1.2.2.2城鄉分配失衡
城鄉分配製度不合理，明顯是產生城鄉差距的重要原因和重要因素。由於農產品定價偏低，而農業生產資料和工業消費品又定價偏高，長期的工農產品價格“剪刀差”政策無疑拉大了城鄉收入差距。國家在對城市實行價格補貼和企業虧損補貼政策的同時，對農業的補貼相對太低，如1979—2000年國家財政累計用於農業支出9512億元，占總人口2/3的農民從政府所得到的補貼僅相當於政府對城市居民補貼15149億元的63%。長期的10%的農業稅和費用負擔，使城鄉稅負不公平，取消農業稅後，各種合理不合理的費用負擔仍然成為增產難增收的一個重要影響因素。在公共事業上，相對於政府為城市居民提供的較好的公共產品和服務，農村的公共產品和服務卻嚴重短缺，教育、衛生醫療、基礎設施建設、社會保障等方麵都向城市傾斜，城鄉之間在公共事業水平上進而在城鄉發展上的反差十分顯著。從根本上來說，這些都是政府實行“城鄉分治，一國兩策”的城市偏向分配政策造成的（吳光炳，2004）。
1.2.2.3勞動力市場扭曲
勞動力市場的扭曲，即城鄉勞動力市場的分割和城市勞動力市場的封閉，對擴大城鄉差距的影響不容忽視。按照新古典理論，如果人口是可以自由遷移的，那麼人們會自主地從收入低的地區向收入高的地區流動、從資源條件差的地區向資源條件好的地區遷移。這樣，在長時期中各地區的人均收入就會相等。然而，由於我國曆史上形成的行政區劃和戶籍製度，卻人為地阻礙了人口和勞動力在不同地區間的合理流動，使得城鄉出現了兩個不同的勞動力市場、兩種不同的工資率、兩種不同的福利性收入、兩種不同的就業政策，這就造成了城鄉之間的收入差距。眾多的分析都認為，正是由於戶籍製度等體製性障礙，造成改革開放以來許多大中城市直接動用行政手段來限製農民工進入城市就業，或從事較好行業、工種的工作，並且這些障礙至今仍未得到根本破除。這樣，勞動力市場的嚴重扭曲，也就導致了農民轉移的困難和收入增加的困難，使得農民始終難以趕上城市居民的收入水平。
1.2.2.4資本市場扭曲
從資本角度來考察，農產品價格和農業比較經濟效益長期低下，農民收入除維持簡單再生產之外難於實現資本積累和資本投入，也就難於獲取資本收益。而在商品和市場經濟條件下，資本的收益是遠大於勞動收入的，如果農民獲有資本收益，包括這資本收益在內的農民人均純收入就會大大縮小與城市居民人均收入之間的差距。而且，由於分配製度和政策取向的關係，造成的資本市場的扭曲對城鄉差距擴大的影響更嚴重。這種扭曲，就是長時期包括改革開放以來資本都集中和流向了城市。如國家財政支出用於農業的比重1978年是13.4%，以後逐年下降到2001年僅為7.7%。農村信貸，其規模雖有所增加，但投資非農化趨勢嚴重，對農業投資比重日趨下降，其中農戶所獲貸款總數大體隻占本身存款的1/4，其餘的都主要流向了城市和非農產業。資本市場將農業剩餘和農村資金引向城市，一方麵農村資金淨外流必然抑製農村經濟發展，削弱農民收入增長；另一方麵，對城市的投資集中必然又會加快城市產業擴張和技術進步，推進城市經濟社會發展和提高城市居民收入水平，從而進一步擴大城市居民與農民的收入差距。
1.2.2.5城鄉科技發展失衡
相對於城市，農村科技投入和科技發展嚴重不足。城鄉產業的技術構成和資本有機構成的差距極大，城鄉產業的技術進步和分割的差距與對立顯著，加上農村勞動力大量被滯留在農村，致使農業長期停留在傳統農業生產水平上，農業勞動生產率十分低下。據統計，農業的勞動生產率僅相當於第二產業的12%～13%、非農產業的16%～26%。而研究表明，農業科技進步從而農業勞動生產率的變化與城鄉收入差距的變化恰好相反，即農業相對勞動生產率上升時，城鄉相對收入差距縮小；反之，差距擴大。所以，城鄉科技發展失衡是造成城鄉差距擴大的一個重要因素。