此刻的後醍醐天皇，達到了他政治生涯的巔峰，眼看幕府滅亡，無論公卿、武士還是平民百姓都拜倒在自己腳下，他心中的得意可想可知。如果此公就此咽氣的話，大概會成為日本曆史上罕見的一代英主吧，隻可惜，他隨即展開的所謂“建武中興”，卻徹底毀滅了這一切。
建武是後醍醐天皇複位次年（1334年）所改的年號，但實際上各種改革措施從他本年進入京都後就開始了。他首先重開記錄所，並設“恩賞方”以頒布獎賞措施，發布“諸國平均安堵法”，隨即廢除攝政關白之職，將行政權力徹底集中到自己手中。
剛從河內誌貴山回歸的大塔宮護良親王被任命為征夷大將軍，輔助改革——當然，此時這一職務已經變成了榮譽頭銜。足利高氏因為臨陣倒戈，並煽動各國的源氏起義，被宣布為功勳第一，命他放棄北條高時所賜的“高”字，另賜與後醍醐天皇禦名中的“尊”字，更名足利尊氏，任為正三位參議，封地武藏、常陸、下總三國，為鎮守府將軍。新田義貞敘從四位上職，封地越後、上野、播磨三國。楠木正成敘從五位下職，封地攝津、河內二國。名和長年、千種忠顯以下諸人根據功勞大小賞賜不等。
值得一提的是，在大塔宮很有遠見的建議下，特任北畠顯家為陸奧守，命顯家與其父北畠親房一同輔佐皇子義良親王鎮守奧州，任足利直義為相模守，輔佐皇子成良親王鎮守關東——在未來的時間裏，這兩個人由於地位重要，都將成為曆史的關鍵。
應該說，這一分封格局還是有利於中央集權的，然而由於倒幕戰爭的迅速勝利，使得積壓了數十上百年的各階層的矛盾並未因戰亂而被逐一掃清，隻是暫時緩解而已，必須通過緩慢然而執著的變革才有可能徹底平複。那麼對於後醍醐天皇的改革又將作如何評價呢？恐怕隻有“天曉得”三個字才可以形容吧。
當時的日本社會，武士階層占有最廣泛的經濟基礎和擁有最強大的軍事力量，朝廷公卿本無卷土重來的社會基礎，後醍醐天皇之倒幕成功，本是利用了武士階層和廣大百姓對鐮倉幕府及北條氏腐敗統治的厭惡，那麼在天下大定以後，就該建立清明的政治，並且還武士階層與百姓們安定、富足的生活才對吧。然而後醍醐天皇初靠朱子學得以專政，後來也因朱子學而倒了大黴。
宋代的朱子學於鐮倉中期經留學僧傳入日本，這種學說鼓吹“三綱五常”、“大義名分”，宣揚掌握王權的“王者”擊敗有實力的“霸者”乃是正義之舉。後醍醐天皇極為推崇朱子學，曾特召禪僧玄惠入宮講解《新注》，北畠親房、日野資朝和日野俊基等人就都是玄惠的門徒。在朱子學的指導下，似乎隻有天皇才是日本真正的統治者，公卿百官是其輔弼，而武士不過是公卿們豢養的看門狗而已——然而曆史真能倒退回幕政以前的平安時代去嗎？答案當然是否定的。
後醍醐天皇才一複位，就立刻收回皇族和公卿們失掉的土地，恢複他們對莊園的統治，對幫助他打倒幕府的武士們反倒處處設限，很少賞給實際利益。而原本被幕府和各地守護、地頭們壓榨得喘不過氣來的百姓們也並沒能從新政中得到好處，甚至後醍醐天皇為了充實國庫和擴建宮殿，稅收隻有更為繁雜和沉重。
於是，所謂的“建武新政”很快就使得原本被壓製住的種種弊端，沒隔一年就全番暴露出來。失望至極的武士們紛紛聚攏在源氏名門足利尊氏身邊，慫恿尊氏掃除“惡政”，重新開創一個武士掌權的時代。
