尼采為什麼要批判形而上學？因為形而上學具有“否定世俗、敵視生活、不相信感官、放棄性欲”的病態傾向，簡言之，敵視身體摧殘生命。在尼采的考察範圍中，敵視身體摧殘生命的價值體係有哪些？也就是說，與形而上學有緊密關聯的價值體係是哪些？斯科特?拉什在《譜係學與身體：福柯/德勒茲/尼采》一文中指出：“摧毀生命的價值體係會是道德的、認識的（cognitive）或是美學的。”譜係學方法，正是要斬斷形而上學與這些領域的關係，而尼采譜係學的幅員，也正集中在這三個領域中注意，此處隻點明了尼采譜係學的幅員，並沒有說譜係學的幅員隻限於這三個領域，事實上，譜係學經過百年發展，已經具有更為廣闊的幅員領域，包括大衛?霍伊闡釋學譜係學、茱迪斯?巴特勒的性別譜係學、吉爾?德勒茲的精神分析譜係學等等，蔚然成為廣闊的譜係學幅員體係。尼采的《論道德的譜係》一書，是以基督教道德為主題進行的譜係考察，在這種譜係考察中，同時涉及到美學與認識（哲學）的領域；而其後如《偶像的黃昏》、《反基督》、《瓦格納事件》等等作品，也都以非體係化的形式繼續對這三個領域展開了考察和批判。尼采的譜係學因而可以細分為道德譜係學、哲學（認識）譜係學和美學譜係學三個類型。
1、道德譜係學
《論道德的譜係》是在《善惡的彼岸》的基礎上寫成的，用尼采自己的話來說，是“對我上一本書《善惡之彼岸》進行補充和澄清的續篇”。“善惡的彼岸”的另一種翻法是“超善惡”，從這個書名上看，似乎尼采采取了一種非道德的立場；事實不然，“善惡之彼岸”實際上指的是“彼岸”（基督教）的彼岸，也即此岸，我們這個世界；“超善惡”並非是指非善惡或無善惡，而是指超越形而上學的、基督教的善惡觀，也即反對“上帝”或者別的什麼“自在的善”的起源。道德譜係學，正是從身體出發，試圖用生理-心理學以及曆史人類學等等透視方法，批判形而上學的善惡觀。從結構上看，該書分為四部分，第一部分為前言，交代了寫作目的，“我對我們的道德偏見的起源的思考”。剩下的三個部分構成正文三章，分別是：“善與惡，好與壞”，即將基督教善惡觀的起源追溯到“怨恨”心理的產生；“‘罪孽’、‘內疚’及其他”，以基督教道德心理機製——“內疚”意識為考察重點；“禁欲主義理念意味著什麼”，將禁欲主義理念與形而上學思想的核心——求真之誌聯係起來，並從道德領域溢出，考察了認識（哲學及科學）和美學等領域當然，在《論道德的譜係》一書中，涉及到審美和認識領域的內容並不多；在後期其他作品如《偶像的黃昏》、《瓦格納事件》等作品中，這兩個領域的考察得到了進一步的展開。。對應這三章，尼采道德譜係學的三個關鍵詞分別是：“怨恨”、“內疚”和“禁欲主義”。
基督教的善惡觀其源頭是“上帝”，而這種永恒不變的善惡理念建立在對“無私”行為的讚頌上。“善”及“善行”就是無私，最大的“善”是肯為人類犧牲（道成肉身，第二位格的耶穌）的上帝。英國的道德譜係學家反對基督教這種無私善惡觀，將善惡的起源追溯到“功利”和“有益”，簡單地說，因為無私的行為可以獲得更大的利益，收獲來自他人的認同和好感，因此就是不再是“無私”的；尼采反對英國道德譜係學家（如李和斯賓塞）的這種認識，因為這種認識仍然停留在簡單的心理學層麵上繞圈圈，沒有深入到曆史和生理的層麵去看問題。他認為“善”、“惡”實際上是基督徒（及更早的猶太人）發明的東西，這些基督徒是身體上和階層（主要指政治經濟等社會階層方麵）上的弱者，他們對強者的剝削和掠奪產生了強烈的怨恨；這些怨恨無法向強者外泄，隻能積留在心中；就像酒精發酵後產生醋一樣，久而久之怨恨開始富有創造性；這種創造性一方麵表現在主體的發明（如前述），另一方麵表現在將道德行為的界定與受惠者（他們自己）聯係起來，對他們不利的是“惡”及“惡人”，而“善”由“惡”派生出來並歸屬軟弱者自己；“善”“惡”的發明掩蓋了道德的另一個來源，這個來源被稱作“好”“壞”。
