博士家裏，柯南緊閉雙眼，躺在床上一動不動。他的頭上和手上都纏著繃帶，雖然博士用了很多方法，但柯南還是昏迷不醒。
小蘭傷心新一的死，雖然擔心柯南，但也沒有精力照顧了，因此在博士的建議下，柯南被帶到了博士家裏。對此，毛利小五郎沒有拒絕，他也心憂小蘭沒有餘力了。
少年偵探團的成員擠在柯南床前。步美早已淚流滿麵，她雙手緊緊地握住柯南的床單，將床單抓得皺成了波浪，淚水不停地打在步美的手上。她不明白，為什麼前一天大家還在一起玩得這麼愉快，第二天就……
光彥沉默不語，他隱隱想到：這一定和灰原與柯南之間的秘密有關。
元太知道柯南和灰原背著偵探團行動非常生氣，準備好好教訓柯南一頓，但當他看到柯南的樣子再也說不出口，隻是不停地“罵”：快點醒來，快點醒來……
可是不管偵探團的夥伴們怎樣祈禱，柯南就是沒有醒來。
傍晚，光彥和元太去幫助博士準備晚餐了。步美依舊守在柯南的床邊，她希望柯南醒來第一眼看到的就是她。
忽然，柯南睜眼坐了起來，大叫道：“灰原，灰原……”可周圍哪有灰原的影子，柯南看了看四周，都是一些發明，這是博士的房間。他注意到步美，但步美卻轉過了臉去。
“太好了，柯南，你沒事。”步美說道。
“步……步美。”柯南想起自己剛剛大喊灰原，一時不知道書什麼好，隻是愣愣地看著步美。
這時，博士走了進來，“噢，柯南你終於醒啦。”
“博士，灰原她……”柯南忍不住問道，但想起步美又停了口。
“灰原她已經走了……”博士說道。
柯南心頭一震，不禁流下了眼淚。
“她已經去了美國，因為有急事所以不能等你醒來了。”博士繼續說道。
柯南一愣，而這卻被步美看在了眼裏。步美看著柯南道，“柯南……”
“步美，對不起。”柯南打斷她道。
“其實，我一直都知道，小哀比我更適合你。”步美頓了一下道，“柯南，我不怪你。”眼中噙滿了淚水。
柯南說不出話來，“應該真實麵對自己的感情了。”他想道。
“柯南，這是小哀要我給你的。”博士拿出一封信。
柯南打開一看，上麵寫著“柯南，祝你幸福。”
次日，偵探團的成員都回家了，因為博士說“柯南需要休息。”不過在博士的藥物的幫助下，柯南已經好了很多，隻是傷口還沒有完全愈合，移動的時候還會有一些疼痛。柯南一個人躺在床上，想著已經離開的灰原。
忽然，柯南聽到博士的腳步聲，接著門“吱”地一聲開了，一個人迅速跑了進來，衝進了博士的房間。
“服部！”柯南吃了一驚。
服部平次跑過來，拍了一下柯南，道：“你又搞什麼鬼？”
柯南頓時感到一陣疼痛，心道：可惡，傷口剛好一點。
“為什麼要假裝死了。”
“服部……”柯南道，“我不能變回原樣了，所以，我決定讓蘭放棄。盡管這樣可能有些殘忍。而且……”柯南想到灰原，眼神有些黯然。
服部平次聽說從米花百貨大樓裏出來的還有一個女生，就猜到這個人是灰原，看到柯南的表情立馬猜到了幾分，“喂，喂，工藤，你該不會……”
服部平次把柯南大大地八卦了一把。
但柯南不說一句話，隻是這麼看著他。
“好吧，”服部平次見狀，立刻轉移了話題，“我這次是特地來謝謝你的，因為這次事件，我被任命為關西地區的警部。”
“是嗎？恭喜你了。”柯南不置可否地說。
原來，雖然柯南讓目暮警官包圍平安街，但為了確保萬無一失，柯南事先以新一的身份通知了服部平次。所以，真正打敗並抓住組織在平安街的人的，是服部平次。因為柯南囑咐服部平次不要說出自己，所以平次假稱自己意外發現了這些人的行動，因為來不及上報，就自己來對付他們。
雖然平次受到了警視總監的表彰、關西警方也受到的表揚，但平次還是被他父親罵了一頓，說他行事鹵莽。
因為要接受職位，平次又匆匆走了。
“馬上要開學了，希望那時傷能好。”柯南想到。
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