肇基既獲勝仗，遂與趙彥定計攻鄒，大軍齊發，共趨鄒城，途次聞賊眾精銳，麕集嶧山，乃令遊兵至鄒，牽製城中守賊，自率大軍徑襲嶧山。賊眾未曾防備，突被殺入，多作刀頭之鬼，有一小半逃回鄒城，趙撫、楊總兵，即追薄城下，鴻儒自知窮蹙，與黨魁高尚賓、歐陽德、酆九敘、許道清等，誓死堅守，屢攻不下。鄒、滕兩縣，相為犄角，趙彥料滕縣未複，鄒亦難克，遂遣楊國盛、廖棟等，攻拔滕縣，又大破賊黨於沙河，鄒城乃成孤立。官軍築起長圍，困得水泄不通，漸漸的城中食盡，守卒統有饑色。趙彥下令招降，除鴻儒外，一概免死。偽都督侯五，偽總兵魏七等，遂拔去城上旗幟，情願投誠。鴻儒單騎夜走，甫出城闉，即被官兵擒住。趙彥等乃入城宣撫，安插鄉民二萬餘人，收獲軍資無算，遂將鴻儒檻送京師，照例磔死。鴻儒受刑時，仰天歎道：“我與王好賢父子，經營二十年，黨羽不下二百萬，乃先期泄謀，致遭此敗，豈非天意？”項羽烏江自刎，稱為天意，鴻儒亦欲援天自解，真是不度德，不量力。總計鴻儒舉事，凡七閱月，盡行滅亡。王好賢聞鴻儒伏法，遁走薊州，私挈家屬二十餘人，南奔揚州，後來事露被擒，也遭駢戮。該死。明廷錄平賊功，擢趙彥為兵部尚書，楊肇基以下，進秩有差。趙彥查得五經博士孟承光，係亞聖後裔，鄒城被陷時，為賊所執，不屈遇害，至是並上書奏聞。又經禦史等申請撫恤，乃下旨準奏，修葺孟廟，光複孟祀，且不必說。
再說魏忠賢專寵怙權，由司禮秉筆監，提督東廠，車馬儀衛，僭擬乘輿，任用同黨田爾耕，掌廠衛事，許顯純為鎮撫司理刑，羅織善類，屠害忠良，呼號敲撲的聲音，晝夜不絕。楊漣已任左副都禦史，目擊忠賢不法情狀，忍無可忍，遂劾忠賢二十四大罪。略雲：
太監魏忠賢者，本市井無賴，中年淨身，夤入內地，初猶謬為小忠小佞以幸恩，繼乃敢為大奸大惡以亂政，今請列其罪狀，為陛下言之！祖製擬旨，專責閣臣，自忠賢擅權，多出傳奉，或徑自內批，壞祖宗政體，大罪一；劉一燝、周嘉謨，皆顧命大臣也，忠賢令其黨論去，急於翦己之忌，不容陛下不改父之臣，大罪二；先帝賓天，實有隱憾，孫慎行、鄒元標以公義發憤，悉為忠賢排去，顧於黨護選侍之沈，曲意綢繆，終加蟒玉，親亂賊而仇忠義，大罪三；王紀為司寇，執法如山，鍾羽正為司空，清修如鶴，忠賢構黨斥逐，必不容盛時有正色立朝之臣，大罪四；國家最重，無如枚卜，忠賢一手握定，力阻首推之孫慎行、盛以宏，更為他詞以錮其出，是真欲門生宰相乎？大罪五；爵人於朝，莫重廷推，去歲南太宰，北少宰，俱用陪推，一時名賢不安於位，顛倒銓政，掉弄機權，大罪六；聖政初新，正資忠直，乃滿朝薦文震孟、江秉謙、侯震暘等，抗論稍忤，立行貶黜，屢經恩典，竟阻賜環，長安謂天子之怒易解，忠賢之怒難調，大罪七；然猶曰外廷臣子也，傳聞宮中有一舊貴人，以德性貞靜，荷聖上寵注，忠賢恐其露己驕橫。