借著藩鎮的勝利，桓玄上表朝廷，希望得到廣州的任職。司馬道子正欲拆散他與殷仲堪的聯盟，便順水推舟任命桓玄為廣州刺史。桓玄接受任命卻沒有去上任，因為形勢又起變化了。
豫州刺史庾楷因為司馬道子割除了他所統轄的四個郡交給江州，心生不滿，去遊說王恭說：“譙王司馬尚之兄弟獨攬朝廷的大權超過王國寶。他們策劃削弱藩鎮，回想以前發生過的事，為禍不淺。不如趁謀議未成，先行動手。”
王國寶的哥哥出鎮地方，意味著什麼，王恭當然明白，必須搶先下手。王恭的信使到達荊州，殷仲堪、桓玄三人結成同盟，共推王恭為盟主，約定日期一起發兵京師剿除奸佞。
戰爭的陰雲籠罩著長江兩岸，交通阻塞，水陸關卡林立。殷仲堪用斜紋的絹綢給王恭回了一封書信，藏在箭杆之中，然後裝上箭頭，塗上油漆，取道豫州，托庾楷轉交王恭。
王恭打開信，發現字跡模糊，細看之下，絹綢角上抽絲。他不能確切辨出這是否殷仲堪的親筆手書，懷疑此信是庾楷偽造。想到去年*王國寶時，殷仲堪曾經違反期約，按兵不發，認為這次一定會和去年一樣，因此便自作主張，不再和殷仲堪聯係，大聚兵馬向建康進發。
殷仲堪聽聞王恭舉兵，馬上集結軍隊，兵分三隊，以楊佺期兄弟率舟師五千為前鋒，桓玄為第二隊，自己率兵兩萬接應，三路兵馬相繼順流東下。
麵對三藩強兵，司馬元顯向司馬道子請命出戰：“前次不討王恭，故有今日之難。今天如果還像上一次那樣滿足他們的要求，您的殺身之禍可要到了。”司馬道子巴不得有人主持局麵，全權委任司馬元顯，自己依舊花天酒地。
誌氣果銳的司馬元顯意氣風發，自謂天下安危盡在己手。他確實聰穎機警，出手不凡，上任伊始，便使出一條反間計，將王恭的人頭掛上朱雀橋。
左右這場戰爭最關鍵的人物不是司馬元顯，不是王恭，不是殷仲堪，也不是桓玄，而是劉牢之。劉牢之是東晉著名的將領，生得紫赤色的臉膛，大眼睛，絡腮胡，沉毅多計謀。作為謝玄的參軍，統領北府兵，淝水戰爭中夜襲洛澗，斬前秦虎將梁成，立下大功，一直把守東晉的北大門。
王恭為對抗朝廷，不惜將防禦北境的軍隊抽調回來，任命劉牢之為將，發兵逼死王國寶。這一次，他仍然依靠劉牢之的北府軍。王恭依靠軍人，卻看不起軍人，因為江左重文輕武，名士輕視武將。大名士王恭對劉牢之骨子裏看不起，而劉牢之自負才幹，對王恭也心生怨望，深懷恥恨。
將帥不和是作戰大忌。王恭二次起兵，征求意見時，劉牢之表態反對：“將軍，國之元舅；會稽王，天子叔父。會稽王當國秉政，曾經為將軍殺了最寵愛的王國寶、王緒，表明他很畏懼將軍。會稽王最近所作的人事任命，雖然不能說是公允，也不是什麼大過失。把庾楷所轄的四個郡割讓給王愉統領，對於將軍有什麼損害？清君側，也不能隨隨便便一次又一次不斷發動吧？”
劉牢之說得非常刻薄，言下之意，你是什麼東西？朝廷的人事任命是你該過問的嗎？地方軍隊攻打朝廷哪能一而再，再而三呢？部下對上司說這話，應該引起警惕，王恭卻沒有回過味來。劉牢之有底氣，因為司馬元顯的使者、北府舊將高素策反他來了，帶來司馬元顯的重諾：“隻要造王恭的反，他的官職你來幹！