由於無論在官職上還是手中兵力的數量上，朝廷中唯一可同尊氏匹敵的隻有新田義貞，所以要想創造出軍事上尾大不掉的先決條件，尊氏必須先將屯紮在關東、監視著鐮倉的足利直義的義貞拔掉。他計劃的第一步是散布傳言“義貞乃是籍著尊氏之子千壽王的威名才號令群豪攻破鐮倉的”，在朝廷中掀起究竟誰才是真正的“中興第二功勞者”的討論熱潮。後醍醐天皇早想拉攏尊氏，於是順手將“中興第二功勞者”的榮譽加到了千壽王頭上。各國源氏豪族眼見尊氏勢大，又有天皇偏袒，紛紛脫離義貞控製而倒向尊氏一方。義貞是個很情緒化的家夥，負氣之下索性帶著一族移住京都——從此，關東地區徹底變成了足利一門的天下。
“中先代之亂”和尊氏的反亂就由此揭開序幕。
●足利尊氏的反亂
大塔宮護良親王早在中興初期就預見到了尊氏可能發生的叛亂，所以特意在尊氏封地的關東插進了一個新田義貞，又在他背後的奧州安上了一個北畠親房，而既忠實可靠又足智多謀的楠木正成則被封在京畿，他的封地攝津、河內好象巨人的雙臂般拱衛著天皇所在的京都。另外，雖然尊氏被封在關東，卻隻將足利直義放在鐮倉鎮守，他本人則以輔政之名被栓在京都坐冷板凳。尊氏在京都舉步維艱，根本沒有機會的造反，自然恨透了大塔宮，於是在逼走義貞後，矛頭立即指向大塔宮。
建武元年（1334年）十一月，因為大塔宮暗自招兵買馬，以防變局，尊氏見機會來到，於是上奏誣其謀反，愚蠢的後醍醐天皇“當機立斷”拘捕了大塔宮，並討好似地送往鐮倉關押。
就在尊氏萬事俱備的時候，最後的一線東風也終於來到了——早在元弘三年（1333年），不甘失敗的北條餘黨就擁立舊執權北條高時的次子北條時行為總大將，在信濃的諏訪掀起反旗，到了建武二年（1335年）七月初，這支叛軍居然連戰連捷，直致攻破鐮倉。足利直義殺害了被囚禁的大塔宮，然後保護著成良親王逃往駿河。
足利尊氏得到了這個天賜良機，急忙上奏後醍醐天皇，要求竭盡忠義，親自出馬討伐北條亂黨，並在還沒得到正式詔命的情況下，就自封征東將軍，率領部下離開京都，去與足利直義會合。八月一日，尊氏更提出無理要求，請求在他出征時權代征夷大將軍職，後醍醐天皇不肯答應，折衷為任命成良親王為征夷大將軍，統領尊氏、直義等諸部兵馬。
關東各地武士紛紛合流，尊氏手下很快就增加到了三萬餘人。在和直義彙合後，官軍一路東向，擊敗了遠江的橋本叛軍，然後又在駿河、武藏消滅了叛軍主力，十九日徹底收複了鐮倉，北條時行逃走。由於時行是已經滅亡的先代鐮倉幕府執權的遺孤，而攻破鐮倉僅二十日就失敗了，故此次叛亂被後世稱為“二十日先代之亂”或“中先代之亂”。
八月三十日，後醍醐天皇為嘉獎尊氏平亂之功，特加封從二位之職，並命其即刻返京交令。尊氏磨磨蹭蹭地不肯立即成行，反而上表要求補上征夷大將軍的空缺。十月，藤原氏的上杉憲房奪取了新田義貞的領地上野來獻，在憲房的倡議下，尊氏自封征夷大將軍，網羅黨羽，以討伐奸臣新田義貞為名掀起反旗，開始公然和建武朝廷作對。
尊氏造反的消息傳到京都，後醍醐天皇勃然大怒，立即向全國下達了“尊氏追討詔”，任命尊良親王為上將軍，新田義貞為大將軍，分別從東山道和東海道兩路進攻鐮倉。同時傳檄奧州，命令北畠親房從尊氏身後發動攻擊。
十一月二十五日，新田義貞在三河的矢引川大破足利尊氏部將高師直的前軍。十二月五日，又在駿河的手越河原大破足利直義的部隊，突破了箱根天險，軍勢直逼鐮倉。在鐮倉坐鎮的尊氏見東海一路吃緊，急令直義在竹之下死死頂住，自己親率大軍支援。十一日至十二日，尊氏首先打敗了兵力比較薄弱的尊良親王，然後集中東山道方麵的精銳部隊同義貞展開決戰。
