第二，有助於開發學生的創造潛能，培養學生獨立思考、自主學習的能力。
在合作探究中首要關注的是學生研究的過程、研究方法、研究思維方式，要求學生通過閱讀自己發現問題、自己解決問題、自由創造，學生在整個學習過程時刻需要審視、反思研究活動，並通過經驗的融合和重組來解決遇到的難題，從中學會了查閱資料、分析處理資料、研究問題等科學方法，使教與學的重心不再僅僅放在獲取知識上，而是轉到學會學習、掌握學習的方法上，使被動的接受式學習轉向主動的探究性學習，有效提高學生分析、解決實際問題的能力以及探求未知事物的能力，促進科學思維的形成和創造能力的發展。
第三，能夠培養學生的合作意識。讓學生學會合作也是當今教育的一項重要任務，因為合作意識是現代人必須具備的基本素質，合作將是未來社會的主流，而合作探究是培養學生合作意識的重要方式。合作探究要求小組共同完成一項任務，小組的異質性決定了學生在共同活動中必須做到互相幫助、互相監督，其中的每個成員都要對其他成員的學習負責，體現出人人為我、我為人人的意識要求。合作探究還可以使學生在交往中產生心理相容，建立起和諧的人際關係，從而對集體的形成和鞏固產生積極的影響。在完成任務過程中，小組成員之間需要互相討論、爭辯，向專家請教，取長補短，集中小組成員的智慧。通過集體完成作業，培養了學生的集體意識，加強了相互之間“榮辱與共”的關係。
3.合作探究的設計與實施
合作探究學習活動不是放羊式的課堂教學，它對教師提出了更高的設計和組織實施要求，教師必須在整個合作探究學習活動過程中都需要仔細設計，精心引導。教師指導學生開展合作探究活動的過程大致如下。
第一步，激發合作研究興趣，了解研究過程。
首先，教師給學生介紹進行合作探究的目的和意義，讓學生切身感受到開展合作探究可以培養創新精神和創造能力，還可以培養團結協作精神和社會交往能力。其次，教師給學生介紹國內外中學生進行合作探究的成功例子，讓學生認識到課題研究並不是高不可攀的事，隻要不懈地努力，中學生同樣可以做到。再次，通過開設科普講座、舉辦作家或學者的事跡報告會等形式，一方麵讓學生開闊知識視野，感受學者們嚴謹的治學態度和獻身科學的精神，另一方麵引導學生學習體會研究者的研究過程，為以學生為主體的課題研究作了鋪墊。
例如，有的學校一學期中先後聘請著名專家學者舉辦了係列講座：《諾貝爾和科學發現》、《電腦科技新動態》、《化學與人類》、《改變世界的物理學》、《我和書》、《知識信仰與哲學》、《中美關係——21世紀的國際政治》等等。
第二步，選擇探究課題，組建探究小組。
合作探究的關鍵是培養學生自己在現實生活和學習中發現問題並解決問題的能力。其中，首先要培養學生發現問題的能力。愛因斯坦曾經說過，提出一個問題往往比解決一個問題更重要。這就要求學生必須自主地發現問題並確定研究課題。然而對於廣大學生來說，他們中的絕大多數從來就沒有類似研究型課程的學習經曆，沒有基礎，不可能一蹴而就，必須循序漸進地培養學生發現問題、確定研究課題的能力。
在初次開展課題研究的時候，可以由教師提供課題，學生在眾多研究課題中自主地選擇自己的研究課題。對於大多數學生而言，由於學識、經驗、生活的限製，在進行研究性學習中，一開始就自己去發現問題，難度較大，實施困難，他們無法自己確定一個研究課題，那下麵的研究就更無從著手了。可以組織全校教師根據自身的專長、特長和興趣愛好，提出眾多的課題研究方向，可以涉及學校的各個學科以及學科之間的綜合，教師在這些研究方向中並不涉及具體的研究課題，隻是給出了各個研究方向的內容綜述，介紹一些有關研究方向的基本知識、當前研究狀況和未來發展方向等，同時給出一些參考書目和相關的因特網址。將有關這些課題研究方向的綜述、參考書目和相關網址製作成動態網頁放在“研究型課程學習支持網”中，提供給學生自主確定研究課題時參考、研究。