●南北朝的開端
湊川合戰，“軍神”楠木正成永遠地消失了，足利尊氏騰出手來，立刻調集所有部隊進攻新田義貞。在尊氏絕對優勢兵力的圍攻下，新田軍徹底瓦解，義貞的戰馬也被箭矢射殺，最後徒步退到一個名叫“求女塚”的墳塚上。已經突出敵圍的義貞同族部將小山田高家見狀，毫不猶豫地衝回敵陣，將自己的馬匹讓予義貞，然後徒步掩護主公突圍，直至戰死。
延元元年（1336年）五月二十七日，新田義貞在五千殘兵的保護下，帶著戰敗的消息返回京都。後醍醐天皇此時再慨歎楠木正成的策略有多正確，後悔自己不用其人之計，也已經來不及了，隻好攜帶著三種神器，率領皇族、公卿、武士數萬人撤離京都，重上叡山——給尊氏下過院宣的光嚴院在途中假稱患病，轉身折回京都。
足利尊氏於五月二十九日殺進京城，六月五日，他派足利直義率大軍對叡山發動攻擊，建武功臣千種忠顯奮戰而死。二十日，一隊從宇治方向出現的官軍突然襲擊駐在東寺的足利尊氏本陣，正在圍攻叡山的部隊頓時陷入恐慌，在當日的大戰中被全麵擊潰，狼狽退回京都。
三十日，各方向彙集來的官軍在新田義貞的統領下，對京都展開反攻，尊氏軍收縮防線，采取守勢，形勢再次倒向後醍醐天皇一邊。然而，官軍終究人數較少，在發動過幾輪攻擊後，由於後援枯竭而被迫後退。撤退過程中，新田義貞主力遭到細川定禪的追擊，大將名和長年戰死。
八月二十八日，新田義貞調動全部兵力組織了最後一次京都攻擊戰，又被高師直擊退。為了瓦解敵人，足利尊氏進呈了一份奏折，宣稱這次戰爭完全是針對新田義貞的，隻要後醍醐天皇下山並交出三種神器，自己可以既往不咎，依然奉他為天皇。此時叡山上糧草將盡，士卒疲憊無助，後醍醐天皇萬般無奈之下，隻得答應了尊氏的要求。
然而他才一下山，就被足利直義率領重兵以“護送”為名，押解到京都的花山院軟禁起來。跟隨出行的公卿大臣全部被捕，隻有新田義貞等武士保護著東宮恒良親王與尊良親王渡過琵琶湖，逃往越前敦賀。
經過反複協商，足利尊氏擁立光嚴上皇的弟弟豐仁親王號令天下，就是光明天皇。後醍醐天皇答應退位，並將三種神器授予光明天皇，唯一的條件是，讓自己的兒子成良親王入主東宮。
當年十一月，足利尊氏開設幕府，為了穩固自己的統治，他編成新的武家法典《建武式目》，減輕“建武新政”以來壓在農民身上的沉重負擔，獎賞有功武士，懲治貪官汙吏，打擊貴族、寺院勢力，禁止他們參與國政。在這一法典的約束下，政治開始走向清明，各地武士之心也逐漸安定下來。
可惜亂局卻並沒有就此平定，在進入花山院隱居兩個月後，不甘失敗的後醍醐上皇再次施展出看家本領，化裝成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建臨時宮殿，再次即位，自稱為“南朝”，而稱京都政權為必須討伐的“偽朝”。相應的，京都方麵則自稱“京方”，也罵後醍醐天皇的吉野政權為“偽朝”——“一天兩帝南北京”，日本從此進入了長達五十餘年的南北朝時代。
南北朝直到明德三年（1392年）十月，才在足利尊氏的孫子義滿的努力下，和平歸於一統。此後的日本天皇，都是光嚴、光明天皇的子孫，自然堅持自己的正統地位，不過民間也有很多反對者——因為後醍醐天皇當初交給光明天皇的三種神器竟然都是贗品，神器始終保存在南朝天皇手裏，直到南北朝結束才交給北朝天皇，那些反對者們堅持認為，神器在誰手裏，誰才算是正統。
數百年間的官方論調，北朝是正統，南朝是偽朝，既然如此，那麼楠木正成、新田義貞等人也都是侍奉偽朝的“朝敵”了。然而到了十六世紀，德川光國編纂《大日本史》，為了宣揚楠木正成的所謂忠義精神，公然和官方大唱反調。德川光國是江戶幕府德川氏將軍的同族，是當時聲名卓著的“賢侯”，他的論調因此受到了很多人的追捧。