此時，尊氏方的兵力已經遠遠超過義貞，而讚岐的細川定禪、備中的飽浦信胤、越中的普門利清等豪族也在各處群起響應。義貞以寡敵眾，關鍵時刻從幕府方投降過來的佐佐木道譽等軍突然倒戈，致使其腹背受敵，終於戰敗，並在遭受重大打擊後退往伊豆國府。不久後，義貞在國府的防守戰中再次落敗，率部退回京都。
趁著戰勝之勢，除留下千壽王率少量部隊駐防鐮倉外，足利尊氏不顧背後義良親王和北畠親房已從陸奧發兵，自己親統幾乎全部兵力西上，準備在朝廷新挫，兵馬調度不及的情況下一舉拿下京都。一路上，各地對建武新政不滿的武士競相加入尊氏軍，總兵力號稱有數十萬之眾。
足利尊氏自己也很清楚，楠木正成用兵之策遠在自己和新田義貞之上，並且京都附近是正成打過多年遊擊的所在，地形熟悉，根基深厚，想要占領京都，必須先爭取楠木正成的相助。於是他寫信給正成，許他事成以後封以畿內、南海十一國的土地，然而卻被正成一口回絕了。
楠木正成組織了勤王部隊開入京都，並著手布置防務工作。當尊氏的部隊在來年（1336年）元旦對京都發動攻擊時，十二月三十日前的最佳形勢已經不複存在，一個貫穿勢多（防衛將領千種忠顯、名和長年、結城親光）、澱和山崎（防衛將領新田義貞、脅屋義助）、宇治（防衛將領楠木正成、楠木正季）的三角形防禦體係已經構成，尊氏不可避免地被卷入了艱苦的攻堅戰中。
元旦當日，尊氏首先集中兵力對宇治發動了攻擊，由於正成、正季兄弟防守得異常嚴密，攻打了整整一天後，尊氏軍竟未能前進一步。九日至十日，尊氏又將突破口改在了澱，但義貞所部拚死抵抗，尊氏仍然無法得手。
就在尊氏一籌莫展的時候，播磨的赤鬆則村、讚岐的細川定禪派來了聯絡使者，表示願意協助夾擊京都。十日，赤鬆則村之子範資和細川定禪率領中國、四國的大軍突然襲擊了山崎陣地，脅屋義助戰敗逃亡。山崎失陷，楠木正成的三角形防禦體係瞬間崩塌，各方官軍全麵潰散。義貞率殘兵連夜進宮護送後醍醐天皇逃往叡山，楠木正成、名和長年等人也都率領殘餘部隊向該方向突圍而走。十一日，尊氏軍進城，京都宣告淪陷。
但是，這一切實際上都在楠木正成的預料之中。京都防禦失敗後，正成堅壁清野，在緊要關隘布下重兵，並派遣部隊截斷尊氏的糧食供給線——京都，成為了一座巨大的牢籠。
●尊氏的敗北
日本國土地麵積狹小，鐮倉時代（含）以前的戰爭中很少有過長途遠征的事例，因此並不重視軍隊補給，大軍所到之處，往往縱兵搶掠，自籌糧餉。沒有穩固根基而能殺入京都的部隊，往往因為兵力龐大但糧草不繼而迅速弱化，遭遇攻擊便全線潰散——前此的木曾義仲是如此，現在的足利尊氏也是如此。
且說尊氏進入京都僅僅三天，正因楠木正成的堅壁清野策略而感到頭疼不已的時候，突然發現琵琶湖中出現了大批戰船，船上樹立著的，竟然是陸奧守北畠顯家的旗印！
原來，北畠親房、顯家父子在接到討伐詔書後便積極行動了起來，當尊氏的主力部隊一離開鐮倉，前往箱根·竹之下和義貞的部隊決戰之時，北畠軍立即開始向西運動，還不到二十歲的年輕將領北畠顯家的率領下，風馳電掣般突破了鐮倉的重重防禦，緊緊跟在尊氏後麵。此刻，當北畠氏的旗印出現在京都城外時，尊氏知道，大勢已去了。