這天，小智等人在旅行途中，順路來到了黑暗市，可是這個城市大白天的一個人也沒有。
“皮卡丘，十萬伏特”，突然從屋頂有人扔下了幾塊石子，小智立刻對皮卡丘說道，然後石子就被電流擊中了，落在地上。
“十萬伏特”，小智看到石子落到地上後，又再次對皮卡丘說道，“皮卡~”，被皮卡丘的電流擊中後就看到有三個小孩子從屋頂掉了下來。
“啊，是小孩子耶”，看到孩子掉下來後，小剛很吃驚的說道。
“對不起啊，可是，是你們先丟我們石頭的”，小霞立刻走上前去說道。
“你們不是神奇寶貝訓練家嗎”，其中一個不太友好的說道。
“是啊，我叫做小智，正在旅行的途中”，小智雖然知道這裏的人討厭神奇寶貝訓練家。
“我是小剛”，小剛也隨後說道。
“我是世界級的美少女，我叫做小霞”，小霞也最後很開心的說道。
“啊，好痛啊”，不過這時她和小剛的頭被其中的一個孩子拿著棍子打到了，而小智則是本能的後退了，躲過了這一劫。
“不管是訓練家，還是飼育家，前麵加了神奇寶貝四個字，我們就討厭”，一個孩子說道。
“神奇寶貝哪裏不好了”，而小智則是不同意的說道。
“請等一下”，就在這時，一個大叔出現了，“對不起，這些孩子好像對你們製造困擾了，你們到我家來一下好不好？讓我好好的向你們道個歉”，大叔抱歉的說，並且邀請小智、小霞和小剛去他家。
到了大叔家後，從大叔口裏知道了，為了成為神奇寶貝聯盟正式承認的道館，這裏的亞斯道館和卡茲道館聘請旅行的神奇寶貝訓練家當打手，一有事情就不分場合的搞起神奇寶貝決鬥。
而就在小智等人吃東西的時候，外麵傳來一陣騷動，“是亞斯道館和卡茲道館之間的小鬥爭，你們幾個趕快躲到二樓去吧，如果被卷入鬥爭的，那就糟糕了”，大叔趕緊解釋道。
“他們常常這個樣子嗎？”到二樓後，看著下麵亞斯道館和卡茲道館不斷地打架，而且四周的房屋也受到了波及，小剛對三個孩子說。
“我們去阻止他們吧”，小智又再次看著外麵的打鬥對著兩個同伴說道。
“不行啊，太危險了”，大叔聽了小智的話後立刻擔心的說。
“沒事了，說完小智就率先跑了出去，小霞和小剛也隨後跟了上來。
剛出來就看到電擊獸把攻向它的亞斯道館的神奇寶貝全部打倒了，而飛天螳螂也用一字斬打敗了卡茲道館的人。
“哈克龍，就決定是你了，讓我一個人打。”
“你們是什麼人？”亞斯和卡茲道館的館主看到小智、小霞和小剛後問道。
“來阻止你們的人”，小智立刻說道，“哈克龍，最大祈雨加十萬伏特天空模式最後急凍光線。哈克龍頭一升，天空烏雲密布，然後下起了雨，哈克龍對著天空的雷雲使用十萬伏特，十萬伏特進入雷雲後，數百到閃電劈了下來，哈克龍對全場的閃電用了急凍光線，變成冰之閃電，所有寵物都難逃，不到一分鍾，所有神奇寶貝失去戰鬥能力。小智和道館館主收回神奇寶貝，道館館主想逃跑。
“等一下”，這時，出現了一位穿著長長風衣，帶著口罩的人。
“什麼，你是什麼東西”，兩個道館的館主則是說道。
“我就是神奇寶貝聯盟派過來的正義的檢查官，去吧，神奇寶貝球”，這個神秘人則是拿出一個寶貝球後說道。
“是吉利蛋耶，這就表示是喬伊，看到放出的吉利蛋，小智說道。
“沒錯，我的真實身份是喬伊，隻會利用神奇寶貝來打架的人所開的道館是絕對不可能獲得神奇寶貝聯盟正式承認的”，神秘人摘掉偽裝後，露出了真麵目，原來是喬伊小姐。
“怎麼會這樣”，“可不可以請你網開一麵啊”，聽了喬伊小姐的話，兩個人沮喪的說道。
“除非你們又重新再來的決心，怎麼樣？”喬伊小姐微笑著說道。
“當然有了”，他們趕緊表態的說，隨後小智就告訴他們先把毀壞的東西複原。
事情終於結束了，一行三人告別了三個小孩子後離開了黑暗市，又繼續前進了。