托言急病，置之死地，即指馮貴人，《紀事本末》作胡貴人。大罪八；猶曰無名封也，裕妃以有娠傳封，中外方為慶幸，忠賢惡其不附己，矯旨勒令自盡，大罪九；猶曰在妃嬪也，中宮有慶，已經成男，忽然告隕，虹流電繞之祥，變為飛星墮月之慘，傳聞忠賢與奉聖夫人，實有謀焉，大罪十；先帝在青宮四十年，操心慮患，所以護持孤危者，惟王安一人，即陛下倉猝受命，擁衛防維，安亦不可謂無勞？
忠賢以私忿矯旨，掩殺於南海子，是不但仇王安，而實敢仇先帝之老仆，略無顧忌，大罪十一；今日獎賞，明日祠額，要挾無窮，王言屢褻，近又於河間府毀人房屋，以建牌坊，鏤鳳雕龍，幹雲插漢，又不止於塋地擅用朝官，規製僭擬陵寢而已，大罪十二；今日蔭中書，明日蔭錦衣，金吾之堂，口皆乳臭，誥敕之館，目不識丁，如魏良弼、魏良卿及傅應星等，濫襲恩蔭，褻越朝常，大罪十三；用立枷之法以示威，戚畹家人，駢首畢命，意欲誣陷國戚，動搖中宮，若非閣臣力持，言官糾正，椒房之戚，又興大獄矣，大罪十四；良鄉生員章士魁，以爭煤窯，傷忠賢墳脈，遂托言開礦而致之死，趙高鹿可為馬，忠賢煤可為礦，大罪十五；王思敬以牧地細事，徑置囚阱，草菅士命，使青燐赤璧之氣，先結於壁宮泮藻之間，大罪十六；科臣周士樸，執糾織監，原是在工言工，忠賢竟停其升遷，使吏部不得專銓除，言官不敢司封駁，大罪十七；北鎮撫劉僑，不肯殺人媚人，忠賢以不善鍛煉，遂致削籍，大明之律令可不守，忠賢之命令不可不遵，大罪十八；魏大中為吏科，遵旨蒞任，忽傳旨切責，及大中回奏，台省交章，又再褻王言，煌煌綸綍，朝夕紛更，大罪十九；東廠之設，原以緝奸，自忠賢任事，日以快私仇行傾陷為事，投匭告密，日夜未已，勢不至興同文之獄，刊黨錮之碑不止，當年西廠汪直之僭，未足語此，大罪二十；邊警未息，內外戒嚴，東廠緝訪何事，前韓宗功潛入長安，偵探虛實，實主忠賢司房之邸，事露始去，假令天不悔禍，宗功事成，未知九廟祖靈，安頓何地？大罪二十一；祖製不蓄內兵，原有深意，忠賢與奸相沈，創立內操，藪匿奸宄，安知無大盜刺客，潛入其中，一旦變生肘腋，可為深慮，大罪二十二；忠賢進香涿州，警蹕傳呼，清塵墊道，人以為禦駕出幸，及其歸也，改駕駟馬，羽幢青蓋，夾護環遮，則儼然乘輿矣，大罪二十三；夫寵極則驕，恩多成怨。聞今春忠賢走馬禦前，陛下射殺其馬，貸以不死，忠賢不自伏罪，進有傲色，退有怨言，朝夕提防，介介不釋，從來亂臣賊子，隻爭一念放肆，遂至不可收拾，奈何養虎兕於肘腋間乎？此又寸臠忠賢，不足蔽其辜者，大罪二十四。凡此逆跡，昭然在人耳目，乃內廷畏禍而不敢言，外廷結舌而莫敢奏，間或奸伏敗露，又有奉聖夫人為之彌縫，更相表裏，迭為呼應。伏望陛下大發雷霆，集文武勳戚，敕刑部嚴訊以正國法，並出奉聖夫人於外，以消隱憂，臣死且不朽矣！謹奏。