武帝“獨尊儒術”還隻是指出方向，儒術實際上被尊起來是宣帝、元帝時期的事情。特別是石渠閣會議之後，經學的地位達到最高點，今文經學成為國教，絕不容許有任何懷疑。一門學問發展到這種地步，它的生命也就停止了。在西漢後期，今文經學的粗劣變種讖緯經學出現。這種東西實際上是巫師、方士用宗教預言、符籙瑞應等附會儒家經典，影射政局的變化，王朝的興衰，權貴的命運等等，是赤裸裸的神學迷信。統治者倡導讖緯，表現了他們的精神空虛和腐敗沒落。這樣一來，經學就形成三大派：今文經學、古文經學、讖緯經學。東漢初年，統治者看到經學內部的意見分歧，影響人心與政局的穩定，於是由漢章帝出麵召集白虎觀會議，裁定經學的正宗理論。但是這次會議並未能實現經學的統一，欽定的權威反倒加速了經學的崩潰。
董仲舒適應漢代大一統政治形勢的需要，在原始儒家禮治思想基礎上提出“三綱”思想，所謂三綱即“君為臣綱，父為子綱，夫為妻綱”。在他那裏君臣之間已經沒有孔孟那種相互尊重的關係，而是單方麵要臣為君做犧牲，強調臣對君要“委身致命”，“善皆歸君，惡皆歸於臣”(《春秋繁露·陽尊陰卑》)。在父權和夫權方麵也有相應的加強。不過董仲舒畢竟是儒家而不是法家，他鑒於秦亡的教訓，重申重民思想。“且天之生民，非為王也，而天立王以為民也。故其德足以安樂民者，天予之；其惡足以賊害民者，天奪之。”(《春秋繁露·堯舜不擅移、湯武不專殺》)這就是說，天是為了萬民的安樂，才給他們設立君主；能安樂百姓的，天給他君位。如果他賊害百姓，天就要奪走他的君位。他一麵要加強君主專製，一麵又要重民，因而在統治方法上提出“任德不任刑”的主張。任德不任刑不是不用刑，而是刑德並用，以德為主。從經濟上說，要防止產生大貧大富的嚴重對立，“大富則驕，大貧則憂。憂則為盜，驕則為暴”，不利於社會的穩定安寧。因此對貧富要加以調節、限製，使之在一定的程度之內，這就是使富者可以顯示其貴，但不致於驕橫，貧者能養生而不至於憂戚。為此，他提出“限民名田”(限製兼並)，“去奴婢，除專殺之威”(解放奴婢，不許主人有擅殺之權)等緩和矛盾的具體措施。在政治方麵主張少用刑罰，多用教化，宣傳“教化立而奸邪皆止”(《漢書·董仲舒傳》)。
儒家的特點之一就是闡發它所尊崇的經典《易》、《書》、《詩》、《禮》、《樂》、《春秋》。本為六經，後因《樂》亡佚，成為五經。儒家經學，曆朝都有，但是在思想活躍的時代如先秦、兩宋，它以子學、理學的形態出現，而在思想不活躍的時代則以經學形式出現，如兩漢、清代。
官方儒學——神學經學沒落了，但這並不意味整個儒學的沒落，相反的，它在神學經學之外萌發出勃勃生機。西漢末葉，揚雄不滿於讖緯和神學經學的荒誕無稽，試圖在經學之外恢複正統儒學。他吸收了黃老思想，仿照周易的模式，演繹出“太玄”的哲學體係，批評有神論，批評當時的苛政、奢侈以及外戚、宦官的專權等等。
西漢建國之初，在連年戰亂之後，經濟凋敝，人民窮困，社會無力負擔眾多的非生產人員，另一方麵，大一統政治局麵的確立，又限製了人們自由思想，因此先秦諸子百家爭鳴的盛況結束，隻有為數不多的儒家經師，在民間傳播與當時政治狀況較為合拍的關於六經的知識。在傳播過程中，逐漸形成兩種不同學派。一派稱今文經學，所講授的經典用漢代通行的隸書寫成，基本傾向是結合當時政治，發揮經典中的微言大義；另一派稱古文經學，其經書用籀文、蝌蚪文書寫，一般著重於文字訓詁和典故的解說，不聯係當時實際。
