載灃主政，做的第二件事情是繼續推動“新政”。
所謂的“新政”是相對於傳統王朝的政策而言的。清朝麵臨著傳統王朝沒有遇到過的問題，一隻腳踏進了近代另一隻腳還踩在古代。一方麵，王朝末世的內憂外患、財政窘迫、權貴無能、政治黑暗，清朝都遇到了；另一方麵，近代的器物、製度、思想乃至社會形態，隨著西方勢力的進入，撲麵而來。後者既是對清朝的嚴峻挑戰，也給清朝提供了碩大的曆史機遇，一個近代化的機遇，一個運用近代資源實現社會進步和王朝長治久安的良機。
八國聯軍用刺刀強迫清廷完全屈服的同時，清廷也在思想上被迫接受了西方壓倒東方的事實，承認西方列強的優越與進步。之前清朝體製內部人士“開眼看世界”也好，洋務運動也好，都是堅持中國文化和製度的優越性，隻是學習西方器物的皮毛。1901年後，中國從上到下都承認了西方的進步是全方麵的進步，要全方位地學習西方的經濟、社會和製度。慈禧太後高調宣布要奉行新政，希望通過向西方學習化解內外矛盾，維持統治。之後，新政在全國鋪開，走得比慈禧太後親手鎮壓的戊戌變法想走的還要遠。
首先是清朝在外交製度和國際法上向西方靠攏——雖然這是被迫的；接著在國內“育才興學”、“整頓中法”、“吸收西法”：奉行千年的重農抑商政策被更改，清廷鼓勵工商業，尤其是近代工商業的發展，製定了專門的商業法律，消除了部分障礙。國內掀起了一股官辦和商辦企業的高潮。1911年，中國的商稅超過了20700萬兩，成為政府財政收入的主要組成部分，可見經濟改革的成效。在教育上，科舉製度於1905年在張之洞和袁世凱的聯合奏請下被廢除，取而代之的是全國推廣的新式教育體製，朝廷還鼓勵留學，對“海歸”人士量才錄用。在社會領域，清廷進行了內政改革，設置巡警，改革司法。原先一本《大清律》囊括一切的局麵被各種專業的法律所分割，並起碼在審判程序上做到公平公正，讓監獄看起來不再像是地獄。
改革，在中國是一件吃力不討好的事情。清政府的最後十年在重重阻難中，取得了不小的成績。一座座近代城市，如上海、天津、廣州、武漢等拔地而起；一座座礦山、工廠、碼頭和車站得到了開發。中國社會出現了些許寬容、自由和發展的空氣。1902年清廷發出上諭，勸誡女子不要纏足。同年開放滿漢通婚的禁令，隨後對漢人開放了原先隻能由滿人擔任的職位，如將軍和都統等。對於滿族人被封固在某地隻能駐防不能從事其他生產的“駐防製度”，清政府也廢除了，授予旗人土地，責令耕種，讓普通旗人們自謀生計。滿人入關後駐防在各地，兩百多年來世代為兵，大多數人連滿語都不會說，和漢人已無區別。清政府破除滿漢隔閡，對緩和社會矛盾大有益處。1906年，清廷下令禁煙，還派出使臣與英國交涉禁止輸入鴉片事宜。1909年，上海召開了萬國禁煙會，中國的禁煙運動得到了國際輿論的普遍同情。在經濟和社會改革快速推進的同時，清朝對傳統的內閣和六部官製進行了改革。雖然袁世凱等人倡導的廢除軍機處，施行責任內閣的主張被慈禧太後否決，但原來的六部被徹底重組，並裁撤了部分中央和地方機構——這在官本位現象嚴重的中國，是一個不小的進步。民政部、度支部、陸軍部、郵傳部、商部等新衙門紛紛成立，以便與新政相適應，也為了進一步推進改革。
難能可貴的是，清政府在社會、經濟改革之後，把變革的矛頭對準核心的權力結構，啟動了政治改革。在一片立憲聲中，1905年清朝大臣滿世界考察憲政，1906年清政府頒發上諭，宣布“預備立憲”。雖然預備立憲的實質內容是“大權統於朝廷，庶政公諸輿論”這句話，而且預備期長達9年，表明最高統治者不願意放棄絕對權力，可畢竟國家權力如何構建、如何製約在神州大地上第一次成為可以討論的話題。很多國民熱烈地參與權力話題的討論。慈禧太後在逝世前的幾個月還頒布了《欽定憲法大綱》，在政治改革道路上邁出了更大的一步。
載灃上台的1908年末，新政事業已經進入到第七個年頭，政治改革也已經開啟了長達3年之久。容易改革的、能改的，都改革得差不多了，剩下的都是硬骨頭。被隱藏的問題和新冒出的問題也都粉墨登場。整個改革進程進入到最為關鍵、也最艱難的階段。