1.日灼病
專家提醒
生理性病害是環境條件不好、管理不到位產生的。防治上主要是加強管理，而不是噴藥。
番茄果實經常受強日光直射，表皮顏色發白，影響了商品價值。其發生原因是果實上無遮陽物，經常受日光直射，引起果皮溫度過高造成的表皮細胞死亡現象。
防止番茄日灼病的方法是加強肥水管理，使莖葉茂盛，可遮蓋住果實。整枝時，花序上麵留2～3片葉子，亦可減少日灼現象。
2.番茄卷葉現象
番茄的葉片卷成圓筒形，減少了受光麵積，影響了光合作用，這稱卷葉現象。其發生原因與品種特性、營養不良、整枝打頂過度、氮肥過多、灌溉不當有關。此外，土壤中缺少鐵、錳等微量元素，會使葉脈變紫上卷；噴用防落素等生長刺激素濃度不當可引起受害葉卷曲；植株先端有病毒，抑製了頂芽的繼續生長，也會引起卷葉。
專家提醒
無公害食品生產中可選用低毒、低殘留農藥；綠色食品生產中不可施用農藥。
卷葉一般由基部向上發展，往往影響後期產量。防止的措施是：培育壯苗；合理灌水施肥；增施磷鉀肥；結果期根外追施0.2%～0.3%的磷酸二氫鉀溶液，並保證果實膨大期水肥供應充足；合理使用生長刺激素；及時防治病毒病等。
3.空洞果
番茄果實的胎座組織生長不充實，果皮部與胎座組織分離，種子腔成為空洞，因此果實麵有棱角，果肉少，汁味淡，嚴重影響果實的品質與重量。空洞果發生的原因有：花芽分化不良；開花期環境條件不良；開花結果期，氮肥過多，營養生長過旺；生長刺激素應用不當；溫度條件不宜。
專家提醒
殘毒是指農藥施用後，在自然環境中對人、畜的毒性。在蔬菜作物上允許使用低毒和微毒性農藥。
防止空洞果產生的措施是根據上述發生的原因，采取對應的措施。此外，疏花疏果、葉麵追肥等也有一定防治作用。
4.畸形果
保護地栽培中，番茄的果實形狀超出了品種特征範圍，即為畸形果。畸形果在形態上有變形果和瘤狀果。畸形果的造成是在花芽分化時就開始的。花芽分化時低溫，水肥、光照不足，營養不良時，花芽分化不良，易形成少心室的尖頂果等畸形果。花芽分化期如果水肥過多，則光照充足、莖葉旺盛，而溫度較低時，花芽分化營養過剩，營養細胞分裂過旺，則易形成多心皮的橢圓形果或瘤狀果。此外，生長刺激素施用濃度過高，易形成尖頂果；土壤過幹或過濕影響花芽發育，也易形成畸形果。
防止畸形果的產生必須從育苗期開始。苗期注意溫、光、水、肥等環境條件的控製，創造有利於花芽分化的條件。使用生長刺激素適當，即可避免或減少畸形果的產生。
5.裂果
番茄的果實表皮裂開，直達肉質部，稱為裂果。裂果有2種情況：一是以果柄為中心的環狀開裂；二是以果柄為中心的放射狀開裂。裂果現象與品種有關，一般梗窪條、溝數多，梗窪深，大果型的品種裂果多；反之則少。引起番茄裂果的主要原因是土壤水分供應不均勻。土壤長期幹旱，果皮強度增加，伸張性減少，突然澆大水，果實肉質迅速膨大，而使果皮開裂。開裂的果實易腐爛，商品價值大大降低。