“如果也像第二批黃金能超出百分之五到十的話，那麼第一批的260萬兩就是要多出10萬到20萬兩；即使是點零頭，價值也不菲，在台灣進了誰的口袋呢？這當然是央行與台灣銀行內部的事了。在海外，知道有些財經界的子女在國外開銀行、做銀行家，很令人羨慕。當然他們這第二代都是靠自己努力成功的，希望他們都能問心無愧，錢不是來自他們的父兄輩，沒拿中國‘人民的血汗錢’！”
在吳嵩慶將央行這筆“糊塗賬”報告給蔣介石之後，蔣介石不得不重新對這99萬兩黃金重新調整分配。事見6月12日吳嵩慶日記：
“晨偕陸襄理抵台，即晚乘車同往高雄，呈（老先生）劉、郭報告，做最後之決定。大意即：
（1）渝（重慶）、築（貴陽）、穗（廣州）款43萬（兩）仍在廈；
（2）陝（胡宗南部及新疆、甘肅）、港款運台暫存（按：約40萬兩，其中原來15萬兩用在香港，後減為5萬兩，見吳嵩慶6月5日的日記）；
（3）餘15萬兩交聯勤（財務署），其中8萬餘為糧款，6萬餘為（台區）經費。
“餘即請求下午機還廈門，當晚到達，連夜辦公事，次日再辦一天，任務告一段落。”
此處需要說明的是，陝、港款沒提總共多少，估計是40萬兩，其他兩項共58萬兩。港款原是15萬兩，陝款則為25萬兩應非高估，是給胡宗南集團軍（有30萬人以上）、新疆陶峙嶽及寧夏“馬家軍”的。胡宗南此時正準備會同寧夏的馬鴻逵、馬步芳發動“關中會戰”，企圖收複西安。在1949年夏，胡部是蔣總裁的王牌，每月四五萬兩黃金，共半年預算。後來不幸最後的5萬兩於12月6日由台北空運到成都後，不到半個月，胡部已幾被全殲。
此處更要留意的是，雖然已經“分配完畢”，但這近100萬兩黃金還是在財務署保管中，主要用在6—8月的軍費。港款，從15萬減為5萬兩，大概是供在香港采購軍用物資用的。10月中廣州解放，財務署收支司司長董德成，曆盡艱辛，曾輾轉由三灶島經澳門到香港，提出財務署存中國銀行的20萬港幣，放在手提箱裏拎回台北，這或是此部分軍費（詳見下文）。
以上這一重要決定，在蔣介石的日記裏隻是一筆帶過。見6月13日蔣介石日記（高雄要塞）：
“……（前一天）見雷震、（林）蔚文、（洪）蘭友、許朗軒、吳署長（嵩慶）等解決各種問題。”
由吳嵩慶6月12日日記可知，這一天蔣介石輕描淡寫地就把百萬兩黃金支配了，都是作軍事糧餉上用，無半兩謀私（除卻後來發生的一件假公濟私的事，詳見第八章）。用巨量黃金做軍費，這在中國曆史上恐怕也是史無前例的，另外還有億兩以上的銀子，金銀數量之大都是空前的。
以第二批黃金多出9萬兩事件為轉折，從6月15日起，廈門分行的黃金開始轉給財務署，由吳嵩慶單線直接與蔣介石聯係 ，支持各地國民黨軍隊作戰。中央銀行“廈門分行代付撥交聯勤總部吳署長嵩慶黃金數量”共八筆款，總量是78萬多兩，其實不止此數，此外還有絕密的第三批黃金。8月30日，吳嵩慶還越過蔣介石，直接撥廣州財政部5萬兩及成都2萬兩，在大溪檔案裏是列在美國運回黃金的支出賬上的。這也表示，除第一批的260萬兩外，其他都列入軍費黃金。
在大溪檔案中，最近得見中央銀行“廈門分行代付撥交聯勤總部吳署長嵩慶黃金數量”，這是1949年內用去786540市兩的細賬，但這不是全部的秘密軍費。見第八章第二節圖8.2。 欲詳細了解經吳嵩慶之手軍費黃金數量，可參考第八章第二節表8.7 “1949年秘密軍費黃金預算及支出概數”。
蔣介石經過多年考察，知道吳嵩慶是一個“臨難毋苟免，臨財毋苟得”的非常本分的人，所以把央行部分現金都交給他管。作為財務署署長，吳嵩慶早已習慣了用算賬的方式向央行領錢，分發到軍中，自己不碰錢，都是由部下、各地收支處的財務官去做；現在突然要他去管這些“現金”——黃金銀圓（及美鈔），這讓他非常不習慣，備感壓力。在日記裏，他隻希望能夠早日把管理金銀的責任了結了事。國民政府兵敗如山倒，金銀有限，軍頭（如楊森、馬步芳、朱紹良、湯恩伯、顧祝同、白崇禧）、高吏（如陳誠、嚴家淦、徐堪）都向他要現金（非紙幣）；夾在國民政府要員與蔣之間，他隻聽從蔣介石一人的命令。有時國民政府高官有蔣口頭的甚至拿著答應準撥款的手條，但吳嵩慶還是隻遵照蔣直接給他的命令，因此得罪拿不到金銀的人就多了。但他的操守無可議之處，大家對他的公正決定也就無話可說。
6月15日吳嵩慶日記：
“留廈二天，詳細指示（李光烈，住廈大旅社，財務署包了一層樓）辦法。今日仍乘空軍前來的專機，帶款（台區經費）飛台北，即訪郗副總司令。知總司令明日來，下午陳主席（誠）約談，至招待所始略談。伊今晚赴高雄，因往送行，徐部長可公及龐主計長亦同行，伊等下午已訪過。陳主席指示三原則：（1）5月份給予，應照台區公布辦法辦理；（2）款先還欠；（3）士兵不能吃虧。”
陳誠要求台區也須發銀圓，或照日日在漲的銀價發台幣，否則台灣的士兵要“吃虧”。為此，陳誠還舉辦了一場飯局，召集國民政府管錢的負責人，其目的是分秘密軍費金銀。事見6月17日吳嵩慶日記（在台）：
“下午訪可公（徐堪），晚赴陳（誠）主席便飯，坐中有徐（堪）、龐（鬆舟，行政院主計長）二公及嚴（家淦）廳長，郭（懺）公與餘。陳主席重申前議，因約明日至台（灣銀）行開小組會議。”