經學是一門含有豐富哲學內容的、體現儒家思想精要的古老的學問，長期居於中國學術文化的主導地位。元代結束了兩宋以來的長期分裂局麵，元代經學亦在借鑒、調和宋代張程朱陸理學的進程中，產生了許衡、劉因、吳澄等理學名家。清儒編纂《四庫全書》，收錄了約三百八十種元人著作，其中多有對於元人經學著作的讚譽之詞。例如，評價吳澄《易纂言》曰：「其解釋經義，詞簡理明；融貫舊聞，亦頗賅洽，在元人說《易》諸家，固終為巨擘焉。」評價許謙《讀書叢說》曰：「宋末元初說經者多尚虛談，而謙於《詩》考名物，於《書》考典製，猶有先儒篤實之遺，是足貴也。」評價梁寅《詩演義》曰：「今考其書，大抵淺顯易見，切近不支。元儒之學主於篤實，猶勝虛談高論、橫生臆解者也。」評價趙汸《春秋屬辭》曰：「顧其書淹通貫穿，據傳求經，多由考證得之，終不似他家之臆說。故附會穿鑿雖不能盡免，而宏綱大旨，則可取者為多。」[4]清末學者皮錫瑞認為元代為經學積衰的時代，「論宋、元、明三朝之經學，元不及宋，明又不及元。」[5]承認元代經學在中國經學史上佔有一定的地位，且有如趙汸《春秋屬辭》這樣的「鐵中錚錚、庸中佼佼」之作。
元代史學是中國史學的繼續發展時期，成就顯著，著作甚豐。其中，影響較大的著作有如下幾種。一、元順帝至正年間編纂的《遼史》、《金史》、《宋史》。三史編纂皆有三朝專史舊本可供借鑒，故歷時不及三年即告竣事，且整體框架完備，基本史實詳贍，為後人研究遼金宋歷史的重要著作。同時，順帝詔「宋、遼、金各為一史」，解決了長期持論不決的以誰為「正統」的義例之爭，顯示出元代史學觀念上的進步。二、馬端臨《文獻通考》。該書是一部記載上古至宋寧宗時期典章製度的通史。作者對唐杜佑《通典》加以擴充，分田賦、錢幣等二十四門，廣取歷代官私史籍、傳記奏疏等相關資料，對各項典章製度進行融會貫通、原始要終的介紹，篇帙浩繁，堪稱詳備。三、《元典章》。該書全稱《大元聖政國朝典章》，為元代中期地方官府吏胥與民間書坊商賈合作編纂的至治二年（一三二二年）以前元朝法令文書的分類彙編，分詔令、聖政、朝綱等十大類，六十卷。書中內容均為元代的原始文牘，是研究元代法製史與社會史的重要資料。四、《大元大一統誌》。該書為元朝官修地理總誌，始纂於元世祖至元二十二年（一二八五年），成書於元成宗大德七年（一三〇三年），六百冊，一千三百卷，是中國古代最大的一部輿地書。該書氣象宏闊，內容廣泛，取材多為唐宋金元舊誌，今僅有少量殘卷存世。
元代子書保持和發揚了傳統子書「入道見誌」、「自六經以外立說」的基本特色，廣泛幹預社會生活，闡發個人學術（含藝術）觀點，產出了許多優秀作品。麵對民族矛盾與階級矛盾交織的社會現實，程端禮《讀書分年日程》、謝應芳《辨惑編》、蘇天爵《治世龜鑒》諸書推闡朱熹學說，力闢民間疑惑，探求治世方略，顯示出元代子部儒家類著作的基本格調。元代科學技術水平有了新的進展。李冶《測圓海鏡》的成書標誌著天元術數學方法的成熟，「是當時世界上水平最高的代數著作」。[6]稍後朱世傑《四元玉鑒》用四元術解方程（包括高達十四次方的我國數學史上最高次方程），「對方程的研究（列方程、轉化方程和解方程等），朱世傑在中國歷史上達到頂峰」，「《四元玉鑒》的另一部分重要內容是有關垛積與招差問題，就其成果的水平來看達到了中國古代此類問題的高峰」。[7]司農司編《農桑輯要》、魯明善撰《農桑衣食撮要》、王楨撰《農書》，三部農書，是元代農學的代表作。又李杲有「神醫」之譽，「其學於傷寒、癰疽、眼目病為尤長」[8]，觀其所著《內外傷辨惑論》、《脾胃論》、《蘭室祕藏》諸書，可知時人所譽不誣。