係統思考在運用時要注意下列兩個問題：
①在思考問題時，要將可能的幾種情況和方法，作為一個整體係統來考慮。
②在進行係統思考時，不僅要將思考的各要素作為整體來思考，而且要將係統內的各要素進行最優化的組合。
眼鍾的比例？演北京大鍾寺有口大鍾，它造於明代永樂年間，幾百年來，人們做出許多測定，包括體積、重量和成分等。以重量來說，有說是42噸，有說是53噸。我國聲學家用精密超聲聲速儀精確測定大鍾各處厚度，計算出實際重量為465噸。經化驗分析，大鍾含銅為8054％，錫164％，鉛112％和少量其他金屬。這口鍾的含金屬結構比例合適，使鍾經得起重敲，被認為屬於造鍾的最佳比例。
在運用係統思維法時應該注意三原則：
整體性原則
即從整體出發，把思考對象看作由若幹部分構成的有機整體，從整體與部分、部分與部分、整體與環境的相互聯係和作用中認識事物或找到解決問題的恰當辦法。
係統思考是“看見整體”的一項修煉，它是一種思維框架，能讓我們看到相互關聯的非單一的事情，看見漸漸變化的形態而非瞬間即逝的一幕。這種思維方法可以使我們敏銳地預見到事物整體的微妙變化，從而對這種變化製定相應的對策。
眼教授的預言？演美國人民航空公司在營運狀況仍然良好的時候，麻省理工學院係統動力學教授約翰史德門就預言其必然倒閉，果然不出其所料，兩年後這家公司倒閉了。史德門教授並沒有很多精確的數據，他隻是運用了係統思考法對人民航空公司的“內部結構”進行了觀察，發現這個公司組織內部一些因果關係還未“搭配”好，而公司的發展又太快了，當係統運作得越有效率，環扣得越緊，越容易出問題，走錯一步，滿盤皆輸。史德門之所以能夠看出問題的本質，是因為他運用了整體動態思考方法，透過現象看到了問題的本質。
綜合性原則
即從綜合的觀點出發，把係統看成是多因素、多方麵的統一體，以便對思考對象進行綜合考察和處理，既要看到對象的各個方麵，又要在多方麵的聯係中全麵地、綜合地加以分析和研究。
眼詮釋“紅崖天書”？演在一次學術研究會上，上海江南造船集團的高級工程師林國恩發布了對“紅崖天書”的全新詮釋。學術界的專家普遍認為，林國恩對這一千古之謎的解釋，與其曆史背景、文字結構、圖像寓意相吻合，具有可信度和說服力。
所謂“紅崖天書”，是位於貴州省安順地區一處崖壁上的古代碑文。在長10米，高6米的岩石上，有一片用鐵紅色顏料書寫的奇怪文字，文體大小不一，大者如人，小者如鬥，非鑿非刻，似篆非篆，神秘莫測。因此，當地的老百姓稱之為“紅崖天書”。近百年來，“紅崖天書”引起了眾多中外學者的研究興趣，甚至有人推測這是外星人的遺跡。據說，郭沫若等著名的學者也曾經嚐試破譯，但是一直沒有定論。
那麼，非科班出身的林國恩是如何破譯這個“千古之謎”的呢？林國恩於1990年了解“紅崖天書”以後，對它產生了濃厚的興趣，從此把他的全部的業餘時間放到了破譯工作上。他祖傳三代中醫，自幼即背誦古文，熟讀四書五經。他於1965年考入上海交通大學學習造船專業，但是他業餘時間專研文史，學習繪畫。由於他是造船工程師，係統學習對他有很深的影響，使他掌握了綜合看待問題的方法，這為他破譯“紅崖天書”打下了堅實的基礎。
在長達9年的研究當中，他綜合考察了各個因素，查閱了7部字典，把“紅崖天書”中50多個字，從古到今到演變過程查得清清楚楚。在此基礎上，他做了數萬字的筆記，寫下了幾十萬字的心得，還三次去貴州實地考察，為破譯“紅崖天書”積累了豐富的資料。
經過係統綜合的考證，林國恩確認了清代瞿鴻錫摹本為真跡摹本；文字為漢字係統；全書應自右向左直排閱讀；全書圖文並茂，一字一圖，局部如此，整體亦如此。從內容分析，“紅崖天書”成書約在1406年，是明朝初年建文皇帝所頒發的一道討伐燕王朱棣篡位的“伐燕詔檄”。全文直譯為：燕反之心，迫朕遜國。叛逆殘忍，金川門破。殺戮屍橫，罄竹難書，大明日月無光，成囚殺之地。需降服燕魔，作階下囚。
“紅崖天書”的破譯就是係統思維法的綜合性原則的最好體現。
優化性原則
我們無論做任何事情，必須選擇最佳方法，以達到最優化的目的。過去水稻收割，打場是分段作業的，能不能實現一條龍的流水作業，直接從水稻變成白的大米呢？這是一個係統工程，也是一個複雜的過程。東北農業大學的農學家們，經過反複研究，終於發明了“割前脫粒水稻收獲機器係統”。這種機器可以化繁為簡，田地裏的水稻，經機器一“過濾”，稻穀就成了白的米粒。有關專家認為，這種割前脫粒收獲機收割水稻，和傳統型聯合收割機相比，具有最優化的指標，具體表現為步驟少，損失小，破碎率低，成本低的優點。