經過反複商量，最後確定：分開劉誌丹、高崗，將劉誌丹調到後方主持軍委工作，以防變亂，並便考查。不想，劉一到後方即遭逮捕。爾後，在省委的督促和指責之下，我和程子華等都感到，事已到此，劉既已被捕，前方如不立即采取行動，就有發生事故的危險。隨即，按照後方提出的名單，逮捕了高崗、楊森、習仲勳、劉景範等許多陝甘蘇區和紅二十六軍的負責幹部。此後人心惶惶，危險局麵可以想象，陝北嚴重的錯誤肅反事件。
劉誌丹是一個胸懷大局、品格高尚的優秀紅軍高級將領。他在接到調令後，當然會想到這是一個不利於他的調虎離山計，但仍處之泰然。
在交待了手頭的工作後，劉誌丹帶領警衛員騎馬馳向後方。在安塞的真武洞，他們碰到了從後方瓦窯堡來的通信員。
通信員見是劉誌丹，便把一封給軍團領導人的信交給他。拆封一看，原來是逮捕劉誌丹和紅七十八師營以上軍政指揮員，以及陝甘邊黨、政縣以上幹部80餘人的名單。
劉誌丹看後，把信退給通信員，說：
“你趕快把信送到軍團部去，就說我去瓦窯堡了。”
然後，又叫自己的警衛員和通信員一起回部隊中去。自己立即奔赴瓦窯堡，想說服朱理治等人停止這樣的錯誤肅反。
劉誌丹剛到西北軍委，就被西北代表團叫去，不容分說地秘密關押在保衛局。
劉誌丹冤案產生了。
劉誌丹冤案的產生標誌著西北蘇區錯誤肅反發展到了頂峰，同時也是肅反運動轉入低潮的開始。
劉誌丹被秘密逮捕後，朱理治等人開始有所醒悟。特別是劉誌丹被扣的第二天，朱理治親自提審張秀山。張秀山大哭，翻來覆去隻重複一句話：“我死不要緊，隻可惜了紅二十六軍。”
朱理治大為震動，心裏開始對肅反本身發生了懷疑，覺得聶洪均在前線肅反時埋人未免太過火，而肅反中的審訊方法也大成問題。
於是，朱理治連夜寫了一個指示信，指出肅反時，不得指名逼供，不得用肉刑，不得把黨內黨外問題混淆起來，不得亂殺人等，以期糾正肅反中的失誤。
但是，這場錯誤的大清洗運動發展到這一步，已不是朱理治個人所能控製得住的了。在前方，聶洪均仍堅決認定，劉誌丹、高崗等就是右派反革命；在後方，戴季英也始終認定，劉、高的右派罪名確切無疑，不容推翻。就在劉誌丹被捕後的第三天，戴季英還說軍委裏的朱子修、高朗亭等五人計劃舉行反革命的武裝暴動，將五人扣押，嚴加審訊。無論後方，還是前方，還是下寺灣，捕人、殺人、埋人的慘劇繼續上演。
當時，西北蘇區和紅軍內彌漫著人人自危、互相疑懼的恐怖氣氛。反革命分子乘機大造謠言，引發普遍的群眾反水及遊擊隊叛亂事件。與此同時，國民黨軍隊對西北的第三次“圍剿”還沒被打破，更使蘇區陷入了一場極大的危機之中。
一場錯誤的肅反已到了不可收拾，無法解脫的地步。連朱理治後來也不得不承認：“如果中央不來，事情就沒法結束。”