4月10日，淘寶網高調宣布進入B2C領域，並將推出淘寶商城的測試版。淘寶網擺脫了單一的C2C模式，正式踏入B2C模式。按照馬雲最初的計劃，商城賣家以“品牌專賣”的名義，可以用較高的價格，區分於C2C網店上良莠不齊的商品，這些賣家主要由品牌代理商、甚至品牌自己設立的旗艦店組成。淘寶網希望通過直接向賣家收取保證金、傭金、廣告和市場推廣費用等帶來營收。
前麵曾經提到，馬雲用免費政策吸引了大量中小賣家進駐淘寶網，擊敗了eBay易趣，但這也成為淘寶網遲遲不能贏利的一個障礙。馬雲如果也向賣家們收費，必然會導致賣家們出走，淘寶網的流量和人氣就會急速下滑。但在阿裏巴巴B2B贏利能力受到衝擊的情況下，馬雲必須想辦法在淘寶網身上賺錢。所以，他一方麵要平衡賣家的情緒，另一方麵又要想辦法收費，而推行平台向B2C進化是實現淘寶贏利的一個最好的方式，當時B2C的贏利模式已經很清晰，而且前景越來越被看好。
為了保證商城產品的品質，淘寶網在2008年為入駐的商家構築了較高的門檻：申請入駐的商家要作出銷售額的保底承諾，達不到承諾的賣家要進行補償；較高的傭金費用（0.5%的淘寶積分扣點+5.5%的傭金）；隻向商城賣家開放的廣告投放折扣活動，投放金額高達100萬元起。但淘寶商城的高調出擊，並沒有為它帶來預想中的效果。淘寶網曾經利用種種方法將用戶流量導向商城，包括醒目的首頁推廣、在搜索結果中排名最為靠前的顯示位置等，但效果並不令人滿意。
在淘寶商城啟動的同時，淘寶網也開始向賣家推出一項新的增值服務——“淘寶直通車”，它與2006年遭到抵製的“招財進寶”同屬競價排名、按效果付費的廣告業務，馬雲實現淘寶網贏利的意圖日趨明朗。
在上馬B2C項目的同時，2008年4月23日，堅稱“絕不自己做物流”的馬雲聯合郭台銘投資1500多萬美元，在杭州低調投資了浙江百世物流科技有限公司，注冊資本500萬，法人代表為前Google中國區總裁周韶寧。這是馬雲在物流行業布下的第一顆棋子，郭台銘是馬雲的利益夥伴，參與認購阿裏巴巴上市股票。
百世物流的運作模式一開始就比其他快遞公司高明。淘寶網賣家在發貨時，可以點擊不同快遞公司，進入快遞公司自己的網絡客服界麵，雙方溝通取貨時間和地點，進而發貨，而點擊百世物流之後，可以直接對接到百世物流管理係統，直接下單、跟蹤貨物，貨物出現異常還會自動預警。而且跟一般快遞公司3～5天到貨的承諾不同，百世物流實行“次日達”的限時精準承諾，即當天17：00之前收取的貨物，第二天送達，如果延期則退還快遞費。
2008年上半年成立之初，百世物流主要業務是“杭州範圍內的承諾限時快遞”，而且很快獲得淘寶網的“推薦物流商”資格，而這是其他運輸路線、網點都尚未搭好的新快遞公司難以企及的事情。但之後不久，因為網絡尚未搭建完備，無法承接淘寶的零散貨物，百世逐漸淡出了快遞市場，轉而開始為淘寶網做倉儲，為一些大型食品快消類企業做供應鏈物流。
2008年6月30日，阿裏巴巴股價從年初27.65港元/股跌落至收盤的11港元/股，跌幅達到了60.22%。市值從2008年年初時的1396.32億港元縮水至550.5億港元，高達845億港元的市值被蒸發。
事實上，阿裏巴巴的付費會員數量雖然還在增長，但受外貿出口萎縮的影響，阿裏巴巴會員的續簽率正在降低，這讓阿裏巴巴的銷售人員感受到了壓力。阿裏巴巴2007年上市時候的承銷商——美國高盛公司此時對阿裏巴巴也開始吹冷風。高盛在研究報告中表示：“來自宏觀經濟層麵的挑戰，例如工資及成本上升、信貸收緊、人民幣升值及出口放緩等因素，將對阿裏巴巴GoldSupplier會員的續會及新簽會員的影響超過該行預期。另外，阿裏巴巴一季度重整銷售隊伍的時機較差，故將二季度GoldSupplier會員淨增長預期由2300名下調至1200名，全年則由1.05萬名下調至7700名。”