酸雨降落在土壤中，猶如用稀酸溶液淋洗土壤，使土壤中的鈣、鎂、鉀等營養元素溶出，並迅速流失，使土壤日益貧瘠化;其次，酸雨使土壤酸度增加，從而使土壤中的微生物活性受到抑製，造成大量有機物不能及時、有效地分解，無法被植物吸收，導致土壤肥力下降;酸雨溶進土壤可使本來固定在土壤中的有毒金屬鎘、鋁等分離出來，同水分一起被植物根吸收，從而影響植物生長，甚至造成植物死亡。此外，降落到土壤中的酸雨還能被植物吸收，直接進入植物體內，使植物體內細胞的生長發育受到阻擋，對植物體造成傷害。
酸雨對生物的危害，首當其衝的是水生生物。江河湖泊中的水一般都是中性或弱堿性，各類水生生物在長期進化過程中，早已適應了這種酸堿度和生長環境。當水體遭受酸雨侵襲後，酸堿度發生變化，就會對水中的魚類等的生存產生災難性的影響。研究表明，當水的pH值為6.5時，大多數水生生物就會出現活動失常現象，如果水的pH值降到4.5時，幾乎所有的水生生物都將趨於死亡。酸雨降落到河湖中，或由酸雨形成的徑流流入河湖中，均可導致河湖的酸化。在酸性水體裏，魚卵不能孵化，幼魚不能成長:蝦類等小生物減少，甚至不能生存;水體中的浮遊生物和藻類等低等生物也減少或滅絕，這就斷絕了魚類的食物，魚類也不能生存，這樣又破壞了固有的食物鏈，野鴨、潛鳥、魚鷹、水獺等以魚為食的動物，也就無法生息繁衍。酸雨還可將有毒金屬從土壤和底泥中溶出，對魚類造成傷害，使之死亡，甚至滅絕。酸性水質還影響微生物對有機物殘體的分解速度，使水質變化，造成魚類死亡。
酸雨還嚴重損害人體健康。酸雨或酸霧對人的眼結膜、呼吸道等的傷害程度要比幹性的二氧化硫大10倍。酸雨還會通過飲用水源等渠道進入人體，對人體造成傷害，誘發多種疾病。據美國有關報告預測，如果酸雨繼續泛濫下去的話，美國每年死於酸雨汙染的人數將達到6萬。受酸雨傷害最重的是老人和兒童。據有關資料表明，1980年，德國有4000名老人和孩子死於酸雨汙染，美國有2.5萬人死於酸雨汙染。
酸雨還可以像傷害人類一樣傷害其他動物，對動物的呼吸道、皮膚造成直接危害，還可以通過食物及飲水進入動物體內造成傷害。
酸雨的治理
酸雨汙染沒有國界，且有越來越嚴重的趨勢，這已引起世界各國的高度重視，正在掀起一場國際性的防治酸雨的鬥爭。防治酸雨根本的措施就是減少二氧化硫和氮氧化合物的排放。
世界上許多國家都在設法削減二氧化硫和氮氧化合物的排放，如歐洲有32個國家於1979年11月13日~15日在日內瓦舉行會議，簽訂了“長距離越境大氣汙染公約”，要求成員國到1993年二氧化硫排放量比1980年減少80%，美國和加拿大也參加了這一公約。1988年簽訂了索非亞議定書，要求到1994年把氮氧化合物的排放量減少到1987年的水平。因此，多數歐洲國家采取了相應的對策，如製定環境法規、調整能源結構、加強大氣汙染的監測和科研，以兌現對公約的承諾。我國在1995年新修訂了《大氣汙染防治法》，增加了工業燃煤控製排放二氧化硫的法律條文，根據“誰汙染誰掏錢”的原則，推行二氧化硫排放收費製度。在煤炭行業進行了“關產、並產、壓產”的工作，到1999年底共取締關閉了3萬多處非法和布局不合理的煤礦，壓縮煤炭產量2.68億噸，其中減少高硫煤年產量2200多萬噸。