諸葛亮寫完，又囑咐楊儀說：“馬岱、王平、廖化、張翼、張嶷，這幾個人都是忠心耿耿，可堪重用。我死之後，凡事都要按照舊法進行，緩緩退兵，不可急躁。你深通謀略，不必我多說。至於薑維智勇兼備，可派他在隊後壓陣。我死之後，不要發喪。讓後麵的軍隊先行，然後一個營一個營地慢慢撤退。如果司馬懿追來，你可以布成陣勢，回旗返鼓與他對壘。等他來到時，就把我先前所雕的我的木像安放在轎中，推到兩軍陣前，令大小將士分列左右，一定會把司馬懿給驚走。”楊儀一一答應了。
諸葛亮勉強支撐著病體，要左右侍從將他扶上小車，派人駕車出城遍巡各營。
建興十二年（234年）八月，諸葛亮懷著沒有完成統一事業的無限遺憾之情，病死在五丈原，時年54歲。
這天夜裏，薑維、楊儀遵諸葛亮之命，不敢舉哀，並依諸葛亮遺囑成殮，將諸葛亮的骨灰安置在龕中，令心腹將士守護，然後傳密令，各處營寨悄然無聲，一一撤出。
司馬懿探查到五丈原蜀營中已空無一人，猜測諸葛亮已死，便忙親自引兵來追。到山腳下，隻見蜀軍就在前方，他更加奮力追去。這時忽然山後一聲炮響，喊聲大震，隻見蜀軍全部回旗返鼓，樹影中飄出中軍大旗，上麵寫著一行大字——漢丞相諸葛亮。司馬懿不由大驚失色，定睛看時，隻見中軍幾十員上將，擁出一輛四輪車來，車上端坐著諸葛亮，羽扇綸巾。
司馬懿大乎上當，急忙往回逃走。背後隻聽薑維大聲叫喊：“賊將休走，你中了我們丞相的計！”魏兵頓時嚇得魂飛魄散，丟盔棄甲，亂作一團，死傷無數。
過了兩天，鄉民們互相交談說，蜀兵退入穀中之時，哀聲震地，軍中揚起白旗，前日車上的諸葛亮其實是木人。司馬懿聽說後歎道：“我能料諸葛亮生，卻不能料諸葛亮死也！”因此蜀中人有這樣一句諺語：死諸葛驚走活仲達。
諸葛亮病危的時候，曾與楊儀和司馬費等安排死後退軍的調度，命令魏延殿後阻擊追敵，薑維作為副將；如果魏延不服從命令，軍隊便自行出發。諸葛亮去世後，楊儀秘而不發喪，還讓司馬費去魏延處揣度他的意向。魏延對司馬費說：“丞相雖然去世，還有我在。相府親信和官屬等人便可將遺體送還歸葬，我自當親自統率各路大軍攻擊賊軍。怎麼能因一人死去而廢棄天下的大事呢？何況我魏延是何等人，就應當被楊儀約束，作斷後的將軍嗎？”他就私自和司馬費作出撤退和留下的安排，還讓司馬費親筆寫信，連同自己簽名傳告下麵將領。
司馬費欺騙魏延說：“我還應該回去向楊儀解釋，楊儀是個文官，很少經曆軍事，一定不會違抗尊命。”司馬費出來後，策馬奔馳而去。
楊儀等人打算按照諸葛亮既定的計劃，各軍營依次帶領部隊撤還。魏延派人探聽到這個消息後勃然大怒，搶在楊儀沒有發兵之前率領所屬部隊徑先南歸，所過之處燒絕棧道。魏延、楊儀各自上表說對方叛逆，一天之內，羽書一並送到都城。
漢後主以此事詢問侍中董允、留府長史蔣琬，董允、蔣琬都擔保楊儀而懷疑魏延。
楊儀等人命令砍伐山林打通道路，日夜兼程行進，緊隨在魏延之後。
魏延占據南穀口派兵迎擊楊儀等人，楊儀命將軍何平在前麵抵禦魏延。何平叱責先登上南穀口的士兵說：“諸葛公死，屍骨未寒，你們怎能如此！”魏延的部眾知道魏延理虧，不願為他賣命，都四散逃走。魏延和他的兒子逃奔漢中，楊儀派遣將領馬岱追殺他們，最終誅滅魏延三族。
除掉魏延後，楊儀等人便把諸葛亮的靈柩送回到成都。
後主劉禪帶文武官員，全部掛孝，出城二十裏迎接諸葛亮的靈柩。
十月，劉禪親自送靈柩到定軍山安葬，降旨封諸葛亮諡號忠武侯，又令在沔陽為其建廟，四時享祭。