政變成功後，秦王府諸將領準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府，尉遲恭再三爭辯說：“罪孽都是兩個元凶所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了！”於是諸將領停止了追殺。當天，高祖頒布詔書赦天下，叛逆的罪名隻加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都應當依照原先頒布的詔令處理。國家的各項事務，都任憑秦王處置。
政變後的第一天，即武德九年六月初五日，馮立和謝叔方都自動出來負罪。薛萬徹躲起來以後，李世民多次讓人明示他，於是他也出來了。李世民感慨地說：“這些人都能夠忠於自己所事奉的人，是義士啊”！便赦免了他們。
二天後李恪的身體己經恢複了，就這天武德九年六月初七日，李淵讓出軍政大極，下詔曰：“自今以後軍國事務，無論大小悉數委任太子處決，然後奏聞皇帝。”李世民被立為皇太子，正式成為大唐帝國的儲君。
武德九年六月初十日，任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌與杜如晦為左庶子，高士廉與房玄齡為右庶子，尉遲恭為左衛率，程知節為右衛率，秦王府舊臣虞世南為中舍人，褚亮為舍人。
建成敗亡後，世民傳召魏徵，問道：“你為什麼挑撥我們兄弟的關係呢？”大家都為魏徵擔驚受怕，魏徵卻舉止如常地回答道：“如果已故的太子早些聽從我的進言，肯定不會有今天的禍事。”李世民素來器重他的才能，便改變了原來的態度，對他以禮相待，引薦他擔任詹事主薄。李世民還將王圭和韋挺從巂州召回，兩人和魏徵一起都擔任了諫議大夫。任命政變功臣屈突通為陝東道行台左仆射，鎮守洛陽。
東宮的宮人待從皆己經全部換成了舊秦王府的人，東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，一切用具擺設也一概換過，絲毫不留前一個主人的痕跡。待奉在東宮的宮人太監不是很多，長孫氏是個行事非常樸素的人，換到了若大的東宮，人手明顯不足了，但這位的太子妃依然沒有增加待奉的人員，依然低調樸素的度日。其實她並不喜歡搬到這個新住所來，這兒太大太空了。
武德九年六月十四日，高祖將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
武德九年六月十七日，王君廓因李瑗和李建成關係好，挑撥李瑗謀反，然後，王君廓再擒李瑗縊殺，傳首京師，絕其屬籍。王君廓被封左領軍大將軍，兼幽州都督，加左光祿大夫，賜物千緞，食邑實封千三百戶。
王君廓任職中，驕縱越法，長史李玄道數以法繩督，貞觀元年，王君廓奉詔入朝，李玄道因是房玄齡的外甥，所以便借此機會讓王君廓給房玄齡捎封信。王君廓暗中將信折開，想看個究竟，但書信是用草書寫的，王君廓不認識，所以便懷疑李玄道是在告發自己。王君廓心中害怕，行至渭南，殺死驛站吏卒，準備逃往突厥，二十二日在途中被野人殺死。唐太宗念王君廓以前的戰功，將他收葬，並待其家如初。時禦史大夫溫彥博上奏說：“君廓叛臣，不宜食封邑，有司失所宜言。”於是追削其封邑，貶為庶人。
武德九年六月二十七日，撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸，為李世民登基做準備。
熱，非常熱，極度熱，熱到爆了，這是李恪這些天的感受。空中沒有一絲雲，頭頂上一輪烈日，沒有一點風一切樹木都無精打采地,懶洋洋地在那裏。太陽剛一出頭，地上像著火一樣。天氣是那樣炎熱，仿佛一點星火就會爆炸似的。烈日當空，驕陽似火，大地像蒸籠一樣，熱得使人喘不過氣來。