因為民間百姓對楠木正成這一曆史形象的喜愛，更因為日本官方大力宣揚武士道精神，宣揚以忠為主體的日式儒家思想，所以南北朝孰為正統的爭論一直延續到近代，當軍國主義抬頭的明治天皇在位期間竟然引發了全社會的大爭論和大動蕩。最後明治天皇幹脆連祖宗都不要了，正式宣告南朝為正統，他本人的祖先們都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇係譜——這真是世界各國都從來沒有過的大笑話。
●顯家奮迅
且說保護著東宮北上敦賀的新田義貞，此時手下隻有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻嶺而行，路逢大雪，不斷有士卒因為凍餓而倒下，真是極度的艱苦。好不容易到達敦賀，受到了金崎大宮司氣比氏治的熱情迎接，義貞等人總算是有了一個落腳的地方。
以金崎城為基地，義貞憑藉東宮之名征集部隊，並派其弟脅屋義助前往要隘杣山城，兒子義顯遠赴越後進行聯絡工作。義助剛離開金崎城，杣山城城主瓜生保、義鑒兄弟就在母親的授意下，搜集了數千兵馬趕來彙合。
忙於穩定畿內局勢的足利尊氏在得知新田義貞圖謀北陸的消息後，急命越後守斯波高經率軍包圍了金崎城。此時，脅屋義助剛離開杣山城，正在返回金崎途中，主從僅十六騎，當晚，他趁著夜色蒼茫，率領從騎繞著敵軍的陣地狂呼：“北國武士、僧兵兩萬騎前來支援官軍！”士氣並不高昂的斯波軍立刻慌亂得四散奔逃。於是義助兵不血刃地解了金崎之圍。
足利尊氏聞報大怒，遂於延元二年（1337年）元月，再派大將高師泰統率精銳殺向北陸。此時新田義貞手上並沒有足夠的軍隊，又不願放棄這來之不易的根據地逃往它處，正在苦無對策之時，突然接到後醍醐天皇的使者，報稱天皇已在吉野複辟，並且召集到了一定數量的部隊，很快便會趕來支援，金崎城中軍民士氣頓時萬分高昂。
不過希望很快就落空了，後醍醐天皇保守吉野都感覺困難，哪有力量奔馳數百裏來支援北國呢？隻有脅屋義助比較迅速地點起數千杣山軍趕來，不幸於半途遭到高師泰的阻擊，激戰一天後，瓜生保兄弟為保護義助逃進金崎而奮勇戰死，杣山軍全部覆沒。
金崎包圍戰從一月一直打到三月，最終矢盡糧絕。新田義貞、脅屋義助等數人保護著東宮恒良親王乘小船逃走，結果恒良親王還是在途中被京方軍隊擒獲，押回京都處死，而義貞子義顯、十三歲的尊良親王以及氣比一族、城兵三百人則留下堅守到了最後一刻，城破後紛紛自殺。義貞兄弟逃到杣山城，集結熱血武士三千餘人，屢次出擊，連敗京方軍，北陸戰事暫呈膠著狀態。
然而這個時候，奧州猛虎北畠顯家卻又開始行動了。足利尊氏進入京都後，後醍醐天皇行蹤不明，北畠顯家就在陸奧靈山奉戴義良親王為主，積極備戰，準備東進複國。延元二年（1337年）八月，他接到了新田義貞的求援書和後醍醐天皇從吉野發來詔書後，遂與結城宗廣、伊達行朝等奧州豪族從靈山出發，大舉侵入關東地區，連戰連勝，勢如破竹。
留守鐮倉的千壽王足利義詮派兵出利根川迎擊，被陸奧軍殺得全軍盡沒。而同時奉父命在上野搞煽動活動的新田義貞之子義興也舉兵響應，上野一國皆反，甚至連曾經發動過“中先代之亂”的北條時行也不知道從哪裏突然冒了出來，率其黨羽在伊豆舉兵，宣布加入南朝方，給予義詮以致命的打擊。十二月，顯家、義興、時行三麵圍攻鐮倉，義詮棄城而逃。
