浙總督署浙江巡撫左宗棠、江西巡撫沈葆楨等均候閩、贛等省軍務平定後再行加恩。”
但朝廷收到沈葆楨與左宗棠的奏折後，卻又緊急給兩江總督衙門下旨，指明據沈葆楨、左宗棠、劉典奏，說江西發現太平軍，並已查明，內有洪秀全的兒子洪天貴福，還有太平天國幹王洪仁玕等人！朝廷指責曾國藩：你說城內太平軍無有逃脫，還說洪秀全的兒子引火****，你到底是聽誰說的？還有，金陵城內金銀如海，珠寶無數，這些銀子呢？珠寶呢？現在朝廷正等著銀子用，你快查明這些銀子、珠寶的下落，然後解進京城以備戶部撥用！
聖旨最後說道：“曾國藩以儒臣從戎，曆年最久，戰功最多，自能慎終如始，永保勳名。唯所部諸將，自曾國荃以下均應由該大臣隨時申儆，勿使驟勝而驕，庶可長承恩眷。”聖旨最後又特別注明：“該旨著抄送左宗棠、沈葆楨閱看。”
左宗棠見到這道聖旨後，無異於晴天遭遇了霹靂，險些暈倒在地。
他萬沒想到，曾國藩在江寧大捷時上奏朝廷的竟是“洪天貴福積薪****，將各頭目全行殺斃，更無餘孽”，而他不經意的一篇奏折，無異於告了曾國藩兄弟一狀。更讓左宗棠不解的是，朝廷追查江寧金銀財寶下落一事，竟然也在同一旨中提起，這等於是說，這件事，也與左宗棠、沈葆楨二人有關。
值得慶幸的是，朝廷並未因此事而把曾國藩怎麼樣，隻是責令其“嚴查太平門缺口防守不力人員”。設若朝廷因此事而降罪於曾國藩，左宗棠不僅無顏麵對曾家兄弟，也無顏麵對湘係的所有統兵大員，亦無顏麵對李鴻章及其所屬淮係的統兵將領。
可冷靜下來之後，左宗棠又這樣想道：“設若自己接到劉典的快報後，並不向朝廷通報實情，隻是密函劉典，著劉典隱而剿之，後果又會是怎樣的呢？”
朝廷接到沈葆楨的奏折後，同樣要斥責曾國藩是無疑的了，但他左宗棠既派蔣益澧入贛堵剿卻又隱匿不報，這件事朝廷又會怎麼想呢？設若朝廷下旨追問，自己能說得明白嗎？
當晚，左宗棠苦著臉對伺候在旁邊的香姑娘說道：“我現在隻有開缺回籍，才能對滌生表明心跡了！這個狗娘養的洪天貴福，他可把我害苦了！”
香姑娘笑問了一句：“老爺，您老為什麼要開缺回籍呢？您老總得對朝廷講清楚了才對呀？”
左宗棠兩眼呆呆地望著前方，口裏自言自語道：“是啊，我為什麼要開缺回籍呢？朝廷當真這麼問我，我該怎麼說呢？我說我覺著對不起曾滌生？這也不成句話呀？”
香姑娘見左宗棠愈發癡呆，不由勸道：“老爺，您老不能再想下去了，您老會把身子想出毛病的。聽賤妾一句話，您老明兒啊，馬上給曾爵相發個快信過去，把話說清楚不就行了？”