凱莎看到後留意，並且為了讓主角不老去怡紅院，故而讓其去超神學院任職。
主角無奈的前去了。
在這個過程中，基蘭察覺到了虛空並且開始研發三大造神基因，主角記筆記，三大造神基因的出現或許是一個新的側重點，故而凱莎看到了，插入了一腿，選擇了神河之力，並且植入了天使基因，以主角為基準，升級男性天使的基因（為以後主角打造男性天使軍團坐鋪墊）
在接下來，主角分析以及三角體獸體神河體之間的矛盾，以及第一次神河文明的形體戰爭，預見可能會出現神河文明談論第二次大規模的形體戰爭。
凱莎對主角分析局勢的能力存疑，果不其然，基蘭開始主導讓天使引導已知宇宙，權衡之下，天使配合神河文明發動了形體戰爭。
形體戰爭以天使數量多勝利，這一戰爭也讓天使出現了全民皆兵的不良狀態。
（17000年）
形體戰爭之後，鶴熙心累隱退研究科技，而涼冰也研究更高級的科技進入超神學院當導師，雙雙卸任雙翼，凱莎進入一人為主，進入強權時代，製定正義秩序。
主角在日記中分析正義秩序的弊端，以及天使全民皆兵的弊端，凱莎看到日記來問主角你覺得正義秩序怎麼樣，以及什麼樣的秩序合適已知宇宙，主角回答是承上啟下，兼強固弱，順其自然。
凱莎覺得順其自然會更加混亂，產生分歧（後麵凱莎漸漸認為主角是對的。）
緊接著涼冰進入超神學院研發時空基因與卡爾，而凱莎在虛空問題上否定超神學院的學說，並且憤怒於神河文明給天使帶來的傷害（全民皆兵）於是將超神學院驅逐。
而涼冰也逐漸的與凱莎有了意見衝突，不光是在虛空，更是在管理秩序上，然後涼冰開始偷偷摸摸研究她所想的秩序。m.X520xs.Com
主角寫日記說涼冰並不會是一個輕易放棄的人，勢必會跟凱莎決裂，凱莎看到後也是這麼覺得的，但是因為對妹妹的情感並沒有采取強製措施。
涼冰建立了坤薩，而主角也在日記上寫了，可惜凱莎當時不以為然，以為涼冰的勢力滲透不進來。
可惜...
最終涼冰跟凱莎決裂，囚禁了涼冰，通了凱莎刀子，主角在大殿中擁抱凱莎安撫，並且說曖昧的話。
涼冰叛逃，要打戰爭。
第一次第二次第三次戰爭。
主角也因涼冰的離開，被迫挑選部下，改良男性天使基因，建立自己的小隊，凱莎知道天使文明不可能一直都是女天使，故而搞了這出。
在這之間，基蘭帶著卡爾去德諾文明建立了超神學院，而後消失，聽到這個消息的主角繼續記筆記，當沒了統治者，旗下的文明勢必會因猜忌論引發內戰，並且記錄這跟天使有什麼關係呢？
不過那個德諾的內戰產生的弑神武器倒是不錯，暗能量的驅動也很不錯。
凱莎看到日記後，讓主角前去幹預，德諾狂的一批，最終被主角教育，雙王外加上烈陽的人全部要抓天使文明。而這時，烈陽魚死網破，炸了恒星，主角溜了。
主角回來，凱莎先問的是有沒有受傷。
基蘭來了，開始了新的一輪布局。
主角裝作不知道，在日記中繼續記載，超神學院的三大造神基因絕對不會這麼完蛋，基蘭肯定會選擇新的地點複興這個工程。
這讓凱莎留意。
而後天使惡魔繼續戰爭，天使彥出現成了主角的小師妹，主角養成係了，而後成了凱莎的左翼。
在之後，進入地球篇...
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