兩漢以後，儒家的倫理本位觀念沒有變，隻是隨著條件的改變，闡述的方式和強調的重點有所不同罷了。但是它的哲學理論卻發生了很大的變化。董仲舒思想體係的特點在於他的以天人感應為特征的神學目的論。天有幾層意思，其中之一即至上神：“天者，百神之君也。”(《春秋繁露·郊義》)它是有意識有意誌的神，它為世界安排秩序，為百姓設立君主。天對於地上的事情十分關切，如果國家政治清明，百姓安居樂業，它就降下祥瑞(顯示吉祥的特殊自然現象)來給以表彰；如果政治昏暗，民不聊生，它就會降下災害，對君主進行“譴告”；受到譴告而不思改變，天就降怪異來恐嚇；受恐嚇仍不改弦更張，天才真正把殃咎降到他的頭上。總之，至上神對人特別是人君，非常仁慈，想方設法使之省悟，改過從善。
東漢後期，神學經學日益荒誕、繁瑣，特別是皇帝、外戚、宦官以及其他權貴，用他們自己的昏庸無道、窮奢極欲的行動，把儒家倫理道德破壞得幹幹淨淨，因此多數知識分子厭棄了神學經學。他們開辟新的路子，以學術研究的觀點對待儒家經典，他們不願出仕，寧願在野，而且大辦私學傳授自己的觀點。在這種客觀形勢和思想氛圍中，強大的社會批判思潮應運而生。這個思潮的代表人物是王符、崔寔〔shi拾〕、仲長統。他們把握儒家的社會政治和倫理道德的基本觀點，對當時社會現狀，春秋以來的曆史做現實的理性的分析，與神學經學家，即使是那些想救治社會疾病的神學經學家完全不同。王符認為，東漢的嚴重社會問題是奢侈性工商業畸形發展。豪強地主兼並土地，積累了巨萬家財，他們在生活上追求享樂，刺激了奢侈性工商業的發展，吸引很多人舍棄農桑，投身這一行業，結果虧了本業——農業，造成“一夫耕，百人食之，一婦桑，百人衣之”的局麵，於是種種社會病接踵而至：貧窮、竊盜、鎮壓……為挽救危機，他主張“崇本抑末”，重農桑，抑遊業。崔寔看到土地兼並的嚴重性，富戶有家財巨億，有田畝農夫，像個封君，另一麵窮人無立足之地，一家老小不得不為富人服役。他們的救治方案是，恢複井田，使人人都有田產。他們都認為最大的病根在於皇帝、外戚、宦官、大官僚腐朽墮落，為了一己私利破壞公法，破壞儒家倫理道德，從根本上動搖了王朝的基礎。皇帝起了極壞的作用，窮奢極欲，造成巨大的浪費；任人唯親，重用宦官，寵貴外戚，形成兩個極其貪婪邪惡的勢力。整個官僚體製又培養出大大小小奸邪昏庸的官僚。王符等人看到了王權的禍害，但囿於傳統觀念萌生不出民主意識，認為王權是必要的，但要用重民思想加以補充。但是整個製度的問題，豈是一種思想所能解決得了的？他們雖然開了很多藥方，到頭來也隻能眼看東漢政權走向覆滅的深淵。仲長統總結春秋以來各個王朝的發展趨勢，認為大體上有三個階段，一是興起階段，統治者打敗群雄，但立足未穩，所以勵精圖治，奮發向上；二是鞏固階段，尊卑上下關係已定，統治權力穩固，帝王隻須守成；三是崩潰階段，統治者迷信自己的政權，以為永遠不垮，於是腐化墮落，破壞道德法律，殘酷壓榨人民，這就蘊育著新的社會大動亂。他的發現是深刻的，可以適用於整個封建時代，但真正的藥方是沒有的，麵對東漢覆亡前的種種現象隻有哀歎。