蔣介石的唁電稱：“老夫子令德考終，薄海永悼。”
吳佩孚的唁電稱：“追念師門恩義，感涕難忘，遙望海天，悲痛不已。”
南京國民政府本想將段祺瑞安葬在南京，但段祺瑞由於一生事業都在北方，臨終前特意叮囑兒子段宏業，死後一定將他葬於北平，最好葬於西山。按照段祺瑞的遺囑，其靈柩於12月7日由上海啟程，運往北平，暫厝於西山臥佛寺，等候段宏業請人卜地建墓後入土為安。然而這一等就是半年多，所看中的土地，不是風水不佳，便是地主不願出讓。1937年北平淪陷後，日軍強征臥佛寺，迫使段宏業將段祺瑞的靈柩移出，匆匆埋葬於西郊其三叔段子猷墓旁的一小塊空地上，倉促地舉行了葬禮。所有送葬之人，見段祺瑞被如此“隨意”地安葬，無不感到悲痛。
直到1963年秋，段祺瑞的侄子段宏綱及章士釗才將段祺瑞移葬西郊萬安公墓，章士釗在墓碑上題寫了：“合肥段公芝泉之墓。”
曆史評說
在很多人的眼中，段祺瑞作為北洋時期皖係軍閥的首領，作為魯迅先生《紀念劉和珍》一文中被鞭撻的對象，一定是獨裁、腐敗的，實際上，段祺瑞一生中可圈可點之處頗多。
段祺瑞一生中“三造共和”功不可沒。1911年，段祺瑞率前線北洋將領46人聯名致電清政府籲請清帝退位；袁世凱蓄意稱帝時，段祺瑞不惜惹怒袁世凱，以致不斷被貶被黜，仍然堅決反對帝製；1917年張勳複辟，段祺瑞率兵討伐，使複辟破產。但我們也要看到，段祺瑞“三造共和”的目的是為自己爭權，在推翻袁世凱和張勳複辟帝製後，仍實行獨裁統治，實際是換湯不換藥。
段祺瑞雖然親日，並且多次同日本秘密簽訂借款合同，但在日本請他出麵建立偽政權時，他態度堅決，絕不落水做漢奸。在這一點上可以看出，段祺瑞是愛國的，他的親日是有底線的。
段祺瑞一生中最大的爭議，莫過於“製造”“三一八”慘案，說他“製造”並不公允，因為當時他在家中養病，不在執政府，並非他直接下令槍殺遊行示威者。但作為執政，他負有無法推卸的責任。段祺瑞在得知慘案發生後，曾麵對死者長跪不起，並立誓終身食素以贖罪，而這個誓言，在他病危時醫生一再勸他開葷增加營養，他都不曾動搖，直到去世。
段祺瑞性格耿直，為人坦誠，不逢迎，不諂媚，雖脾氣暴躁，但心地善良，尤以為官清廉而聞名，素有“六不總理”之稱，即不貪汙肥己，不賣官鬻爵，不抽大煙，不酗酒，不嫖娼，不賭錢，一生沒有購置房產，死後沒有餘財，盡顯其人格魅力，這對於一個多年處於舊中國政權巔峰的官員來說，實屬不易。
(本章完)