拿下鐮倉後，北畠顯家於次年（1338年）元月揮師西下。不甘失敗的足利義詮聚攏敗兵，尾追南朝部隊求戰，在美濃的青野原再度全軍覆沒。就這樣，足利尊氏起家的老窩、整個關東平原全都落到了北畠顯家手中，後醍醐天皇的吉野朝廷總算有了一塊還算成規模的領地。
然而，由於得不到關東地方豪族的支持，經過連番大戰，北畠顯家有限的兵力已經消耗殆盡，而足利尊氏則調遣高師泰、高師冬等部隊依托畿內地區，層層遞進地衝擊陸奧軍。在這種波浪式的消耗攻擊麵前，北畠顯家終於抵擋不住了，隻得繞過京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢複的陸奧軍再度攻擊京都，同聞訊而來的京方軍在奈良的般若阪發生戰鬥，結果北畠顯家戰敗，率領殘部遁入河內，義良親王則逃往吉野。
連遭挫敗的北畠顯家始終沒有離開畿內。三月八日，身處敵軍重重圍困下、糧草斷絕的顯家對駐紮在攝津四天王寺的細川顯氏軍發起突擊，並憑著孤注一擲的精神奇跡般地在河內的石川河原打敗了顯氏的部隊，顯家之弟顯信更趁機攻取了山城的男山城，直接威脅京都安全。
足利尊氏怎麼也沒料到竟會後院起火，馬上調遣高師直以下畿內所有部隊反撲男山城。高師直在攻打顯信堅守的男山城受挫後，改變戰術，除留下部分部隊圍城外，主力從各個方向朝一馬平川的四天王寺合圍過來。十五日，京方軍隊在四天王寺附近和北畠顯家的部隊遭遇，拉開了阿部野戰役的序幕。十六日晨，從兩翼進行包抄作戰的細川顯氏、高師冬加入戰團，遭到夾擊的顯家軍一敗塗地，本陣四天王寺陷落。
然而，頑強的北畠顯家竟然又一次從失敗中爬了起來，當年五月，他帶著不知道從哪裏變出來的軍隊，再度出現在了和泉的堺。五月二十二日，高師直聞訊而來，在石津與北畠顯家展開最後的激戰，這次，年僅二十一歲的顯家再也沒能從滿地屍骸中站立起來……
北畠顯家戰死後的當年七月，堅守長達四個月的男山城終於被攻破，北畠顯信遁走河內。
●南朝棟梁盡失
得益於北畠顯家的圍魏救趙戰術，固守杣山城的新田義貞贏得了短暫的喘息機會。在這彌足珍貴的幾個月時間裏，義貞得到越後、加賀等地僧兵部隊的有力支援，勢力象雪球一樣越滾越大，終於突破杣山城的包圍，屢敗京方軍，幾乎占領了整個越前國。
延元三年（北朝曆應元年，1338年）七月，得知北畠顯家戰死，男山城形勢危急的新田義貞抽調大部分兵力，命脅屋義助為大將進軍南下。剛到半路，就傳來了男山城陷落的消息，義助隻得引兵返回北陸。義貞兄弟審時度勢，決定先攻打駐守足羽城的斯波高經，以穩固後方——閏七月二日，北國的南朝大軍象潮水一般湧向足羽城。
然而，意外發生了，當時竹羽城附近的藤島砦由平泉寺的僧兵把守，新田義貞派兵攻打，因為久久沒能得到勝報，遂親率五十騎前往探查。行至半途，遭遇一支為數三百人的敵軍，混戰中一支流箭射中了義貞的眉心——叱吒天下的名將新田義貞，就這樣莫名其妙地戰死了，年僅三十八歲。
就在新田義貞戰歿的當月，後醍醐天皇任命北畠顯信為鎮守府將軍，將關東的軍事全權委托給他，以及其父北畠親房。次月也即當年八月，北朝光明天皇終於把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大將軍的名號賜了下來，足利幕府也稱室町幕府就此正式拉開序幕。
到了延元四年（北朝曆應二年，1339年）八月，後醍醐天皇身染重病，讓位給其子義良親王，然後沒過多久就咽了氣，享年五十二歲。所謂“後醍醐”之類，本是天皇的諡號，是要到死後才追尊的，然而後醍醐天皇卻在生前就為自己擬定了諡號，其意為追從醍醐天皇的功績，建立一個沒有幕府、院政、攝政關白的完全由天皇親政的時代——當然，曆史不會倒退，那是徹底的夢想。