1901年11月李鴻章去世。慈禧太後於當月擢袁世凱署理直隸總督兼北洋大臣，第二年得以實授，兼任政務處參預政務大臣和練兵大臣，在保定編練北洋常備軍（簡稱北洋軍）。以後，袁世凱又陸續兼任欽差大臣、商務大臣、政務大臣、練兵大臣、學務大臣、電政大臣、鐵路大臣等13個大臣的職務，並賞加“太子少保”的榮譽銜，因此人稱“袁宮保”。
此時袁世凱的勢力已從軍事方麵擴展到政治、經濟、教育等多個領域，尤其1905年北洋六鎮建成，全軍兵力達7萬，形成了龐大的北洋軍閥集團，袁世凱的權勢已遠遠超過當年的李鴻章。
擁兵自重，位及“共和”總統
常言說，物極必反，袁世凱完全沒有想到，當他仕途通達、如日中天的時候，頃刻間會從天上掉到地下。
1908年11月14日、15日，光緒帝和慈禧太後先後駕崩，年僅3歲的溥儀繼位，由其父醇親王載灃攝政，而載灃正是光緒的弟弟。
關於光緒帝的死因，曆來眾說紛紜。而光緒死前曾服下大量砒霜，是經過現代科學手段所證實的。是誰毒死了光緒？一說是慈禧，一說是袁世凱。當時袁世凱身為軍機大臣，主掌北洋軍，是完全有這個條件謀害皇帝的。據溥儀的回憶錄《我的前半生》中記載，說慈禧太後臨終前一天，本來“上午還好好的光緒皇帝，吃了一劑藥便突然壞了事，後來才知道，那一劑藥是袁世凱送進來的”。
有人說光緒留下一道遺詔，寫了一個“斬”字，後麵的“袁”字隻寫了一半；有人說光緒死前告訴皇後隆裕：“殺我的是袁世凱”；並說光緒在臨終前，囑咐載灃誅殺袁世凱，為自己報仇。這些雖未被證實，但光緒對袁世凱的恨之入骨是不容置疑的。正因為如此，當載灃晉封為攝政王之後，袁世凱便覺察到形勢對他十分不利，不由得驚恐萬分，其黨羽也都因此惴惴不安。
載灃的確想替哥哥報仇，而他要除掉袁世凱更重要的原因，是袁世凱的勢力已經到了不可控製的程度。載灃政治上並不糊塗，隻是優柔寡斷，無統禦之才，因此問計於奕、張之洞等朝廷重臣，遭到兩人的反對。奕與張之洞認為，袁世凱手握重兵，朝廷內外各方麵奧援頗多，又值太後剛剛去世，南方革命黨活動頻繁之際，萬一引發兵變局勢難以控製。
正猶豫間，段祺瑞已借故北京南苑“兵變”，帶著洋槍洋炮從保定跑到北京城腳下，“名正言順”地開炮彈壓了。轟隆隆的炮聲震得滿族親貴們心驚膽戰，朝廷裏頓時亂作一團，都說段祺瑞醉翁之意不在酒，怕是專程為袁世凱而來。載灃急忙做出讓步，以袁世凱患“足疾”為由，解除其本兼各職，一紙詔書將其開缺回籍。
(本章完)