且說後鳥羽院拚湊了武士、僧兵一萬七千人準備討伐北條氏，而北條義時則采納了大江廣元速戰速決的建議，以其子泰時為總大將，弟時房為副將，大軍分為三路，分別攻略尾張、美濃、三越，直逼京都。一路之上，各地的武士聞風而至，當到達京都時，幕府軍已達十九萬之多。據說義時說過這樣的話：“先派十九萬大軍供上皇禦覽吧，如果不夠的話，我就再親率二十萬軍勢上洛（日本古代模仿中國東漢，稱京都為洛中）！”
宮方部隊不得不收縮防線，死守宇治、勢多、澱等要隘。時值初夏，宇治川河水暴漲，宮方部隊又毀壞了所有的橋梁，但這卻無法抵擋幕府軍的洶湧如潮之勢。在高昂士氣的驅動下，大將佐佐木信綱第一個冒著如雨的箭矢縱馬躍進濁流，泅渡過河（當年源平合戰時，他的舅舅佐佐木高綱也是這樣縱馬躍進宇治川，渡河殺敵的），在其感召下，十九萬幕府武士紛紛縱馬躍進了宇治川，一舉擊潰了對岸的宮方部隊。這次貴族叛亂曆時一月，但決戰隻用了半天時間，史稱“承久之亂”。
北條泰時不費吹灰之力就殺入京都，占領了皇宮，在六波羅設下大本營。他不僅殺死和流放了大批敢於跟隨後鳥羽院造幕府反的公卿們，沒收了公家和在京武士的領地賞賜給有功的禦家人，還勒逼仲恭天皇退位，讓後鳥羽院的侄孫、十歲的茂仁皇子繼位，是為後堀河天皇。仲恭天皇在位僅七十七日，因為還沒來得及正式舉行繼位典禮，所以史稱“廢帝”或“半帝”。
北條氏當然不會放過這次造反的後台老板，他們逼迫後鳥羽院削發為僧，然後將其流放到西方的隱岐島，順德院則被流放去了佐渡島，就連沒有參與叛亂的土禦門上皇也難逃被流放的命運，他的目的地是四國的阿波。後鳥羽法皇在流放地又活了整整十八年，一直到延應元年（1239年）才病死，享年六十歲。
●藤原氏將軍的終結
經過“承久之亂”，幕府的經濟基礎迅速擴大，並據此得以在政治上和宮方分庭抗禮，甚至占有絕對的優勢，就連皇位繼承和朝官任命也都需要經過幕府點頭——其實是需要北條氏的點頭。北條義時還撤消了京都守護一職，代之以六波羅探題，負責監視朝廷，協助統治幕府統治較為薄弱的近畿以西地區，這一職位世代由北條氏一門擔任，職分南北，首任六波羅探題就是平定上皇反亂的北條泰時（北）和北條時房（南）。
元仁元年（1224年）六月，北條義時去世，於是北條泰時和時房就把職務交給各自的兒子時氏、時盛，從京都回歸鐮倉。這位北條泰時原名金剛太郎賴時，因為源賴朝曾將名字裏的“賴”字賞賜給他，這稱為“一字拜領”，乃是無上的榮寵。作為北條義時的最大的兒子，泰時本來最有資格繼任家督之職和執權之位，不過義時晚年寵愛後妻伊勢局，想要改立伊勢局所生的北條政村為繼承人，雖然最終並沒有實行，但多年遠在京都的泰時，論在鐮倉的勢力，根本就不是伊賀局母子的對手。
最終幫了泰時忙的，還是他的姑母、“尼將軍”北條政子。政子秘密拜訪了禦家人中的實力派三浦義村——這位義村本是跟隨源賴朝起兵的老臣，相模豪族三浦氏的家督，連當年威名赫赫的和田義盛也不過是三浦家的分支而已。在政子的勸說下，三浦義村答應輔佐北條泰時，再加上北條時房等人的支持，泰時遂擊敗政村，登上了新的幕府執權的寶座。