尼采通過詞源學考察將“好”“壞”與階層及身體兩方麵都更為高貴的人群聯係在一起，而這兩個詞正是更高等級的人自我肯定的用語：也就是說，第一，“好”、“壞”這對範疇比“善”、“惡”這對範疇出現得更早；第二，與“善”、“惡”這對範疇相比，“好”、“壞”和“更高等級的人”聯係更加緊密。在心理機製上，“好”“壞”的言說者通過“好”表示自我肯定，表示“距離的激情”，即與他者拉開距離，“壞”隻是一個派生概念，“是次級創造，是附帶東西和補充色調”；而“惡”卻是一個“炮製無限仇恨的器皿”，“是原型，是起源，是奴隸道德的一種真正創造活動”在奴隸道德處，“惡人”首先指向了“更高等級的人”，而與之相對的“善”則歸屬於奴隸自身，“善”成了“惡”的派生品。自我肯定的“好”派生出對他者的否定“壞”，否定他者的“惡”派生出自我肯定的“善”，這就是兩種道德觀在心理機製上的區別。在生理條件上，“好”“壞”往往是“武士階層”或“騎士貴族”的價值判斷，其生理前提是“強壯有力的體魄，情感豪放的健康，以及保持體魄健康為條件的戰爭、冒險、狩獵、舞蹈、競賽和所有包括強壯、自由、快樂的行為。”健康的身體誕生出健康的道德心理機製；而“善”“惡”則往往是屬於對立的僧侶階層的價值判斷方式，“某種不健康的東西從一開始就存在於這些僧侶貴族之中，存在於支配這些不健康東西、遠離行動的、部分為冥思苦想、部分為情感爆發的習慣中，其結果是所有時代的僧侶們幾乎都不可避免的染上腸道疾病和神經衰弱症。”作為“生理學家”的尼采開列了造成衰弱身體的原因：禁欲、素食、齋戒、沙漠苦行、形而上學（逃避行動的沉思冥想）等等，正是這類病態的身體造就了病態的道德心理。尼采視形而上學的基督教善惡觀為奴隸道德的標誌，而“好壞”作為自我肯定的道德屬於主人道德的標誌。因此，他否定了“善”、“惡”作為道德起源的固定點，尋找到了一個差異性的來源即自我肯定的“好”、“壞”，用“來源”的差異取代了“起源”的穩固，否定了形而上學的道德觀念。
“內疚”則是在“怨恨”基礎上進一步發展而成的基督教道德心理機製。尼采考察“內疚”之前先通過曆史人類學的方式澄清了他那個時代的一個謬見，即內疚源自刑罰，刑罰的目的是使罪犯感到內疚，觸動罪犯的那形而上學的道德良知；在尼采看來刑罰有多種多樣的目的和意義，但起源與目的無關，終極因和起始因無關；刑罰的起源是“欠債”，這點在非基督教的道德語境中（如我們）是相當容易理解的；內疚並非來自刑罰，而是隨著國家及其暴力機構的建立，“一切不向外傾瀉的本能都轉向內在”，內在化“滋生”了“靈魂”，以及對“靈魂”的自虐式折磨和欣賞；內疚正起源於此處，“無私”的價值觀則以內疚這種心理機製為先決條件——那些“沒有自我、否定自我、犧牲自我”的人，即無私的人的嗜好正源自對自我的殘忍，源自力量的內轉，源自內疚。“內疚”心理達到最極端的條件是基督教上帝的誕生，尼采通過曆史人類學的方式考察了“上帝”觀念的起源：基督教一神論的“上帝”的源頭是史前人類與祖先的關係，史前人與祖先存在著象征交換關係（通過祭祀保證後代福祉），是一種債務關係；祖先演化成各種個樣的神靈，神靈與人的關係也依然是象征交換關係和債務關係，比如希臘諸神的存在是為了肯定人的現世生活，希臘人的祭祀活動是為了獲得這種肯定；基督教的上帝則相反，他雖然也來自於這類關係，但人欠上帝的債務卻要通過對自身本能和對肉身的否定來償清；在肉體和心靈的兩個層麵上自我折磨（原罪的償清）被視作是通達天國的路徑，以最高存在者——上帝來譴責和貶低自己，內疚意識於是達到了最極端的形式。