由於形勢緊急，康熙決定親征噶爾丹。公元l690年，康熙分兵兩路：左路由撫遠大將軍福全率領，出古北口；右路由安北大將軍常寧率領，出喜峰口，康熙親自帶兵在後麵指揮。右路清軍先接觸到噶爾丹軍，吃了敗仗。噶爾丹長驅直人，一直打到離北京隻有七百裏的烏蘭布通(今內蒙古昭烏達盟克什克騰旗)。康熙命令左軍統帥福全反擊。叛軍被殺得七零八落，紛紛丟了營寨逃走。噶爾丹一看形勢不利，帶了殘兵逃到漠北去了。
公元l694年，康熙約噶爾丹會見，訂立盟約。噶爾丹不但不來，還暗地派人到漠南煽動叛亂。他揚言他們已經向沙俄政府借到鳥槍兵六萬，將大舉進攻。
公元l696年，康熙第二次親征，分三路出擊：黑龍江將軍薩布素從東路進兵；大將軍費揚古率陝西、甘肅的兵，從西路出兵，截擊噶爾丹的後路；康熙親自帶中路軍，從獨石口出發。三路大軍約定時期夾攻。
康熙的中路軍到了科圖，遇到了敵軍前鋒，但東西兩路還沒有到達。這時候，有人傳說沙俄將要出兵幫助噶爾丹，隨行的一些大臣勸康熙班師回北京。康熙氣憤地說：“朕這次出征，沒有見到叛賊就退兵，怎麼向天下人交代?”當下，康熙決定繼續進兵克魯倫河，並且派使者去見噶爾丹，告訴他康熙親征的消息。噶爾丹在山頭一望，見到康熙黃旗飄揚，軍容整齊，連夜拔營撤退。
康熙一麵派兵追擊，一麵趕快通知西路軍大將費揚古，要他們在半路上截擊。噶爾丹帶兵奔走了五天五夜，到了昭莫多(在今蒙古人民共和國烏蘭巴托東南)正好遇到費揚古軍。最終叛軍死的死，降的降，噶爾丹隻帶了幾十名騎兵脫逃。
經過兩次大戰，噶爾丹叛亂集團土崩瓦解。康熙要噶爾丹投降，但是噶爾丹仍然繼續頑抗。隔了一年，康熙又帶兵渡過黃河親征。這時候，噶爾丹原來的根據地伊犁已經被他侄幾策妄阿那布坦占領；他的左右親信聽說清軍來到，也紛紛投降，願意做清軍的向導。噶爾丹
走投無路，隻得服毒自殺。
清政府重新控製了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當地蒙古貴族各種封號和官職。清政府又在烏裏雅蘇台設立將軍，統轄漠北蒙古。
後來，噶爾丹的侄子策妄阿那布坦攻占西藏。公元l720年，康熙又派兵遠征西藏，驅逐了策妄阿那布坦，護送達賴喇嘛六世進藏。清政府又在拉薩設置駐藏大臣，代表中央政府同達賴、班禪共同管理西藏。
皇權的進一步加強
滿清皇權到了康熙時期有了進一步的加強。居《清聖祖實錄》記載，康熙帝認為：“天下大權當統於一”，“天下大小事務，皆朕一身親理，無可旁貸。若將要務分任於人，則斷不可行”。
為此，康熙帝通過各種手段、措施，對滿洲貴族的權力進行來了限製，例如剝奪了各旗王公幹預旗務的權力，破除了“軍功勳舊諸王”統兵征伐的傳統，削弱了議政王大臣會議的政治影響，等等。與此同時，康熙親自控製用人、獎懲的權，大臣不得幹預；設立密奏製度，以便於廣泛體察下情。之後這種統治方式在雍正、乾隆二帝時期得到了繼承和發展，並為清朝之後的皇帝所沿用。
清朝農業的發展
清朝的曆代皇帝都十分重視農業生產，清朝入關以後，就仿效曆代帝王，在京南設立了先農壇，把祭先農神列為國家中祀之一。同時，在先農壇東南還開辟一畝農田，叫做稽田，專供皇帝每年春天到這裏來行耕糟禮。
在清朝的十二位皇帝中，如果論重視農業生產，並將其付諸實踐，可以說做的最好的是康熙皇帝。康熙並沒有像以往的皇帝那樣，把重農僅僅體現在每年春天的耕糟禮上，而是切切實實地對某些植物、土壤及栽培技術進行了調查研究，並做了一些有效的試驗。
據記載，康熙研究考察過的植物多達二十幾種，如黑龍江麥、禦稻、吐魯番西瓜、櫻額果、葡萄、果單、菱角、楊柳、楓樹、竹子等。他對這些植物的產地、生長期及根、莖、葉、花、果的性能、用途、味道等等，都做過較深入的考察。
在康熙考察過的二十多種植物中，他親自試種過的有十來種，如稻麥、人參、花木等。康熙南巡時，十分喜愛江南的香稻和菱角，他便帶了一些種子回京試種。結果沒有收獲，試種失敗了。他總結失敗的教訓，才悟出種莊稼不能生搬硬套，“南方雖有霜雪，然地氣溫高，無損於田苗。……南北地氣不同，節候各異”。以後康熙又留心改良土壤，提高地溫水溫，終於使他的栽培試驗取得了成功。
在康熙進行的若幹種栽培試驗中，最有成效的是禦稻的培育。康熙花費了近二十年的時間試種禦稻，到晚年時，還曾命江寧織造曹寅、蘇州織造李煦在江寧、蘇州等地進行過推廣。據史書記載，禦稻第一季畝產在四石左右，與當時蘇州稻田的畝產量接近，第二季畝產量一般都在二石至二石五鬥，兩季加起來，比原來就增長了五成左右，所以受到當地百姓的歡迎。禦稻在江南曾流行過一段時期，但當時還沒有解決在一塊土地上不倒茬、連種的種種弊端，同時農民也缺乏長期栽種雙季稻的積極性，禦稻慢慢地就絕跡，。