在另一個世界，一個被稱為創世神的東西突然感到不妙，它預測到了未來的災難……
而在我們的世界裏，也發生了一個奇怪的事情……
小楓是一個神奇寶貝的骨灰級粉絲,家裏的一切全部都是神奇寶貝的形狀.這天,他在和自己的朋友玩雙機的神奇寶貝遊戲,卻不知怎得,靈光一閃,消失在了屋中.
“小楓!小楓!”他的朋友大叫著小楓的名字.
“小崗，我現在不知到在哪裏，不過可能是再也回不去了吧？所以你不要喊了……”被稱為小崗的孩子聽到這些話大驚，小楓又不在身旁，話是從哪裏出來的？
“小崗，你聽我說，我好像突然間會了心靈感應，不過對不起了，可能永遠也無法再和你用電腦戰鬥了……你見到我的家人，就告訴他們，小楓突然失蹤了，不過在走時告訴你他沒事，順便把這封信給他們……”
小崗心中大震，喊到：“小楓，一定要快點回來，我等著和你打完這一局！”畢竟失蹤了，再也不存在了和死亡別無差距，小崗還受不了這個巨大的衝擊。
“那麼，拜拜。”小楓卻是如此淡然，因為他已經知道了無法改變，那麼，還不如就這樣挺好。
白光散去，隻留下呆呆望著前方的小崗。
小楓來到了一個滿山都是紅葉的地方，他遙遙頭，往前走去。
一隻毛茸茸的東西從小楓麵前跑了過去，小楓一看，竟是一隻依布！再往前走一朵巨大的花又從小楓的眼前走過，是妙娃花！小楓眨眨眼睛，一臉不可思議的望著早已離開的妙娃花和依布的背影，喃喃道：“這裏，難道是神奇寶貝世界？”
這時，一隻巨大的鳥飛了過來，小楓定睛一看，居然是鳳凰！！
“你好呀，世界的守護者。”鳳凰用心靈感應對小楓說。“你是，鳳凰？”小楓望著眼前的巨鳥，一時間竟然說不出話來。
“等等，你剛剛叫我世界的守護者？怎麼會事？”總算是恢複了語言能力的小楓問鳳凰。
“我就不和你多說了，自己去想吧，再見嘍！”鳳凰用心靈感應說道。
一個粉色的旋渦出現在了小楓麵前，把他卷了進去。小楓暈了過去，醒來時發現自己居然躺在一張床上。
“這，是在哪裏？”小楓疑惑的說。“哦，原來你已經醒來了呀！”房門被打開了，走過來了一個中年男士。
“你是，神奇寶貝研究家，有名的大木博士！”小楓驚訝的喊到。“看來我還真是出名呀，哈哈哈哈！”大木博士大笑著說，小楓心想，給你點陽光你就燦爛……
“對了，你怎麼會暈倒在森林裏呀？”大木博士終於說了一句正經話。“呃……對於這一點我也不太清楚，而且，我好像失意了呀。”小楓隻好這樣說，他總不能告訴大木博士自己是穿越過來的吧？
“這樣啊，那麼就暫時先住下吧，對了，你叫什麼名字？”“我叫小楓。”“哦，好，你就先休息一下吧。”說著，大木博士走了出去。
大木博士剛走，小楓就坐了起來，隨即便從窗口跳了出去。小楓走進了樹林，大喊：“喂！鳳凰，這是怎麼一會事呀！”
等了一會兒，鳳凰真的出現在了小楓麵前。“不要慌張，你要適應這裏，成為這個世界的主角！這個，是給你的禮物，拜拜！”鳳凰扔給小楓一個神奇寶貝球，便消失了。
小楓回到了大木研究所，大木博士看到了他，說：“你跑到哪裏去了？我找了半天都沒找到你。”
“哦，對不起，我去了叢林裏，找到了我遺落在那裏的神奇寶貝球。”小楓再一次撒了謊。“哦？那麼是什麼神奇寶貝呀？”“這個……”小楓一時語塞，因為他還沒有打開寶貝球。“到底是什麼神奇寶貝呀？”大木博士追問到。