北條泰時被稱為名君，他在任期間完善了幕府的統治體係，也穩固了執權的勢力。貞永元年（1232年），北條泰時主持完成了《禦成敗式目》，也稱《貞永式目》。《貞永式目》規定了以“連署”作為執權的副職，主要由北條一門重要人物充任——首任連署就是泰時的叔父北條時房。此外，還規定了由包括執權、連署在內的十三、四人組成“評定眾”，成為幕府最高決策機關——三浦義村就是首任的評定眾之一。
《貞永式目》還詳細規定了關於年貢、刑罰、禦家人生活的條目，成為相當長時間內的武家基本法典。值得一提的是，在這部《貞永式目》中，還規定了許多重視女性地位的條文，可以說是初具了國民憲法的味道。
北條泰時還實行了多項經濟改革措施，並積極開展對南宋的貿易——貿易的結果是，南宋政府出現了由於銅錢輸出過多引起的“錢荒”，最後不得不限製每年對日本的官方貿易——使全國經濟環境得到極大的改善。自源平合戰以來，可以說日本社會終於進入了一段穩定發展的時期。
當然，即便在種種所謂的“善政”下，小老百姓也是很難填飽肚子的。當時的農村結構，是由大名主、小名主占有土地，作人、下人和所從耕種土地來架構起來的。大名主大多為幕府禦家人，上等的還能爬到地頭、莊官甚至守護的地位，小名主也稱百姓名主，大多隻擁有土地1到2町（1町約等於一畝半），等同於富農或中農。作人又稱小百姓，作人以下沒有自己的土地，就是佃農了——那是農村社會的絕大多數。
名主要向領主交納多重貢賦，主要為田租（水田稅）或畑租（旱田稅）的“本年貢”，經常占到收獲物的三到四成，此外還有“付加米”、“萬雜工事”等等，總數經常超過收獲物的一半以上。對比中國漢代的“十五稅一”甚至“三十稅一”，似乎古代日本對農民的盤剝是個天文數字，但事實上日本的社會結構相對簡單，不象中國，雖然隻交給朝廷收獲物的數十分之一，但莊園主、地主的橫征暴斂隨心所欲，就根本無從統計了——當然，日本老百姓還是很能吃苦耐勞的，逼急了上山為盜，也基本沒產生過中國古代那種頻繁的動搖國本的農民大起義。
拉回來再說北條執權，泰時死於仁治三年（1242年）六月，因為兒子們都已先他而去，所以傳位給孫子經時，經時體弱多病，在位四年就讓給了弟弟時賴。北條時賴當年二十五歲，他同時還接受了得宗（北條氏嫡流家督）的地位。
正如被幕府奪去權力的宮方不斷鬧事，想要恢複往日榮光一樣，被執權架空的幕府將軍也並不甘心久處傀儡的位置。當時，因為北條經時的統治不力，以及將軍九條賴經的逐漸長大，賴經結合了一部分禦家人，想要收回本該屬於自己的權力。雖然在寬元二年（1244年），賴經被迫退位，把將軍寶座傳給兒子賴嗣，但此公躲到幕後，仍想興風作浪。
寬元四年（1246年）三月，北條經時退位，閏四月就咽了氣。當年五月，趁著新執權時賴立足未穩，同族的名越光時與評定眾後藤基綱、千葉秀胤等人密謀，妄圖擁立前將軍賴經複位，從而使自己替代北條時賴就任執權——是為“宮騷動”。
北條時賴以雷厲風行的速度逮捕並流放了名越光時，把前將軍賴經遣返京都，並且以此為契機，發兵攻擊親近賴經，並且日益坐大的三浦氏。次年是寶治元年（1247年），這一仗稱為“寶治合戰”，最終三浦氏戰敗，一門總領三浦泰村率族人五百餘名逃入鐮倉法華堂中，盡數自殺。
