改革時弊
崔忠獻剛剛鏟除權臣李義旼，奪得權力後，便與弟弟崔忠粹一同向高麗明宗上奏了十個事項，要求改革當時的一些時弊，其中可歸納成這樣：
公允分配土地：崔忠獻認為，朝廷應該對臣民“量宜除授先王製土田”，按照實際情況頒發土地；此外，由於有勢力人士的貪婪而“奪公私田兼有之”，占有大片土地，造成“邦賦削而軍士缺”，朝廷無法根據田丁數字來收稅征兵，因而要求能把這些被占的田地交還原有者。
澄清吏治：崔忠獻發現，一些官員“惟利之從”，甚至向人民“爭征田租”。而地方官員又“應察不察”，並從中作出舞弊營私。有鑒於此，崔忠獻意欲改變地方官製的現狀，加強對官員的審核，“能者擢之，否者懲之”。
倡導節儉：崔忠獻認為當時廷臣們的生活“並不節儉”，住所、衣裳都過多修飾，令風俗敗壞。因此要求國王“具訓於百僚，禁華侈，尚儉嗇”。
整頓佛教徒：當時的“浮圖”，都獲國王準許隨便出入王宮，“以事幹穢聖德”，又擅自“營立佛宇”，在崔忠獻眼中，這些行徑都不太妥當，於是意圖令他們“不跡於宮”，多餘的佛宇“削去勿留”。
善選諫諍官員：崔忠獻認為當時負責進諫的官員，都“以苟合為心”，未能指出國君施政的毛病。所以就要求國王選擇合適人選，“使直言在庭。”
大義滅親
誅殺弟弟崔忠粹：高麗神宗即位後不久，崔忠粹欲將自己的女兒嫁給太子淵，並妄圖先將當時的太子妃逐出，但忠獻認為此舉對王室及對太子妃都不太合適，勸諭忠粹：“以女配東宮（太子），得無譏乎？況夫婦之閑，恩義有素，太子配偶有年，一朝離之，於人情何？”力陳崔忠粹的做法不合情理。但忠粹並不接受，甚而因不堪母親的規勸而“以手推之仆地”。崔忠獻對忠粹忍無可忍，在得到親族們的支持後，預備迎戰忠粹。忠粹的部下亦轉投忠獻陣營，而他本人在逃走時被忠獻追兵殺害。最後，崔忠獻將弟弟“收葬之”。
流放姨甥樸晉材：樸晉材手下有一批勇悍之士，但獲授官職的郤不多，晉材對此含恨在心，甚至圖謀除去忠獻，忠獻亦感到晉材即將作亂，便在捉拿晉材後“斷其腳筋”，然後流放。樸晉材不久病死，而他手下的“勇悍者”亦被流放遠島。事件發生在高麗熙宗三年（1207年）。
平定動亂
在崔忠獻執政時，還有有兩股勢力隨時起事，造成動亂，影響崔忠獻的統治。
佛教寺院的勢力：崔忠獻執政期間，便有數次多達數千名的武裝僧侶湧入開城，以圖推翻崔忠獻。崔忠獻便迫令佛教住持──特別是那此已入佛門而沒有合法身份的王子離開京城，並使用武力粉碎武裝僧侶。農民起義：對於農民起義，崔忠獻先采用武力平定，然後加以安撫政策。對於一些領袖人物，他授以官銜，釋放部份賤民，把他們原本所屬的“部曲”、“鄉”或強製勞動區，合並入常規的縣製。崔忠獻的各種做法，把農民的起義平息下去。
失誤政策
崔忠獻的施政，亦曾有一些嚴重的失誤：
對邊防疏忽鬆懈：《高麗史》記載，崔忠獻曾形容自己治下的高麗是“國富兵強”，所以當邊境有急報，崔忠獻就怒罵：“何以小事煩驛騎，驚朝廷？”對於崔忠獻的輕率態度，邊將隻能采取“必待敵兵陷兩三城，然後乃可飛報”的消極態度。高麗高宗三年（1216年），高麗邊境就曾一度被契丹遺族入寇，弄致“京城無備，人情洶懼”，高麗好不容易才將契丹兵擊退。
“占奪公私民田”：崔忠獻曾占奪公私的田地，到崔怡（即崔瑀）掌權時才歸還原主。“授人爵，視賂多少”：崔忠獻對於授爵，即使有功，都是看對方向他行賄多少。例如高麗高宗六年（1219年），趙衝及孫永等擊退契丹兵有功，但崔忠獻主持論功行賞時，郤“有功者無賞，人多怨之”。孫永與一幹人等因在酒後埋怨說：“頃與契丹戰有功，以無賂不得官”，給崔忠獻聞悉而被斬，跟他遭遇同一命運的，竟達百餘人。到崔怡時代，才對這種失誤進行整頓。
4權力過渡編輯去世
高麗高宗六年（1219年），崔忠獻去世，享年七十一歲。即將去世時，崔忠獻還召集樂工數十，全日奏樂，“至夜，三鼓樂未闋，果死”。死後，諡景成，其喪禮亦甚為盛大，“百官縞素，會葬，秘器、羽葆、鼓吹、旗常擬於王者。”
兒子接權
據《高麗史》的記載，崔忠獻身患重疾，即將離世時，便預料身後可能有人作反生事，便叮囑兒子崔怡（即崔瑀）切勿前來看望。果然，崔忠獻所寵任的將軍崔俊文與池允深、柳鬆節、金德明密謀鏟除崔怡，並不斷促請崔怡到病重的崔忠獻家中看望。崔怡遵照父親叮囑，沒有上當。後來金德明把陰謀告訴崔怡，讓崔怡作好準備，而崔俊文、池允深仍不知就裏，親自上門找崔怡，欺騙他“公（崔忠獻）疾革，宜速往候”，崔怡見勢即捉拿二人，進行懲處，平息了這次危機。到崔忠獻死後，崔怡便積極收買人心，革除崔忠獻在世時的弊病，穩定了統治權。[12]其後，崔怡在自己的私宅裏設立“政房”，令權力更加穩固，崔忠獻所開創的“崔氏政權”便得以延綿下去。