袁方道：“你們先秘密地組建軍隊，先不要張揚出去，等到時機成熟，你們再打旗號來，聽從我的號令。”
為了便於統一指揮軍隊，袁方把自己所掌握的軍隊編排了序列，並將這一命令讓盧象升和汪喬年帶到河南去。
袁方給軍隊正式的番號：
左良玉編為第一路軍；
趙率教編為第二路軍；
朱梅編為第三路軍；
滿桂編為第四路軍；
曹文詔編為第五路軍；
吳興達編為第六路軍；
郝搖旗編為第七路軍；
沈智編為第八路軍；
盧象升編為第九路軍；
汪喬年編為第十路軍。
這十路人馬共有兵力一百五十萬，左良玉的第一路軍的兵力最強，有精兵二十萬，其餘幾路十至十五萬不等。
袁方知道，現在的朱由檢在京城已是熱鍋上的螞蟻，自己作為南京兵部尚書是絕不會領兵北山勤王的，因為朱由檢這樣的人是不值得去保的，他正等著朱由檢上吊，自己好運籌帷幄，開創一個新的華夏。
南京的部隊在去年的一年中都在悄悄地擴兵，現在袁方能夠掌握的標營和大勝關、龍江關等部的兵力，已經有十五萬之多，如果加上兩廣的人馬，至少超過二十五萬。
但是，兩廣的軍隊他不打算動用，他們是水軍居多，擔負著國防的任務。自從王征上任兩廣總督之後，他聽從了袁方的建議，對兩廣水軍進行了重大的調整，並加大了投入，對戰船進行了更新換代，特別重視火力的加強。
因為袁方在任兩廣總督期間，在魏忠賢的支持下大力地推動了稅收的改製，並加強了對番人的稅收政策，等到王征上任的時候，已是大見成效，每年多少了銀子一千五百萬兩，這些收入報到袁方這裏，袁方就壓了下來，沒有往朱由檢那裏報，讓王征留下這些銀子發展軍事。WwW.com
袁方這邊也沒有收王征的錢，因為隻要王征把錢交到南京來，京城的戶部就一定會知道，這筆錢就讓王征隱瞞了下來。
南京的軍隊暫時沒有命名，但是卻建立起了司令部，袁方自任總司令，葉廷桂為副總司令兼標營總兵官，秦羽明為神機營總兵官。
司令部下設了一個兵械所、一個後勤處，一個督導處，一個訓導處。
袁方調華允誠兼任兵械所所長一職，他又派出了一直跟在自己身邊的宋獻策來出任後勤處處長一職，把杜應芳從左良玉那裏調回來擔任督導處主任一職，又把練兵有方的王輔從龍江關調回來擔任訓導處主任一職。
兵械所負責管理軍隊的裝備配置，後勤處專管錢糧，督導處總管部隊的政治思想教育，訓導處專管部隊的訓練和新兵的調配。
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