經過“宮騷動”和“寶治合戰”，北條執權和藤原九條家的關係出現了裂痕。建長四年（1252年）二月，將軍的祖父九條道家去世，北條時賴幹脆流放將軍賴嗣，成功迎立後嵯峨上皇的皇子宗尊親王就任幕府將軍。對應幕府將軍來源的三個階段：源氏將軍、九條將軍和宮將軍，幕府的統治體製也同樣經曆了三個階段：源賴朝的獨裁體製、重臣合議製（評定眾製度）和北條得宗專製體製——北條時賴時代，就是得宗專製的開端。
通字和一字拜領
中國人重視輩分，往往利用同樣的偏旁或字來標識一個大家族中同輩的男性（近世也部分兼及女性）。比如對於至聖先師孔子的後人，從明代開始，他們定的輩字就是：“希言公彥承，宏聞貞尚衍，興毓傳繼廣，昭憲慶繁祥，令德維垂佑，欽紹念顯揚，建道敦安定，懋修肈彝常，裕文煥景瑞，永錫世緒昌。”近現代的名人如孔繁森是繁字輩，孔祥熙是祥字輩，孔令輝是令字輩。
再如朱明王朝創始人朱元璋有二十六個兒子，都用木字旁的字為名，著名的有太子朱標、秦王朱樉，以及後來當了永樂皇帝的朱棣。而朱氏從第三代以後，都起雙字名，第一個字代表輩分和主分家，第二個字以五行為偏旁，比如朱標的兒子分別叫朱允炆、朱允熥等，朱棣的兒子分別叫朱高熾、朱高煦、朱高燧等。天啟皇帝叫朱由校，崇禎皇帝叫朱由檢，大家一看就知道他們是親哥兒倆，錯不了的。
日本人的傳統則重視家係的一脈相承，而並不重視輩分，所以他們的名字中往往有個“通字”世代相傳。比如鐮倉執權北條氏的通字就是“時”，北條時政的兒子名叫宗時、義時、時房，義時的兒子名叫泰時、朝時（名越朝時，光時的父親）、重時、有時、時尚，還有兩個叫政村和實泰的，因為某種特殊情況而沒有使用通字——同樣叫某時或時某的，不一定會是兄弟！
再舉一個例子，足利幕府的開創者是足利尊氏，尊氏生了兩個兒子義詮和基氏，其中義詮係繼承幕府將軍寶座，此後世代就以“義”字為通字，比如三代以下曆朝將軍就是：義滿、義持、義量、義教、義勝、義政、義尚、義稙、義澄、義晴、義輝和義昭。
在武士階層中，有所謂“一字拜領”的風俗，即從主家的名字裏獲得一個字，雙方結成一種模擬的親子關係，以拉近主從間的感情。這種獲得主家賞賜“偏諱”之事，在當時是非常光榮的。打個比方說，戰國大名武田信虎下賜臣下自己的“虎”字，比如甘利虎泰、飯富虎昌、原虎胤、金丸虎義，等等。再比如，戰國大名長尾景虎繼承上杉苗字，受上杉家督憲政的偏諱，改名為上杉政虎，後來又受幕府將軍足利義輝的偏諱，改名為上杉輝虎。
一字拜領還分上字拜領和下字拜領兩種，所謂上字，就是指的通字，而下字是通字外個人獨有的那個字，兩者區別很大。一般情況下受賜偏諱，多是下字，上麵舉的那些例子都是如此，不過也有例外的情況，那就顯得更為信任和寵愛。比如上述武田家的通字是“信”，武田信虎的兒子晴信賜愛將馬場“信”字，更名為馬場信春。再比如，戰國大名後北條家有員猛將，苗字本為福島，後來娶了家主北條氏綱的女兒，成為一門眾，拜領下字，改名為北條綱成，綱成的兒子則先是拜領北條氏綱的兒子氏康的下字，稱北條康成，後來改賜他上字，變成北條氏繁。
下字拜領還則罷了，上字拜領就容易造成相當程度的混亂，尤其後人望著一大堆相同通字的家夥，就很難搞清哪些真是一家子，哪些隻是偶然撞上通字相同，哪些是拜領了別人的上字……