首先是美洲的銀礦出現了枯竭的跡象；其次在1605年，由於宗教上的原因，國王策動了一場驅逐摩爾人的運動，將格拉納達地區的阿拉伯人後裔逼走，結果是讓西班牙失去了一大批技術高超的手工藝匠人。英國和荷蘭也在此時崛起，不斷騷擾著西班牙和葡萄牙的殖民地。連年的戰爭開支使帝國的國庫日漸吃緊，西班牙漸漸無力顧及葡萄牙的海外屬地了。於是曾經是葡萄牙人天下的印度洋成為了英國人和荷蘭人的舞台。
1609年荷蘭人占領斯裏蘭卡；1617年開始葡萄牙人又在日本受到荷蘭人的刁難和排擠；1622年在英國人的支持下，伊朗將霍爾木茲海峽奪了回去；1637年荷蘭甚至占據了幾內亞灣的一部分地區。
最令葡萄牙人忍無可忍的是1623年至1630年巴西的幾個重要港口竟也落到了荷蘭人手中，其中包括作為巴西首府的聖薩爾瓦多和最富饒的伯南布哥地區。
葡萄牙的殖民勢力在逐漸地衰弱，昔日的瓜分世界的霸氣已然不複存在，曾經的航海殖民奇跡也被曆史拋在了身後。
無法避免的“下坡路”
葡萄牙自1580年被西班牙當時的國王菲利普二世兼並，經曆了長達60年的兼並曆史，直至菲利普二世去世之後才出現轉機。
1621年菲利普二世去世，年僅十六歲的菲利普三世（西班牙稱四世）繼位。西班牙統治者看到葡萄牙國內不穩定的形勢，決定結束其半獨立的狀態，但這很明顯的，菲利普二世的對葡萄牙貴族的懷柔政策也成為廢紙了，原本最認同西班牙國王的貴族們，進而作為了追求葡萄牙複國的急先鋒。為了填補軍費造成的漏洞，政府加重了稅收。
這項措施在整個伊比利亞半島都激起了民眾的反感，後來發展成為此起彼伏的起義。
其中在葡萄牙，最著名的一場起義就是1637年發生在埃武拉的“曼努埃裏尼奧”起義。這場起義的起因是因為要增加新的房地產轉讓稅來支付政府拖欠貴族的津貼金。當一名王室的法官來到埃武拉宣布這項決定的時候，他下榻的地點遭到了憤怒的群眾的襲擊和洗劫。
起義就此開始，傳說中起義的領導者是一個“十六歲的青年，似乎誰也不認識他；他衣著破舊，身上隻有一件鬥篷和一條灰顏色的披肩，臉上從未流露過笑容。”這就是那個“曼努埃裏尼奧”了。起義迅速波及全國；但是由於缺乏有效的組織領導，幾個月後這場聲勢浩大的運動便自行消亡了。
西班牙統治者看到葡萄牙國內不穩定的形勢，決定結束其半獨立的狀態；西班牙的軍隊被派往葡萄牙鎮壓起義，西班牙的貴族被派往葡萄牙擔任要職；不僅如此，西班牙還繼續在整個半島招兵買馬，四處拉壯丁，為當時歐洲正在進行的三十年戰爭充當炮灰。
1640年5月，巴塞羅那爆發了起義；為了鎮壓這次起義，葡萄牙的貴族們都收到了動員令，讓他們去加泰羅尼亞參戰。這項動員令讓忍耐已久的上層階級也坐不住了。大家開始聚集在當年的王位繼承人女公爵卡塔琳娜的孫子、如今的布拉甘薩公爵若昂的周圍，策劃著一次幹脆徹底的行動。
這個若昂和上個若昂一樣，也是一個黎元洪式的角色。他本人由於長時間居住在自己的領地上，遠離裏斯本的政治生活，所以革命的態度並不十分堅決；但是他時任全國軍事總督，手中握有兵權，再加上他的出身也正，想不領導革命都難。
1640年12月1日上午九點左右，40名王公貴族突然衝進裏貝拉王宮和她的國務大臣米格爾·德·瓦斯貢塞洛斯。在將後者處死之後，這些人逼迫女公爵命令聖若熱城堡和特茹河各要塞的西班牙守軍立即繳械投降、不得抵抗。一切辦妥之後，他們才走出王宮，號召人民起來歡呼葡萄牙的光複。15天之後，布拉甘薩公爵正式加冕成為葡萄牙國王，稱若昂四世。布拉甘薩王朝就此建立，國家重獲獨立。