把卜加勞炮廠的事情安頓下來後，袁方就把建設炮廠後續的所有事項都交給了工部尚書王良逸去辦。
他現在作為天下兵馬大元帥、朝廷的首輔，每天都有很多的折子需要他批閱，為了便於自己處理公務，他又設立了兩個辦公機構，一個是處理軍務的軍機處，一個是處理事務的秘書處。
有了這兩個機構，所有的折子先送這兩個機構處理，然後再呈送袁方，這樣，袁方就不必整天去批閱各地送來的折子了。
軍機處就是袁方的司令部，軍機處主任是葉廷桂，副主任是秦羽明。
秘書處是翰林院的文人組建的，其辦公地點就在司禮監裏麵，廢除太監以後，司禮監就空出來了，袁方本想保留司禮監的名稱，文人們不幹了，“不行不行，我們這這裏辦事，還叫司禮監，我們不成太監了嗎？”
於是袁方給司禮監改了一個後現代的名稱，叫秘書處，秘書處的主任是翰林院掌院、貴為太傅的陳演。
雖然設立軍機處和秘書處，但是每天來袁方這裏發表“治國方略”的人也不在少數，這些人大多都是吃飽飯沒事幹的言官。
這一天，袁方正在兵部大堂與百官議政，誠意伯劉孔昭進言：“給事中光時亨力阻南遷，致先帝身殞社稷，而身先從賊，為大逆之尤，罪當誅。”
這個光時亨雖然隻是個小小的給事中，但他對明末崇禎朝的走向，甚至滅亡卻起了至關重要的作用。光時亨在李自成攻陷大同後，力阻朱由檢南遷，堅決主張固守京城，直接導致朱由檢吊死在煤山，更可恨的是，這位言官在城破之後，就投降了李自成，在李自成那裏混不下了又跑回南京。
對於劉孔昭的提議袁方當然是支持的，立判光時亨、周鍾、武愫三人斬立決。
緊接著，劉孔昭又進言：“首輔大人，現在實行新政，必須要有嚴格的監督製度方可服人，因此，我有三條建議，請首輔大人認真考慮。一、吏部用人，必勳臣商確；二、各部行政，必勳臣麵定；三、呈上圖治，必勳臣召對。”
袁方道：“我們現在一直都是這樣做的，你可以詢問英國公。”
英國公張之極就坐在袁方的身邊，他點頭證實：“首輔大人所言為實，各部行政我都參與麵定，召對之事乃國之大事，誠意伯就不必操心了！”
張之極位列三公，此時的地位可比劉孔昭高出許多，張之極都發話了，劉孔昭也就不敢再多言。
此時，吏科給事中章正宸上前說道：“首輔大人，用人當人盡其才，不可以門派取人。錢謙益早在天啟年間就是翰林院編修，因受魏忠賢排擠而革職回鄉。崇禎元年複職，官至禮部侍郎，是一位不可多得的人才。我就要問一聲首輔大人，現在正是用人之際，為何不起用錢大人入朝為官？”
袁方反問：“他可有定策之功？”
錢謙益是擁立潞王朱常淓的主要策劃人，現在是朱常潤上位，他錢謙益何功之有？
章正宸無言以對，灰溜溜地退了下去。