另有一些人認為，在醫生宣布放棄後兩小時，老師的瞳孔也並未放大，況且，氣住脈停本來是禪定的現象，老師70年代，在台灣也曾由醫生測試過；當老師進入禪定時，也是氣住脈停，心電圖上呈現一條直線時，當時把醫生嚇壞了，以為老師休克死去了，（《禪門內外》一書中曾記述此事）。所以，認為現在的老師，是入定狀態，不是死。
大家爭論了一陣，結論是發布消息，老師在禪定中。這是根據守護同學報告的，老師看起來仍像平常一樣。
連續幾天，情況困擾著每個人，老師仍然平靜地躺在那裏。直到28日的傍晚，從香港來了兩位醫師，林德深醫師和他的太太李丹醫師。
林醫師是國際知名的遺傳醫學專家，李醫師是神經科專家，他們兩位醫師在醫院服務，都有很多臨床經驗。過去他們也常來拜望老師，探究生命的各種問題。
28日晚，兩位醫師在主樓會議室與大家見麵，他們先說了基本的醫學常識，並講解西方醫學對死亡的定義。
初期是當生命現象沒有時（呼吸停、心跳停、瞳孔散大），就認定為死亡。後來因器官移植的需要，再加上一個腦波停，才算死亡。
不過亦有報道，有人在被裁定死亡之後，又恢複生命跡象。
所以，以往醫院所認定的，沒有生命現象就算死亡，絕對是有問題的。據醫方研究發現，美國在一年內就這樣被誤判為死亡的，有七千人之多。
所以，在西方的醫學界，對生命終結的判定，越來越複雜困難了。
兩位醫生說，目前針對南老師究竟是處於禪定還是死亡的情況判斷，應該分成兩步：第一步：檢查是否有生命現象；如果沒有生命現象時，必須再作第二步：檢查是否有死亡現象，二者具備才算死亡。
所以根據兩位醫師的闡釋：南老師沒有生命的現象，不能就判定為死亡。由此來看，老師19日離開醫院時，絕對不是已死。
29日上午10點半左右，兩位醫師帶著醫院借來的儀器，去給老師作檢測，陪同去的有南國熙、南小舜、宏忍師，一共五人。
詳細檢查之後，直到下午1點多鍾才完畢。醫生們根據各項檢查資料，仔細研判，然後林醫生在主樓小組會議上宣布：南老師已經沒有生命的跡象，部分身體已出現死亡跡象，身體不可再用了。當林醫師講到這裏時，忽然忍不住大哭，不少人也一同落淚……
下午4時左右，本地的法醫確認了老師的死亡診斷。
9月29日下午，上海中山醫院的醫生到太湖大學堂審視並確認南師已無生命跡象，開具死亡證明書，認定南師辭世時間為2012年9月29日下午16時26分。之後為南師換衣時，南師身體柔軟。
9月30日晚，在太湖大學堂進行了南師荼毗儀式。
10月5日，南師荼毗儀式結束後，弟子們經過討論商議，在否決了就地不開爐建塔的方案後，於早晨四點，由宗性法師主持，打開荼毗爐，發現南師的頭骨完整，上麵綴滿各色舍利子；頭骨一半呈現黃色，一半呈現藍色；舌頭完整，上滿布滿蓮花狀舍利子；其餘身體化成舍利子無數。