左宗棠同時又劄飭關外金順、張曜各軍，傳達已委劉錦棠節製各軍之命。金順、張曜二人接到谘文，雖滿腹不滿，卻又不敢不遵照辦理。
左宗棠到肅州的第二天，西征軍二十營在劉錦棠統帶下，在肅州的大營前舉行了隆重的出關祭旗儀式，然後便祃旗啟行，由嘉峪關出關西征。
晉封二等侯
光緒四年（公元1878年）正月初七，除伊犁九城外，新疆被清軍全部收複。左宗棠因功由一等伯晉為二等侯；劉錦棠由騎都尉世職晉為二等男。其他領兵大員也各有不同程度的封賞。
左宗棠是道光末年至今，繼曾國藩之後，生前封侯的第二人。
為了及早要回伊犁，朝廷派崇厚出任駐俄公使，與俄國談判索還伊犁的事。
但崇厚在不經請旨的情況下，竟擅自與俄國簽訂了《裏瓦幾亞條約》，隻要回了伊犁，而對於周邊的大片領土，則全部給了俄國。
朝廷無奈之下，隻好改派駐英、法兩國公使曾紀澤，兼署駐俄公使，與俄國重開談判。為了配合曾紀澤談判，左宗棠又讓人抬上棺柩，帶上欽差大臣關防，以近七十歲的高齡，出關到哈密駐紮。
左宗棠此時已百病纏身，起臥都很艱難。為了讓他盡早恢複身體，朝廷下旨，命他進京養病。他於是舉薦劉錦棠接任欽差大臣，然後啟程回京。路過蘭州的時候，署陝甘總督楊昌濬，為他撰寫了一首七絕，以誌紀念：
大將籌邊尚未還，
湖湘子弟滿天山。
新栽楊柳三千裏，
引得春風度玉關。
左宗棠到京的第二天，駐英、法兩國公使兼駐俄公使伊犁事件交涉欽差大臣曾紀澤，代表本國政府在俄國都城聖彼得堡，與俄國外交大臣吉爾斯，重新簽訂了震驚世界的《中俄伊犁條約》（又稱《中俄改訂條約》）。該條約雖未將崇厚原訂之約全盤推翻，但總算爭回了之前劃失的伊犁南境特克斯河流域，把損失降到了最低點。
抬棺抱病出京
左宗棠進京不久，聖旨便頒下：“大學士左宗棠，著管理兵部事務，在軍機大臣上行走，並著在總理各國事務衙門行走。”
左宗棠接旨的當日就上折請假養病。慈禧太後允準。
一
左宗棠在賢良寺養病期間，大內總管、慈禧太後身邊最得寵的太監李蓮英來看望他。
李蓮英為了能給左宗棠留個好印象，特命人從江南運來野山茭一竹筐，又在京城命人精選上等紅辣椒兩串，作為給左宗棠的見麵禮。
但左宗棠不僅沒有見李蓮英，還讓身邊的戈什哈傳話：好好伺候太後，不要幹違法的事。李蓮英氣得直拿腦袋撞牆，他決定把左宗棠攆出京城。
果然不久，朝廷便讓病重的左宗棠趕往金陵，出任兩江總督。
左宗棠立像
光緒八年（公元1882年）四月十一日，左宗棠病勢減輕，決定乘船東下，在鎮江、常州、福山、蘇州、太湖、吳淞等地視察江海防務。
據《左宗棠年譜》記載，左宗棠的官船在通過上海租界時，各國軍、商兩界人物為睹左爵相風采，俱持中國龍旗迎接，一時觀者如堵。
六月初十日，七十歲的左宗棠乘船到江北閱兵後，不期在南行途中舊病複發，且愈演愈烈，回省後不僅連連咯血，頭目亦開始腫爛。
可他還記掛著新疆建省的事。
朝廷再次命他進京養病，授為軍機大臣，管理神機營事務。
二
光緒十年（公元1884年）七月初三日，法國遠東艦隊突然襲擊福建水師，致使福建水師七百餘名官兵遇難。法艦隊隨後炮轟福州船政局。大清國被迫對法國宣戰。
這時，李蓮英又抓住機會對慈禧太後進言，說左宗棠臥房的門旁貼了一副對子，上聯是：天下衣冠京邑盛，下聯是：中興人物楚材多。左宗棠還對人說：他這副對子的前一句是說京城裏皇親國戚都是衣裳架子，什麼大事都辦不了，隻是擺設。後一句是說，隻有湖南才出國家的棟梁之材。
據說慈禧太後聽後很是生氣，當晚就給左宗棠下了一道聖旨：“大學士左宗棠，著授為欽差大臣，督辦福建軍務。”
左宗棠無奈之下，隻好抬上棺櫬，抱病出京。
光緒十一年（公元1885年）六月十八日，病中的左宗棠從戰略的高度，給朝廷口授了《台灣緊要請移福建巡撫鎮攝折》，指出：“台灣孤注大洋，為七省門戶，關係全局，請移福建巡撫駐台灣。”該折的最後，左宗棠建議台灣設立行省，以固海洋門戶。
七月二十七日，左宗棠薨逝於福州欽差大臣行轅，年七十有四。
這就是左宗棠，一個把官場潛規則打個稀巴爛的晚清名臣；一個四十九歲才正式進入官場，不足一年便升為二品巡撫的大清奇才；一個讓朝廷打破祖宗成法，破格一榜拜相的湖南驕子；一個永不言敗、從不議和，生前便被封侯的清朝諸葛；一個外國人眼裏，對中國國土貢獻最大的一代名相。