不過，曾國藩認為左宗棠已經出任閩浙總督，與安徽、江西關係不大，於是將婺源、景德鎮與河口的厘稅收回，歸於皖贛的部隊。這時楚軍軍餉更加缺乏，於是左宗棠將糧台遷移到衢州，更定厘稅規約，在溫州行運甌鹽，奏留寧波新關稅以資軍食，還將所得養廉銀，除寄家用二百金外，全部賑濟百姓。
左宗棠還寫信給曾國藩，對籌餉一事提出忠告。他雖未明確表示對曾國藩收回三地厘稅的不滿，但從字裏行間中還是可以讀出他有不同的看法。
這年夏天，攻打富陽的各支湘軍疾病流行，左宗棠也患了瘧疾，十分困倦。部隊中的患者實在太多，於是，左宗棠不得不下令暫停一切作戰行動，各部回營駐守。不過，這一階段，太平軍方麵也毫無動靜，他們和對手一樣也飽受疾病困擾。
到了9月，左宗棠所部的處境才有了改善。於是，楚軍水路各部大舉進攻富陽。徐文秀、張誌公部渡江奪取雞籠山的堅固軍營，全力攻打城西壁壘，於夜深時分攻破。富陽城內的太平軍逃散，湘軍終於成功進占富陽。高連升和劉清亮率領精兵馳攻新橋，攻破太平軍二十座壁壘，在新橋駐紮。然後聯合水師長驅直下，攻抵杭州。
杭州、餘杭兩城相距六十裏。太平軍極為重視餘杭，康王汪海洋親自坐鎮此地。太平軍見湘軍日益逼近，便增修壁壘，連營四十裏，通向餘杭。左宗棠調魏喻義和康國器兩部從新橋進軍餘杭。高連升部攻破清波門的太平軍壁壘，左宗棠還調德克碑的部隊歸他指揮，進駐萬鬆嶺。蔣益澧部駐紮留下。
此時，左宗棠的軍事行動已經取得了很大的進展，他的部隊已經三麵包圍餘杭，與太平軍對峙著。
杭州太平軍出動一萬兵力攻打萬鬆嶺軍營，被高連升部擊退。高連升分兵進駐天馬、南屏諸山，攻打餘杭的部隊在城東花牌擊敗太平軍，奪得寶塔嶺駐軍。寧國太平軍則分頭奔赴昌化和於潛，黃少春從昱關嶺回援，一戰將太平軍擊退。
太平軍從寧國襲擊孝豐，挺進臨安，企圖攻擊餘杭湘軍，劉明鐙等部從新城攔截，太平軍敗退湖州。與此同時，太平天國的慕王譚紹光被叛徒殺害。第二天，李鴻章的淮軍攻占蘇州。太平軍節節敗退，形勢已經極為不利。
杭州的太平軍倚靠餘杭為犄角，左宗棠認為必須先攻下餘杭，進占海寧，否則無法掐斷嘉興和湖州為杭州提供的接濟。於是，左宗棠率部移駐富陽，他親自前往餘杭視察部隊，將富陽各部調往餘杭西南麵，令黃少春部從分水進軍新城，扼守餘杭西北。他派使者急馳，招來蔣益澧的九營兵力，會同楊昌濬等部進逼城下，大戰一天，殺傷甚多，擊傷太平軍將領鄧光明。當晚，太平軍增修壁壘，挖掘長濠，連通瓶窯，以通餉道。
此時，江蘇的淮軍在楓涇擊敗太平軍，嘉善、平湖、乍浦和海鹽的太平軍全部投降。同時，左宗棠進軍橫溪，令高連升部攻打杭州鳳山門。太平軍駐軍分路出兵抵抗。高連升趁太平軍陣列尚未布好，縱兵攻擊，太平軍大敗。高連升部攻破九座壁壘，水師也攻破一座瀕江石壘。高連升部逼近城下，包圍四道城門。
太平軍堅守古塘壁壘抵抗。黃少春等部攻破餘杭城東的七座壁壘，大舉進攻。楊昌濬部進軍城北，康國器部進軍城東，魏喻義等部在城西北列營，以分散太平軍的兵力，又攻破陡門堅壘。當天，黃少春部繞攻瓶窯軍營，未能攻克。